Analyser

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19254

NKN, Nationale kortnavn

ABCC8-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

ACVRL1-gen;DNA

ALK1

Sygdomme

HHT, Hereditær hæmorrhagisk telangiektasi, type 2

Gen/Region

ACVRL1 / 12q

OMIM

601284

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU30140

NKN, Nationale kortnavn

ACVRL1-gen;DNA

EQA

Der findes ingen kvalitetskontrolprogrammer på nuværende tidspunkt. Laboratoriet gennemfører udveksling af prøver med andre internationale laboratorier.

Akkreditering

Synonymer

AIP-gen;DNA

Hepatitis b virus x-associated protein 2; xap2, ara9

Sygdomme

Hypofyseadenom, familiær isoleret

Gen/Region

AIP / 11q13.3

OMIM

605555

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU28397

NKN, Nationale kortnavn

AIP-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

ALAS2-gen;DNA

Sygdomme

X-bunden dominant protoporfyri

ALA-syntase-mangel

Porfyri

Gen/Region

ALAS2 / Xp11.21

OMIM

301300

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29901

NKN, Nationale kortnavn

NPU29901

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Hereditær nefropati med hørenedsættelse og øjenforandringer; X-bunden form (COL4A5)

Hereditær nefropati med hørenedsættelse og øjenforandringer; autosomale former (COL4A3, COL4A4)

Beskrivelse

Progredierende nefropati der sædvanligvis fører til kronisk nyresvigt før 30-års alderen og evt. ledsaget af perceptiv hørenedsættelse og øjenforandringer (lenticonus og retinopati). Den X-bundne form udgør ca. 85 % og de autosomale former ca. 15 %.

Heterozygote mutationer i de samme gener kan medføre tynd basalmembransygdom (se denne).

Alport syndrom med diffus leiomyomatosis ses ved deletion af de proksimale exons i COL4A5 samt exon 1 og 2 i COL4A6.

AMME-complex er et contigeous gene deletion syndrome, hvor der ud over Alport syndrom ses mental retardering, elliptocytosis, midtfacial hypoplasi og dysmorfe træk.

Der er to alternative metoder til undersøgelse af COL4A5: Next Generation Sequencing inklusiv copy-number analyse af DNA eller mRNA-analyse af dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi.

Fordelen ved undersøgelse af mRNA fra dyrkede fibroblaster er, at splice site mutationer i introns detekteres med større sandsynlighed. Manglende farvning for alfa5-kæden i type IV-kollagen i den epidermale basalmembran understøtter diagnosen Alport syndrom i X-bunden form. Der ses manglende ekspression hos 70-80 % med sygdommen.

Hvis der påvises deletioner i den proximale del af COL4A5, analyseres COL4A6 for deletioner. I øvrige tilfælde analyseres COL4A6 ikke.

Gen/Region

COL4A3 / 2q36.3

COL4A4 / 2q36.3

COL4A5 / Xq22.3

COL4A6 / Xq22.3

Panel

COL4A3-gen;DNA, COL4A4-gen:DNA, COL4A5-gen;DNA

OMIM

301050, 308940, 300194, 104200, 203780

Analysemetode

DNA, celler (kun fra hudbiopsi)

cDNA-analyse af COL4A5 mRNA fra dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi

Prøvemateriale

Synonymer

QF-PCR

Beskrivelse

Aneuploidiscreening er en hasteanalyse for antalsfejl af kromosomerne 13, 18, 21, X og Y. Analysen anvendes på prænatale prøver, ved mistanke om mola samt hos nyfødte ved mistanke om kromosomantalsfejl, fx trisomi 21.

Gen/Region

Udvalgte områder på kromosomerne 13, 18, 21, X og Y

OMIM

Ikke relevant

Analysemetode

QF-PCR analyse

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

MLPA - inkl. methyleringsanalyse, kromosom mikroarray

Synonymer

rsa 15q11.2q13;DNA

Beskrivelse

Sygdommen er en såkaldt imprintning sygdom. Ca. 70 % har de novo mikrodeletion af det maternelle kromosom 15q11.2-q13. 3 % skyldes uniparental disomi af kromosom 15. 7 % skyldes en impritning defekt. Ca. 10 % har en mutation i UBE3A-genet. De sidste 10 % kan med nuværende viden ikke diagnosticeres molekylærgenetisk, dog er der påvist mutationer i MECP2-genet (Rett syndrom) hos nogle få patienter med klinisk AS. Den anvendte metode kan diagnosticere 80 % af patienterne med klinisk AS. Man kan evt. fortsætte med genundersøgelse af UBE3A genet. AS mikrodeletion kan også ses ved kromosom mikroarray, hvis den kliniske diagnose er mindre sikker.

Gen/Region

15q11.2-q13

OMIM

105830

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

APC-gen;DNA

Sygdomme

FAP1, familiær adenomatøs polyposis type 1

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

APC / 5q22.2

OMIM

611731

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19008

NKN, Nationale kortnavn

APC-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, evt. MLPA, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

Familiær colorectal cancer, CRC

Samlet betegnelser for de gener, som undersøges ved mistanke om familiær forekomst af colorectal cancer. Panelet er sammensat ud fra de nationale guidelines til genundersøgelsen.

Colorectal cancer, susceptibility to, 10, CRCS10 (POLD1)

Colorectal cancer, susceptibility to, 12, CRCS12 (POLE)

Familiær adenomatøs polypose type 1, FAP1 (APC)

Familiær adenomatøs polypose type 2, FAP2 (MUTYH)

Familiær adenomatøs polypose type 3, FAP3 (NTHL1)

Familiær adenomatøs polypose type 4, FAP4 (MSH3)

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 1, HMPS1 (GREM1)

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 2, HMPS2 (BMPR1A)

Juvenil polypose syndrom, JPS (BMPR1A, SMAD4)

Lynch syndrom (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Oligodontia-colorectal cancer syndrome (AXIN2)

Peutz-Jeghers syndrom (STK11)

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, Cowden syndrome 1, (PTEN)

Sessile serrated poly cancer syndrome (RNF43)

Beskrivelse

CRCS10: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polyp- og adenom dannelse i colon. Øget risiko for colorectal og endometriecancer.

CRCS12: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polyp- og adenom dannelse i colon. Øget risiko for colorectal og endometriecancer.

FAP1: Autosomal dominant arvelig sygdom. Man ser bl.a. tendens til at danne multiple adenomer i colon, tyndtarm og ventrikel. Der er øget risiko for udvikling til colorectal cancer.

FAP2 : Autosomal recessiv arvelig sygdom med tendens til at danne multiple adenomer og polypper i colon og rectum. Der er øget risiko for udvikling til colorectal cancer.

FAP3: Autosomal recessiv arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til colorectal adenomdannelse med øget risiko for colorectal cancer samt øget risiko for andre typer af maligne tumorer.

FAP4: Autosomal recessiv arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til gastrointestinal adenomdannelse med øget risiko for colorectal cancer samt øget risiko for andre typer af tumorer både benigne og maligne.

