Thi Tuyet Nhu Do

Integrated genomic analysis of breast tumors. A possible tool towards reduction of overtreatment

Brystkræft er den anden hyppigste årsag til kræftrelaterede dødsfald blandt kvinder verden over, og selvom der er sket markante forbedringer i håndteringen af brystkræft, er der stadig en høj associeret dødelighedsrate, hvilket udgør omkring 1100 dødsfald om året i Danmark. Den primære behandling er kirurgisk fjernelse af primærtumoren.

Mere end 90% af nuværende brystkræftspatienter tilbydes medicinsk behandling efter den primære behandling. Det er på trods af, at op til 40% af patienterne højst sandsynligt ikke har gavn af behandlingerne, da kirurgisk fjernelse af primærtumoren og strålebehandling alene kan være tilstrækkelig.

Forskningsspørgsmål

Det rejser derfor det meget væsentlige spørgsmål: Kan vi på diagnosetidspunktet afgøre, hvilke patienter der er kureret efter fjernelse af primærtumor fra brystet og således ikke burde få en unødvendig medicinsk behandling med de bivirkninger og udgifter, det medfører?

Manglen på præcise kliniske klassifikationsmetoder gør det meget udfordrende at vælge den mest optimale behandling for patienterne. Medicinsk behandling gives til størstedelen af patienterne grundet manglen på fyldestgørende biomarkører, genekspressionsprofiler og tumor immunohistokemiske karakteristika som kan gøre mere nøjagtig analyse og klassifikation muligt. Resultatet er, at patienterne pådrages unødvendige behandlinger og bivirkninger. I forlængelse heraf, er en identifikationsmetode af tumorer som ikke har evnen til at sprede sig (metastasere) og dermed blive livsfarlige for patienterne, yderst nødvendig.

Den tilhørende biobank hos afdelingen for Klinisk Patologi, Odense Universitetshospital besidder en ekstrem unik samling af frisk frosset primær tumor biopsier fra patienter med lav-risiko brystkræft. Det unikke er, at opfølgningstiden er på mere end 20 år! Det giver os muligheden for at vide, hvem der har fået tilbagefald. Ydermere har disse patienter ikke modtaget medicinsk behandling, da de i sin tid blev allokeret til lav-risiko gruppen.

Patient-kohorten er stor, hvor vi regner med at kunne indsamle 140 primære tumor biopsier og 140 prøver af normalvæv. Denne unikke samling har muliggjort genekspressionsprofilering (mønstre af genudtryk) i relation til forudsigelse af klinisk udfald hos lav-risiko brystkræftspatienter. Ekspressionsprofilerne er baseret på genudtrykket af kodende mRNA, regulatoriske lange ikke-kodende RNA (lncRNA) og mikroRNA. Da mønstret af genudtryk er bestemt af de genændringer (mutationer) man erhverver, vil vi i dette studie se på mønstre af genændringer i disse medicinsk ubehandlede brystkræftspatienter.  

Vi vil undersøge mutationsanalyser af mere end 20.000 gener og efterfølgende foretage integreret bioinformatisk analyse, hvor vi vil anvende kunstig intelligens og super-computing mhp. at identificere mønstre der kan forudsige spredning. Denne integrerede analyse vil altså være en integration af de tidligere identificerede genekspressionsprofiler og de nye mutationsanalyser. Vi tror på, at vores integrerede genomiske analyse ultimativt vil tillade bedre og mere nøjagtig behandling af lav-risiko brystkræftspatienter. 

I forlængelse af vores tidligere funktionelle studier, har vi et samarbejde med Prof. Jan Baumbach og Dr. Markus List fra Tyskland som har til formål, at identificere og klarlægge flere vigtige genomiske faktorer, biomarkører og netværk, involveret i spredningen af brystkræft til øget biologisk forståelse og klinisk benyttelse. Jf. afsnittet om nye ændringer ift. sidste ansøgning.

Patientinddragelse

En af vores PPI (patient- og pårørendeinddragelse)-repræsentanter er selv berørt af brystkræft og er involveret i projektet. Hun har især bidraget til formidlingsaspekter, dels ved at holde oplæg om både klinik og forskning omkring brystkræft, og dels i forbindelse med information til patienter. Endvidere har hun deltaget i etiske overvejelser omkring projektet.