HMPS1: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polypdannelse i colon – adenomatøse, inflammatoriske, metaplastiske eller juvenile. Øget risiko for colorectal cancer.

HMPS2: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polypdannelse i colon – adenomatøse, inflammatoriske, metaplastiske eller juvenile. Øget risiko for colorectal cancer.

JPS: Autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses bl.a. øget tendens til polypdannelse gastointestinalt inkl. hamatomatøse polypper. Øget risiko for udvikling af coloncancer.

Lynch syndrom: Der henvises til side vedrørende Lynch.

Oligodontia-colorectal cancer syndrome: Autosomal dominant arvelig sygdom bl.a. med tendens til at danne adenomer i colon, samt oligodenti. Der er øget risiko for udvikling af colorectal cancer.

Peutz-Jeghers syndrom: Der henvises til side vedrørende Peutz-Jeghers syndrom.

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome: Autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til harmatomdannelse, øget risiko for flere cancerformer, endokrin påvirkning, makrocefali, der kan være dysmorfe træk, psykomotorisk udvikling samt en række andre symptomer. Der ses tendens til gastroinstestinal polypdannelse.

Sessile serrated polyposis cancer syndrome: Sjælden sygdom med multiple serrated polypper. Der er øget risiko for udvikling af colorectal cancer.

Gen/Region

APC / 5q22.2

AXIN2 / 17q24.1

BMPR1A / 10q23.2

EPCAM / 2p21

GREM1 / 15q13.3

MLH1 / 3p22.2

MSH2 / 2p21-p16

MSH3 / 5q14.1

MSH6 / 2p16.3

MUTYH / 1p34.1

NHTL1 / 16p13.3

PMS2 / 7p22.1

POLD1 / 19q13.33

POLE / 12q24.33

PTEN / 10q23.31

RNF43 / 17q22

SMAD4 / 18q21

STK11 / 19p13.3

Panel

APC-gen;DNA, AXIN2-gen;DNA, BMPR1A-gen;DNA, EPCAM-gen;DNA, GREM1-gen;DNA, MLH1-gen;DNA, MSH2-gen;DNA, MSH3-gen;DNA, MSH6-gen;DNA, MUTYH-gen;DNA, NTHL1-gen;DNA, PMS2-gen;DNA, POLD1-gen;DNA, POLE-gen;DNA, PTEN-gen;DNA,RNF43-gen;DNA, SMAD4-gen;DNA, STK11-gen;DNA

OMIM

120435, 158350, 174900, 175050, 175100, 601228, 608456, 608615, 610069, 612482, 612591, 615083, 616415, 617100

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

Hereditary Breast and ovarian cancer, HBOC

HBOC, breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 1; BROVCA1 (BRCA1)

HBOC, breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 2; BROVCA2 (BRCA2)

Beskrivelse

HBOC er en autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko og tendens til tidlig debut af særligt mamma- og ovariecancer hos kvinder.

Ved PALB2 ses øget risiko for mammacancer ved kvinder. Det er uafklaret om, der er øget risiko for ovariecancer eller andre cancerformer.

Gen/Region

BRCA1 / 17q21.31

BRCA2 / 13q13.1

PALB2 / 16p12.2

PTEN / 10q23.31

STK11 / 19p13.3

TP53 / 17p13.1

Panel

BRCA1-gen;DNA, BRCA2-gen;DNA, PALB2-gen;DNA, PTEN-gen;DNA, STK11-gen;DNA, TP53-gen;DNA

OMIM

114480

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Et samlet panel til de mest relevante gener ved mistanke om arvelig ovariecancer, primært overfladederiveret (adenocarcinomer)

HBOC, Hereditary breast and ovarian cancer (BRCA1, BRCA2), arvelig mammacancer

Lynch syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, type 3, BROVCA3, (RAD51C)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4, (RAD51D)

Beskrivelse

Der henvises til de sygdomsspecifikke sider for HBOC og Lynch.

BROVCA3: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

BROVCA4: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

Gen/Region

BRCA1 / 17q21.31

BRCA2 / 13q13.1

BRIP1 / 17q23.2

EPCAM / 2p21

MLH1 / 3p22.2

MSH2 / 2p21-p16

MSH6 / 2p16.3

PMS2 / 7p22.1

RAD51C / 17q22

RAD51D / 17q12

Panel

BRCA1-gen;DNA, BRCA2-gen;DNA, BRIP1-gen;DNA, EPCAM-gen;DNA, MLH1-gen;DNA, MSH2-gen;DNA, MSH6-gen;DNA, PMS2-gen;DNA, RAD51C-gen;DNA, RAD51D-gen;DNA

OMIM

114480, 120435, 613390, 614291

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Et samlet panel til udredning for både arvelig mammacancer og arvelig ovariecancer

HBOC, Hereditary breast and ovarian cancer (BRCA1, BRCA2), arvelig mammacancer

Lynch syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, type 3, BROVCA3, (RAD51C)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4, (RAD51D)

Beskrivelse

Der henvises til de sygdomsspecifikke sider for HBOC, Lynch og arvelig ovariecancer.

BROVCA3: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

BROVCA4: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

Ved PALB2 ses øget risiko for mammacancer ved kvinder. Det er uafklaret, om der er øget risiko for ovariecancer eller andre cancerformer.

Gen/Region

BRCA1 / 17q21.31

BRCA2 / 13q13.1

BRIP1 / 17q23.2

EPCAM / 2p21

MLH1 / 3p22.2

MSH2 / 2p21-p16

MSH6 / 2p16.3

PALB2 / 16p12.2

PMS2 / 7p22.1

PTEN / 10q23.31

RAD51C / 17q22

RAD51D / 17q12

STK11 / 19p13.3

TP53 / 17p13.1

Panel

BRCA1-gen;DNA, BRCA2-gen;DNA, BRIP1-gen;DNA, EPCAM-gen;DNA, MLH1-gen;DNA, MSH2-gen;DNA, MSH6-gen;DNA, PALB2-gen;DNA, PMS2-gen;DNA, PTEN-gen;DNA, RAD51C-gen;DNA, RAD51D-gen;DNA, STK11-gen;DNA, TP53-gen;DNA

OMIM

114480, 120435, 613390, 614291

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma Syndrome, FAMMM, (CDKN2A, CDK4)

Cutaneous Malignant Melanoma, CMM, (CDKN2A, CDK4)

Cutaneous Malignant Melanoma, susceptibility to, type 2, CMM2 (CDKN2A)

Cutaneous Malignant Melanoma,, susceptibility to, type 3 CMM3 (CDK4)

Familial Atypical Multiple Mole Melanoma-Pancreatic Carcinoma Syndrome, FAMMMPC (CDKN2A)

BAP1-tumor predisposition syndrome, BAP1-TPDS (BAP1)

Beskrivelse

FAMMM inkl. forskellige synonymer: Autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko for cutane maligne melanom og let øget risiko for andre cancerformer, primært i pancreas.

BAP1-TPDS: Der henvises til speciefik side om sygdommen.

Gen/Region

BAP1 / 3p21.1

CDK4 / 12q14.1

CDKN2A / 9p21.3

Panel

BAP1-gen;DNA, CDKN2A-gen;DNA, CDK4-gen;DNA

OMIM

155600, 155601, 606719, 609048

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

AXIN2-gen;DNA

Sygdomme

Oligodontia-colorectal cancer syndrome

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

AXIN2 / 17q24.1

OMIM

604025

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29170

NKN, Nationale kortnavn

AXIN2-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

BAP1-gen;DNA

Sygdomme

BAP1-tumor predisposition syndrome

Arveligt malignt melanom

Gen/Region

BAP1-gen;DNA

OMIM

603089

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU54030

NKN, Nationale kortnavn

BAP1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

BAP1-TPDS (BAP1)

Arveligt malign melanom

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Der er øget risiko for cancerudvikling i en række organsystemer med tendens til tidlig debut, primært cutane og uveale maligne melanomer, renalcelle carcinomer, mesotheliomer både pleurale og peritoneale samt basocellulære carcinomer.

Gen/Region

BAP1 / 3p21.1

Analyse

BAP1-gen;DNA

Panel

BAP1-gen;DNA, CDKN2A-gen;DNA, CDK4-gen;DNA

OMIM

614327

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

BLK-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 11

Gen/Region

BLK / 8p23.1

OMIM

191305

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29955

NKN, Nationale kortnavn

BLK-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

BMPR1A-gen;DNA

Sygdomme

Juvenil polypose syndrom, JPS, juvenil intestinal polypose; Arvelig colorectal cancer/polypose

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 2, HMPS2; Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

BMPR1A / 10q23.2

OMIM

601299

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU30872

NKN, Nationale kortnavn

BMPR1A-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

BRCA1-gen;DNA

Sygdomme

HBOC

Hereditær mamma- og ovariecancer

Arvelig mammacancer

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

BRCA1 / 17q21.31

OMIM

113705

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19029

NKN, Nationale kortnavn

BRCA1-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

BRCA2-gen;DNA

Sygdomme

HBOC

Hereditær mamma- og ovariecancer

Arvelig mamma cancer

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

BRCA2 / 13q13.1

OMIM

600185

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19030

NKN, Nationale kortnavn

BRCA2-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

BRIP1-gen;DNA

Sygdomme

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

BRIP1 / 17q23.2

OMIM

605882

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29172

NKN, Nationale kortnavn

BRIP1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Cadherin 1, E-Cadherin

Sygdomme

HDGC, hereditary diffuse gastric cancer

Gen/Region

CDH1 / 16q22.1

OMIM

192090

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19035

NKN, Nationale kortnavn

CDH1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CDK4-gen;DNA

Sygdomme

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma syndrome FAMMM

Cutaneous Malignant Melanoma,, susceptibility to, type 3 CMM3

Arveligt malignt melanom

Gen/Region

CDK4 / 12q14.1

OMIM

123829

Analysemetode

Det er kun exon 2 der undersøges, idet der kun er rapporteret sygdomsdisponerende mutationer i denne region

Prøvemateriale

NPU ID

NPU28297

NKN, Nationale kortnavn

CDK4-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CDKN2A-gen;DNA

Sygdomme

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma syndrome, FAMMM

Familial Atypical Multiple Mole Melanoma-Pancreatic Carcinoma Syndrome, FAMMMPC

Cutaneous Malignant Melanoma, susceptibility to, type 2, CMM2

Arveligt malignt melanom

Gen/Region

CDKN2A / 9p21.3

OMIM

600160

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19037

NKN, Nationale kortnavn

CDKN2A-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CEL-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 8

Gen/Region

CEL / 9q34.2

OMIM

114840

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering, fragmentanalyse af exon 11 for variable number of tandem repeats, VNTR. For analyse af polymorfien c.1235C>T; p.Thr412Ile; rs62576769 foretages sanger sekventering, hvis polymorfien er tilstede ved NGS. Til analyse af rekombination mellem pseudogen og CEL foretages PCR med specifikke primere.

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29953

NKN, Nationale kortnavn

CEL-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

COL4A3-gen;DNA

Sygdomme

Alport syndrom, autosomal

Tynd basalmembransygdom

Gen/Region

COL4A3 / 2q36.3

OMIM

120070

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29896

NKN, Nationale kortnavn

COL4A3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

COL4A4-gen;DNA

Sygdomme

Alport syndrom, autosomal

Tynd basalmembransygdom

Gen/Region

COL4A4 / 2q36.3

OMIM

NPU29897

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29897

NKN, Nationale kortnavn

COL4A4-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, MLPA, Sanger sekventering, cDNA analyse

Synonymer

COL4A5-gen;DNA

Sygdomme

Alport syndrom, X-bundent

Gen/Region

COL4A5 / Xq22.3

OMIM

303630

Analysemetode

Der er to alternative metoder til undersøgelse af COL4A5: Next Generation Sequencing inklusiv copy-
number analyse af DNA og mRNA-analyse af dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi. Fordelen ved under-
søgelse af mRNA fra dyrkede fibroblaster er, at splice site mutationer i intron detekteres med større
sandsynlighed.

Prøvemateriale

DNA, RNA (fra frisk hudbiopsi eller fibroblastkultur)

NPU ID

NPU19047

NKN, Nationale kortnavn

COL4A5-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CPOX-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær koproporfyri

Coproporfyrinogen III-oxidase-mangel

Porfyri

Gen/Region

CPOX / 3q12

OMIM

612732

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29903

NKN, Nationale kortnavn

CPOX-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

CTRC-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær pancreatitis

Gen/Region

CTRC / 1p36.21

OMIM

601405

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29947

NKN, Nationale kortnavn

CTRC-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Diabetes melllitus, insulin-resistant, med acanthosis nigricans (INSR)

Rabson-Mendenhall syndrome, pineal hyperplasmi, insulin resistent diabetes mellitus, and somatic abnormalities (INSR)

Mendenhall syndrome (INSR)

Donohue syndrome , Leprechaunism (INSR)

Beskrivelse

Mutation i INSR kan medføre dominant eller recessivt nedarvet insulinresistent diabetes mellitus med acanthosis nigricans, Leprechaunisme og Rabson–Mendenhalls syndrom. Samlet er de karakteriseret ved insulin resistens, acanthosis nigricans, virilisering samt ketoacidosis.

Gen/Region

INSR / 19p13.2

Analyse

INSR-gen;DNA

OMIM

610549, 246200, 262190

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

EIF2AK3-gen;DNA

Sygdomme

Wolcott-Rallison syndrom

Multiple epifysial dysplasi og early onset diabetes mellitus

Gen/Region

EIF2AK3 / 2p11.2

OMIM

604032

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29956

NKN, Nationale kortnavn

EIF2AK3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

ENG-gen;DNA

Sygdomme

HHT, Hereditær hæmorrhagisk telangiektasi, type 1

Gen/Region

ENG / 9q34

OMIM

131195

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU32668

NKN, Nationale kortnavn

ENG-gen;DNA

EQA

Der findes ingen kvalitetskontrolprogrammer på nuværende tidspunkt. Laboratoriet gennemfører udveksling af prøver med andre internationale laboratorier.

Akkreditering

Synonymer

EPCAM-gen;DNA

Sygdomme

Lynch syndrom

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

EPCAM / 2p21

OMIM

613244

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29181

NKN, Nationale kortnavn

EPCAM-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

FECH-gen;DNA

Sygdomme

Erytropoietisk protoporfyri

Ferrochelatase-mangel

Porfyri

Gen/Region

FECH / 18q21.3

OMIM

612386

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29902

NKN, Nationale kortnavn

FECH-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

Sygdomme

Fragilt X

Gen/Region

FMR1 / Xq27.3

OMIM

309550

Analysemetode

Fragmentanalyse

Fragilt X analysen bestemmer længden på et CGG-repeat i den utranslaterede region 5´ for FMR1-genet med three-primer CGG-repeat primed PCR (Asuragen).

Mere end 99 % med fragilt X syndrom har forøget antal CGG-repeat (typisk >200) og der er således kun en meget lille del, som skyldes deletioner eller punktmutationer i FMR1-genet.

Repeatlængden kategoriseres som følgende:

For drenge: Normal: 1 allel 200 repeats
For piger: Normal: 2 alleler 200 repeats

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19079

NKN, Nationale kortnavn

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

FOXP3-gen;DNA

Sygdomme

Immuno-polyendokrinopati, IPEX

Gen/Region

FOXP3 / Xp11.23

OMIM

300292

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU28610

NKN, Nationale kortnavn

FOXP3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Fragilt X Syndrom

Beskrivelse

Skyldes primært ekspansion af en CGG-repeat-region i den utranslaterede del af exon 1 af FMR1 genet (>99 %). Afvigelser fra det normale repeat antal findes med meget stor sikkerhed. Arvegangen er X-bunden recessiv.

Gen/Region

FMR1 / Xq27.3

Analyse

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

OMIM

300624

Analysemetode

Fragmentanalyse

Prøvemateriale

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

GCK-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 3

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 2

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

GCK / 7p13

OMIM

138079

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19234

NKN, Nationale kortnavn

GCK-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

Genomsekventering

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Analysen vil ofte aflede efterfølgende familieundersøgelser.

Genomsekventering foretages efter genetisk rådgivning (prætestrådgivning) på en Klinisk Genetisk Afdeling eller efter aftale med Klinisk Genetisk Afdeling.

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at et dækkende resume af patientens sygehistorie, inklusive positive kliniske og parakliniske fund, er tilgængeligt ved tolkningen.

Prætest-rådgivningen omhandler, ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund. Der skal udfyldes samtykke til omfattende genomisk sekventering. Samtykkeerklæring kan hentes på www.ngc.dk. Samtykket skal skannes til patientens journal.

Gen/Region

Hele genomet

OMIM

Ikke relevant

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

NPU-ID

NPU59043

NKN, Nationale kortnavn

Genom;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

GLIS3-gen;DNA

Sygdomme

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

GLIS3 / 9p24.2

OMIM

610192

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29900

NKN, Nationale kortnavn

GLIS3-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

GLUD1-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 6

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

GLUD1 / 10q23.3

OMIM

138130

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19235

NKN, Nationale kortnavn

GLUD1-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

GREM1-gen;DNA

Sygdomme

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 1, HMPS1

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

GREM1 / 15q13.3

OMIM

603054

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU57115

NKN, Nationale kortnavn

GREM1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

HADH-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 4

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

HADH / 4q25

OMIM

601609

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29905

NKN, Nationale kortnavn

HADH-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

(CDH1)

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Øget risiko for diffus ventrikel cancer (signetrings adenocarcinom, linitis plastica). lobulær mamma cancer og colorectal cancer. Der kan ses læbe-ganespalte. Tendens til tidlig debut. Variabel fænotype.

Gen/Region

CDH1 / 16q22.1

Analyse

CDH1-gen;DNA

Panel

Genet rekvireres selvstændigt

OMIM

137215

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

HPC, HP, Kronisk Pancreatitis

Beskrivelse

Op til 80% af patienter med hereditær pancreatitis har mutationer i PRSS1. De fleste mutationer er lokaliseret i genets to trypsin regulatoriske områder. Tre mutationer er specielt hyppige og penetransen er afhængig af mutationen (43-93 %). Arvegangen er autosomal dominant.

Tre hyppige mutationer i SPINK1 (N34S, P55S og IVS3+TC) er associeret med hereditær pancreatitis, og kan i sjældne tilfælde være direkte årsag til udviklingen heraf. De anses dog for primært at øge risiko for udviklingen af pancreatitis med op til 23 %. Selvom der er rapporteret autosomal recessiv arvegang, og der for en enkelt mutation kan være autosomal dominant arvegang (c.27delC), er der for hovedparten også andre faktorer som fx miljø og andre genforandringer, der spiller ind i det fænotypiske udtryk. Mutationer i SPINK1 anses ofte som sygdomsmodificerende mutationer.

Adskillige mutationer i CTRC med loss of function og nogle potentielt patogene varianter er beskrevet. Som med mutationer i SPINK1 er en mutation ikke nødvendigvis nok til at udvikle sygdom, men kan i heterozygot form medføre en øget risiko for pancreatitis gennem interaktioner med mutationer i CFTR og SPINK1 eller miljøfaktorer. Selvom genforandringer i CTRC ikke er hyppige hos patienter med hereditær pankreatitis, tyder opgørelser på, at der hos bærere er 4-8 gange øget risiko for udvikling af pankreatitis.

Gen/Region

PRSS1 / 7q34-35

SPINK1 / 5q32

CTRC / 1p36.31

Panel

PRSS1-gen;DNA, SPINK1-gen;DNA, CTCR-gen;DNA

OMIM

167800

Analysemetode

Prøvemateriale

NGS, MLPA, MS-MLPA for 6q24, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

Familial hyperinsulinism

FHI- KATP

HHF1 (ABCC8)

HHF2 (KCNJ11)

HHF3 (GCK)

HHF6 (GLUD1)

HHF4 (HADH)

HHF5 (INSR)

HHF7, (SLC16A1)

Andre former: (HNF1A), (HNF4A), (INS), (UCP2)

Beskrivelse

Kongenit hyperinsulinisme er karakteriseret ved forhøjet p-insulin, p-C-peptid og p-proinsulin niveau. Vedvarende hypoglycemi kan medfører neurologisk skade og evt. død. Oprindeligt blev det antaget, at sygdommen kun berørte nyfødte og børn. Ikke desto mindre er mange tilfælde observeret hos voksne af alle aldre. Sygdommen udvikles på baggrund af mutation i et af ovenstående gener, hvilket resulterer defekt i betacellens KATP kanaler, der regulerer insulin sekretion. Arvegangen kan være autosomal recessiv eller autosomal dominant.

Der medsendes forældreprøver ved børn.

Mutation i ABCC8 eller KCNJ11 genet medfører defekt i betacelle KATP kanalen, der regulerer insulin sekretion. Tilstanden nedarves primært ved autosomal recessiv arvegang.

Gain-of-function mutation i glucokinase genet GCK medfører øget aktivitet af glucokinase og FHH. Arvegangen er autosomal dominant. Loss-of-function mutation i GCK medfører modsat nedsat aktivitet af glucokinase og MODY2.

HADH mutationer er en relativt hyppigt forekommende årsag til diazoxid-responsive CHI med et frekvens, der svarer til GLUD1 og HNF4A mutationer. Det kan anbefales, at HADH sekvensanalyse overvejes hos alle patienter med diazoxid-responsiv CHI, når recessiv arv mistænkes. Sjældne tilfælde af autosomal recessiv nedarvet HADH mutationer kan medføre defekt mitochondriel fedt syre β-oxidation (FAO). Disse patienter er karakteriseret ved et bredt spekter af symptomer, herunder hepatisk encefalopati førende til leversvigt, kardiomyopati, skelet myopati og vuggedød.

Dominant nedarvet mutation i INSR kan medføre postprandial hyperinsulinisme samt insulinresistent diabetes mellitus med acanthosis nigricans, Leprechaunisme og Rabson–Mendenhalls syndrom. Samlet er de karakteriseret ved insulin resistens, acanthosis nigricans, virilisering samt ketoacidosis, hypoglycæmi samt hyperinsulinæmi.

Gain-of-function mutation i GLUD1, der koder for mitochondrie enzymet glutamat dehydrogenase (GDH) kan medføre medfødt hyperinsulinæmi med høj koncentration af p- ammonium-ion. Tilstanden har autosomal dominant arvegang.

Gain-of function mutationer i SLC16A1 kan forårsage træningsudløst hyperinsulinisme (EIHI), en dominant nedarvet tilstand karakteriseret ved en uhensigtsmæssig insulinsekretion under anaerob træning eller pyruvat belastning, der medfører hypoglycæmi Missens mutationer i SLC16A1 - kan endvidere give erythrocyte lactate transporter defect, der ligeledes nedarves dominant.

Gen/Region

ABCC8 / 11p15.1

KCNJ11 / 11p15.1

GCK / 7p13

HADH / 4q25

INSR / 19p13.2

GLUD1 / 10q23.2

SLC16A1 / 1p13.2

HNF4alfa / 20q12-q13.1

HNF1alfa / 12q24.2

INS / 11p15.5

UCP2 / 11q13.4

6q24

Lille panel

ABCC8-gen;DNA, KCNJ11-gen;DNA, GCK-gen;DNA, GLUD1-gen;DNA, 6q24

Stort panel

ABCC8-gen;DNA, KCNJ11-gen;DNA, GCK-gen;DNA, HADH-gen;DNA, INSR-gen;DNA, GLUD1-gen;DNA, SLC16A1-gen;DNA, HNF4A-gen;DNA, HNF1A-gen;DNA, INS-gen;DNA, UCP2-gen;DNA, 6q24

OMIM

125853, 240800, 256450, 602485, 606176, 606762, 609968,609975, 610021, 610374, 616214

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

Mb. Osler

Osler-Rendu-Weber Disease

HHT type 1 (ENG)

HHT type 2 (ACVRL1)

HHT type 3 (SMAD4)

Beskrivelse

HHT nedarves autosomal dominant og skyldes deletion/insertion eller punkt mutation i ACVRL1 genet (ALK1) (~40 %), ENG genet (~42 %) eller SMAD4 genet (~2-3 %). Anvendte metoder identificerer mutation/deletion hos 89 % af personer med klinisk HHT.

Gen/Region

ACVRL1 / 12q

ENG / 9q34

SMAD4 / 18q21

Panel

ENG-gen;DNA, ACVRL1-gen;DNA, SMAD4-gen;DNA

OMIM

187300, 600376, 601101

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

HMBS-gen;DNA

Sygdomme

Akut intermitterende porfyri, AIP

Porphobilinogen deaminase-mangel

Porfyri

Gen/Region

HMBS / 11q23.3

OMIM

609806

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU34026

NKN, Nationale kortnavn

HMBS-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

HNF1-alpha

HNF1A-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 3

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

HNF1A / 12q24.2

OMIM

142410

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19237

NKN, Nationale kortnavn

HNF1A-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

HNF1-beta

HNF1B-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young ,Type 5

Renal Cysts And Diabetes Syndrome; RCAD

Gen/Region

HNF1B / 17q12

OMIM

189907

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29950

NKN, Nationale kortnavn

HNF1B-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

HNF4-alpha

HNF4A-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 1

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

HNF4A / 20q12-q13.1

OMIM

600281

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19253

NKN, Nationale kortnavn

HNF4A-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Hypofosfatemia, x-bundet; xlh, vitamin D-resistent rakitis, x-bundet (PHEX)

Beskrivelse

X-bundet dominant hypofosfatæmisk rakitis er karakteriseret ved udvikling af knogledeformitet med buede lange rørknogler, kort statur, tandgener heruden tandrodsabcesser og nedsat reabsorption af fosfor fra nyrerne, lavt calcium og forøget alkalisk fosfatase aktivitet. Der ses variabel ekspressivitet.

Gen/Region

PHEX / Xp22.11

Analyse

PHEX-gen;DNA

OMIM

307800

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

Cushing disease, pituitary

Somatotropinoma, familial isolated; FIS

Isolated familial somatotropinoma; IFS

Acromegaly due to pituitary adenoma 1

Prolactinoma, familial

Beskrivelse

AIP mutation disponerer til Familiær isoleret hypofyse adenom (FIPA). Således er AIP mutation blevet påvist ved prolactinom og acromegaly. Tumorer kan ligeledes være ACTH secernerende og medfører Cushings sygdom. Det anslås at 15 % af patienter med FIPA, har mutation i AIP. Funktionel evaluering af AIP mutationer viser, at AIP fungerer som en tumor suppressor.

Gen/Region

AIP / 11q13.2

Analyse

AIP-gen;DNA

OMIM

102200, 219090, 600634

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

Steroid Sulfatase Deficiency

Beskrivelse

Hudsygdom hvor huden minder om fiskeskæl. Der testes udelukkende for den X-bunden recessive form. 80-90 % af disse opstår på baggrund af deletioner i STS-genet.

Gen/Region

STS / Xp22.3

Analyse

STS-gen;DNA

OMIM

308100

Analysemetode

Kromosom mikroarray. Der foretages ikke sekventering af genet

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

Immuno-polyendokrinopati, Immunodysregulering, polyendokrinopati, og enteropati, X-bunden; IPEX

X-bundet autoimmunitet-allergisk dysregulerings syndrom; XLAAD

IDDM-sekretorisk diarre syndrom; DMSD

Diarre, polyendokrinopati, fatal infektions syndrom, x-bundet

Enteropati, autoimmun, med hemolytisk anemi og polyendokrinopati

Beskrivelse

IPEX er en X-bunden recessiv immunologisk lidelse, der er karakteriseret ved enteropati og svær diarré, type 1 diabetes mellitus og dermatitis. Øvrige symptomer omfatter hypothyroidisme, autoimmun hæmolytisk anæmi, trombocytopeni, lymfadenopati, hepatitis og nefritis. IPEX kan være dødelig før 2 år, med mindre der indsættes intensiv behandling.

Gen/Region

FOXP3 / Xp11.23

Analyse

FOXP3-gen;DNA

OMIM

304790

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

INS-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 10

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

INS / 11p15.5

OMIM

176730

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29946

NKN, Nationale kortnavn

INS-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

INSR-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 5

Diabetes melllitus, insulin-resistent

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Diabetes melllitus, insulin-resistent, med acanthosis nigricans

Rabson-Mendenhall syndrome (pineal hyperplasmi, insulin resistent diabetes mellitus,
and somatic abnormalities)

Mendenhall syndrome

Donohue syndrome (Leprechaunism)

Gen/Region

INSR / 19p13.2

OMIM

147670

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29899

NKN, Nationale kortnavn

INSR-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

MLPA inkl. methyleringsanalyse

Synonymer

KOS

Beskrivelse

Kagami-Ogata syndrom, KOS er et sjældent syndrom karakteriseret ved lille klokkeformet smalt thorax og ”coathanger-ribs”. Der kan ses andre misdannelser som f.eks. bugvægsdefekt og hjertemisdannelse. Der ses ofte forsinket motorisk udvikling og forsinket tale. Nogle patienter har let intellektuelt handikap, mens andre har normalt intellekt.

Kagami-Ogata syndrom forårsages af UPD14pat (paternel uniparental disomi af kromsom 14), allelspecifik imprintingdefekt eller allelspecifik mikrodeletion.

Gen/Region

14q32

OMIM

608149

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

Synonymer

KCNJ11-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 2.

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 13

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

KCNJ11 / 11p15.1

OMIM

600937

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19256

NKN, Nationale kortnavn

KCNJ11-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

KLF11-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 7

Gen/Region

KLF11 / 2p25

OMIM

603301

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29952

NKN, Nationale kortnavn

KLF11-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

Array

Beskrivelse

Kromosom mikroarray er en metode, der undersøger hele genomet for kvantitative kromosomale ændringer, deletioner og duplikationer af en vis størrelse. Metoden benyttes også til kendte mikrodeletions- og mikroduplikationssyndromer, som tidligere blev påvist med andre metoder. Kromosom mikroarray-metoden kan ud over kvantitative ændringer give informationer om tab af heterozygositet (”loss of heterozygosity, LOH” eller ”region of homozygosity, ROH”), som er relevant ved konsanguinitet og uniparental disomi. Metoden giver endvidere information om mosaikker af kvantitative ændringer over 20-30 %. En god klinisk beskrivelse er nødvendig ved rekvirering af kromosom mikroarray.

Gen/Region

Helgenomsanalyse

OMIM

Ikke relavant

Analysemetode

Kromosommikroarray

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

Kromosomanalyse, celledyrkning, FISH

Synonymer

Ingen

Beskrivelse

Kromosomanalyse udføres på dyrkede celler. Den anvendes ved mistanke om antalsfejl eller ved mistanke om strukturelle kromosomanomalier fx ved translokation i familien eller hyppige aborter.

Gen/Region

Screening af hele genomet på kromosomniveau

OMIM

Ikke relavant

Analysemetode

Prøvemateriale

Celler

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA og CAP

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

LFS, (TP53)

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko for udvikling af cancer i flere organsystemer med tendens til tidlig debut. Der er meget variabel fænotype.

Gen/Region

TP53 / 17p13.1

Analyse

TP53-gen;DNA

Panel

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

OMIM

151623

Analysemetoder

Prøvemateriale

Synonymer, undertyper, (gener)

HNPCC, Hereditary non-polyposis colorectal cancer

Beskrivelse

Lynch syndrom arves autosomal dominant og skyldes genforandringer i MMR generne MLH1, MSH2, MSH6 og PMS2 eller i EPCAM genet opstrøms for MSH2. Der er tendens til polypdannelse colorectalt og colorectal cancer samt øget risiko for cancerudvikling i flere andre organer.

Gen/Region

EPCAM/ 2p21

MLH1/ 3p22.2

MSH2/ 2p21-p16

MSH6/ 2p16.3

PMS2/ 7p22.1

Panel

EPCAM-gen;DNA, MLH1-gen;DNA, MSH2-gen;DNA, MSH6-gen;DNA, PMS2-gen;DNA

OMIM

120435

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

MLH1-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

MLH1 / 3p22.2

OMIM

120436

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19220

NKN, Nationale kortnavn

MLH1-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Mason-type diabetes

MODY1 (HNF4A)

MODY2 (GCK)

MODY3 (HNF1A)

MODY4 (PDX1)

MODY5 (HNF1B)

MODY6 (NEUROD1)

MODY7 (KLF11)

MODY8 (CEL)

MODY9 (PAX4)

MODY10 (INS)

MODY11 (BLK)

MODY12 (ABCC8)

MODY13 (KCNJ11)

Beskrivelse

Maturity-Onset Diabetes of the Young, MODY er en dominant nedarvet monogen diabetes type, der kan forårsages af mutation i et af en række gener. MODY diagnosticeres oftest sent i barndommen eller i ungdommen, men er også set, at kunne udvikles i midaldrende voksne. MODY patienter misklassificeres ofte som værende type 1 elle 2 diabetikere. MODY har negativ GAD-antistof og normal/lav p-c-peptid.

Diagnosticering af MODY kan bidrage til en bedre behandling samt rådgivning og evt. behandling af familiemedlemmer. Således kan insulinbehandling i visse tilfælde, ændres til tablet behandling.

Ca. 80 % af MODY tilfældene forårsages af mutationer i HNF4A, GCK eller HNF1A. Det er ofte vanskeligt at adskille de enkelte arvelige MODY type baseret på den kliniske præsentation. Nedenfor anføres særlige karakteristik for enkelte af generne.

Mutation i GCK kan medføre hyperglycemi, men sjældent regelret diabetes og kræver sjældent medicinsk behandling.

Mutation i PDX1 er associeret med pancreatisk agensis i homozygote og i enkelte tilfælde ved heterozygote individer.

Mutationer i HNF1B genet fører til Diabetes Mellitus (DM) MODY 5. Andelen af HNF1B genmutationer blandt MODY patienter anslås til cirka 3 %. Mutation kan føre til alvorligere fænotype med eventuelle associerede manifestationer såsom retinopati, misdannelse af kønsorganerne, renal hypodysplasi og hyperrekkogene nyre.

Mutation i KCNJ11 kan udover permanent neonatal diabetes mellitus (PNDM) føre til Diabetes Mellitus (DM) MODY13, der opstår i ung alder med primær insulinsekretionsdefekt og normal insulinfølsomhed.

Ved den anvendte analysemetode er sensitiviteten ~99 %.

Gen/Region

ABCC8 / 11p15.1

BLK / 8p23.1

CEL / 9q34.2

GCK / 7p13

HNF1A / 12q24.2

HNF1B / 17q12

HNF4A / 20q12-q13.1

INS / 11p15.5

KCNJ11 / 11p15.1

KLF11 / 2p25

NEUROD1 / 2q32

PAX4 / 7q32.1

PDX1 / 13q12.1

Lille panel

GCK-gen;DNA, HNF1A-gen;DNA, HNF1B-gen;DNA, HNF4A-gen;DNA, PDX1-gen;DNA

Stort panel

ABCC8-gen;DNA, BLK-gen;DNA, CEL-gen;DNA, GCK-gen;DNA, HNF1A-gen;DNA, HNF1B-gen;DNA, HNF4A-gen;DNA, INS-gen;DNA, KCNJ11-gen;DNA, KLF11-gen;DNA, NEUROD1-gen;DNA, PAX4-gen;DNA, PDX1-gen;DNA

OMIM

125850, 125851, 125853, 137920, 600496, 606329, 606391, 606392, 606394, 609812, 610508, 612225, 613370, 613375

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

MSH2-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

MSH2 / 2p21-p16

OMIM

609309

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19219

NKN, Nationale kortnavn

MSH2-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

MSH3-gen;DNA

Sygdomme

Familiær adenomatøs polypose type 4, FAP4

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

MSH3 / 5q14.1

OMIM

600887

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29193

NKN, Nationale kortnavn

MSH3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

MSH6-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

MSH6 / 2p16.3

OMIM

600678

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19271

NKN, Nationale kortnavn

MSH6-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

MUTYH-gen;DNA

Sygdomme

FAP2, familiær adenomatøs polyposis type 2

Multiple colorectal adenomas

Arvelig colorectal cancer / polypose

Gen/Region

MUTYH / 1q34.1

OMIM

604933

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU37138

NKN, Nationale kortnavn

MUTYH-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, MLPA, MS-MLPA for 6q24, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

PNDM: Persisterende neonatal diabetes mellitus

TNDM: Transient neonatal diabetes mellitus

Diabetes mellitus, permanent, of infancy; PDMI

Beskrivelse

Insulinkrævende hyperglykæmi inden for de første 3 levemåneder. Arvegangen er autosomal dominant.

Gen/Region

ABCC8 / 11p15.1

GCK / 7p13

GLIS3 / 9p24.2

GLUD1 / 10q23.3

HADH / 4q25

HNF1A / 12q24.2

HNF4A / 20q12-q13.1

INS / 11P15.5

INSR / 19p13.2

KCNJ11 / 11p15.1

PDX1 / 13q12.1

SLC16A1 / 1p13.2

6q24

Lille panel

ABCC8-gen;DNA, GCK-gen;DNA, GLIS3-gen;DNA, KCNJ11-gen;DNA, PDX1-gen;DNA, 6q24

Stort panel

ABCC8-gen;DNA, GCK-gen;DNA, GLIS3-gen;DNA, GLUD1-gen;DNA, HADH-gen;DNA, HNF1A-gen;DNA, HNF4A-gen;DNA, INS-gen;DNA, INSR-gen;DNA, KCNJ11-gen;DNA, PDX1-gen;DNA, SLC16A1-gen;DNA, 6q24

OMIM

606176

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

NEUROD1-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 6

Gen/Region

NEUROD1 / 2q32

OMIM

601724

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29951

NKN, Nationale kortnavn

NEUROD1-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

Non Invasive Prenatal Testing, NIPT

Aneuploidiscreening af foster-DNA i mors blod

Beskrivelse

Screening for aneuploidier på frit føtalt DNA i mors blod.

Ved NIPT undersøges små mængder DNA fra graviditeten, som findes i den gravides blod. Analysen foretages på en blodprøve på den gravide, som kan tages fra graviditetsuge 10 og frem. Der er tale om en meget følsom screeningsmetode primært for de tre hyppigste kromosomanomalier: trisomi 13, trisomi 18 og trisomi 21, og man kan således undgå invasiv test (på moderkageprøve eller fostervandsprøve). Metoden er ikke egnet til detektion af kønskromosomabnormiteter.

Bemærk at NIPT- analysen er en screeningsmetode og ikke en diagnostisk undersøgelse. Hvis analysen viser abnormt resultat, skal der foretages invasiv diagnostik til endelig afklaring.

Forbehold: Metoden anbefales ikke ved flerfoldsgraviditet og hvis den gravide har modtaget en af følgende behandlinger inden for de sidste 3 måneder: blodtransfusion, immunterapi, stamcelleterapi, transplantation eller strålebehandling. NIPT er mindre egnet hvis den gravides BMI er større end 35 eller ved maternel kromosomabnormitet. Placenta mosaicisme, føtal chimerisme, partiel føtal kromosom-aneuploidi af kromosomerne 13, 18 og 21 og vanishing twin kan give falsk positivt/falsk negativt resultat.

Metoden er ikke diagnostisk og den er ikke egnet til mindre kromosomale ubalancer. Den er således ikke et ligeværdigt alternativ til et kromosom mikroarray analyse på en invasiv prøve.

Gen/Region

Kromosom 13, 18 og 21, køn

OMIM

Ikke relevant

Analysemetode

NIPT

Prøvemateriale

Frit føtalt DNA i plasma

NPU-ID

NPU53990

NKN, Nationale kortnavn

Trisomirelateret DNA gruppe[NIPT];P

EQA

Vi deltager i eksterne kvalitetssikringsprogrammer

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NTHL1-gen;DNA

Sygdomme

Familiær adenomatøs polypose type 3, FAP3, Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

NHTL1 / 16p13.3

OMIM

602656

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU57118

NKN, Nationale kortnavn

NTHL1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Samlet pakke med cancerrelaterede gener som enten rekvireres isoleret som led i denne pakke eller som led i andre pakker. Det fremgår yderligere under de enkelte gener, hvilke pakker de indgår i.

BAP1-tumor predisposition syndrome, BAP1-TPDS, (BAP1)

HDGC, hereditary diffuse gastric cancer, (CDH1)

Li-Fraumeni syndrom, (TP53)

Peutz-Jeghers syndrome, (STK11)

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, (PTEN)

Beskrivelse

Der henvises til specifik side om hver af de nævnte sygdomme.

Gen/Region

BAP1 / 3p21.1

CDH1 / 16q22.1

PTEN / 10q23.31

STK11 / 19p13.3

TP53 / 17p13.1

Panel

BAP1-gen;DNA, CDH1-gen;DNA, PTEN-gen;DNA, STK11-gen;DNA, TP53-gen;DNA

OMIM

151623, 137215, 158350, 614327

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

FANCN

PALB2-gen;DNA

Sygdomme

Arveligt mamma cancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

PALB2 / 16p12.2

OMIM

610355

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29201

NKN, Nationale kortnavn

PALB2-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

PAX4-gen, DNA

Sygdomme

MODY, Maturity Onset Diabetes of the Young, Type 9

Gen/Region

PAX4 / 7q32.1

OMIM

167413

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29954

NKN, Nationale kortnavn

PAX4-gen, DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

PDX1-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 4

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

PDX1 / 13q12.1

OMIM

600733

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29949

NKN, Nationale kortnavn

PDX1-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

PJS (STK11)

Polyposis, hamartomatous intestinal Arvelig colorektal cancer/polypose

Beskrivelse

Autosomal dominat arvelig sygdom. Der ses bl.a. hyperpigmenterede pletter på ekstremiteter, læber og slimhinder, tendens til polypdannelse i flere organer samt tendens til tidlig cancerudvikling i flere organer. Der er variabel fænotype.

Gen/Region

STK11 / 19p13.3

Analyse

STK11-gen;DNA

Panel

Arvelig colorektal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

OMIM

175200

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

Phosphate-Regulating Endopeptidase

PHEX-gen;DNA

Sygdomme

Hypofosfatæmisk rakitis, X-bundent

Gen/Region

PHEX / Xp22.2-p22.1

OMIM

300550

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU38276

NKN, Nationale kortnavn

PHEX-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

PMS2-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer / polypose

Gen/Region

PMS2 / 7p22.1

OMIM

600259

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19252

NKN, Nationale kortnavn

PMS2-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

POLD1-gen;DNA

Sygdomme

Colorectal cancer, susceptibility to, 10, CRCS10

Arvelig colorectal cancer/polypos

Gen/Region

POLD1 / 19q13.33

OMIM

174761

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU57119

NKN, Nationale kortnavn

POLD1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

POLE-gen;DNA

Sygdomme

Colorectal cancer, susceptibility to, 12, CRCS12

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

POLE / 12q24.33

OMIM

174762

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU54516

NKN, Nationale kortnavn

POLE-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Akut intermitterende porfyri, porphobilinogen deaminase-mangel (HMBS)

Erytropoietisk protoporfyri, ferrochelatase-mangel (FECH)

Hereditær koproporfyri, coproporfyrinogen III-oxidase-mangel (CPOX)

Kongenit erytropoietisk porfyri, uroporfyrinogen III-syntase-mangel (UROS)

Porphyria cutanea tarda (UROD)

Variegat porfyri, protoporfyrinogen IX-oxydase-mangel (PPOX)

X-bunden dominant protoporfyri, ALA-syntase-mangel (ALAS2)

Beskrivelse

Porfyrierne udgør en heterogen gruppe af sygdomme, der skyldes forstyrrelse i biosyntesen af hæm, der er den funktionelle gruppe i bl.a. hæmoglobin, myoglobin og cytokromer. Biosyntesen af hæm foregår i otte trin, der er reguleret af hvert sit enzym. Der kendes otte forskellige porfyrisygdomme. De akutte porfyrier medfører neurologiske/neuroviscerale symptomer og de øvrige et overvejende kronisk forløb. Arvegangen er autosomal dominant eller recessiv med lav penetrans eller X-bunden.

Gen/Region

ALAS2 / Xp11.21

CPOX / 3q12

FECH / 18q21.3

HMBS / 11q23.3

PPOX / 1q22

UROD / 1p34.1

UROS / 10q26.2

Panel

Akut porfyri: CPOX-gen;DNA, HMBS-gen;DNA, PPOX-gen;DNA

EPP: FECH-gen;DNA, ALAS2-gen;DNA

Enkelt gen analyse

ALAS2-gen;DNA

CPOX-gen;DNA

FECH-gen;DNA

HMBS-gen;DNA

PPOX-gen;DNA

UROD-gen;DNA

UROS-gen;DNA

OMIM

121300 176000 176100 176200 177000 263700 300752

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

PPOX-gen;DNA

Sygdomme

Variegat porfyri, VP

Protoporfyrinogen IX-oxydase-mangel

Porfyri

Gen/Region

PPOX / 1q22

OMIM

600923

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU38596

NKN, Nationale kortnavn

PPOX-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN

Akkreditering

MLPA inkl methyleringsanalyse, kromosom mikroarray

Synonymer

rsa 15q11.2q13;DNA

PWS

Beskrivelse

Hos ca. 98 % af patienter med PWS findes mikrodeletion eller unipatental disomi. MLPA metoden detekterer begge. De sidste ca. 2 % af patienter med PWS kan ikke påvises molekylærgenetisk. PWS mikrodeletion kan også ses ved kromosom mikroarray, hvis den kliniske diagnose er mindre sikker.

Gen/Region

15q11.2-q13

OMIM

176270

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

PRSS1-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær pancreatitis

Gen/Region

PRSS1 / 7q34-35

OMIM

276000

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19176

NKN, Nationale kortnavn

PRSS1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

PTEN-gen;DNA

Sygdomme

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome

Arvelig colorectal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

PTEN / 10q23.31

OMIM

601728

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU38851

NKN, Nationale kortnavn

PTEN-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, evt. MLPA, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

Cowden syndrom 1 (PTEN)

Lhermitte-Duclos syndrome

Multiple hamartoma syndrome

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Systemisk sygdom med involvering af mange organsystemer, dysmorfe træk, makrocefali, endokrine påvirkning i flere akser, mental retardering, neurologiske symptomer, påvirkning af immunsystemet, tendens til polyp og hamatomdannelse, øget risiko for cancer i en række organer. Fænotypen er meget variabel.

Gen/Region

PTEN / 10q23.31

Analyse

PTEN-gen;DNA

Panel

Arvelig colorectal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

OMIM

158350

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

RAD51C-gen;DNA

Sygdomme

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 3, BROVCA3

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

RAD51C / 17q22

OMIM

602774

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29205

NKN, Nationale kortnavn

RAD51C-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

RAD51D-gen;DNA

Sygdomme

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

RAD51D / 17q12

OMIM

602954

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29206

NKN, Nationale kortnavn

RAD51D-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

RAD51D-gen;DNA

Sygdomme

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

RAD51D / 17q12

OMIM

602954

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29206

NKN, Nationale kortnavn

RAD51D-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

SLC16A1-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypogoglykæmi, type 7

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

SLC16A1 / 1p13.2

OMIM

600682

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29944

NKN, Nationale kortnavn

SLC16A1-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

SMAD4-gen;DNA

Sygdomme

HHT, Hereditær hæmorrhagisk telangiektasi, type 3

Juvenil polypose syndrom, JPS, juvenil intestinal polypose

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

SMAD4 / 18q21

OMIM

600993

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU36565

NKN, Nationale kortnavn

SMAD4-gen;DNA

EQA

Der findes ingen kvalitetskontrolprogrammer på nuværende tidspunkt. Laboratoriet gennemfører udveksling af prøver med andre internationale laboratorier.

Akkreditering

Synonymer

SPINK1-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær pancreatitis.

Gen/Region

SPINK1 / 5q32

OMIM

167790

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29904

NKN, Nationale kortnavn

SPINK1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

STK11-gen;DNA

Sygdomme

Peutz-Jeghers syndrom

Arvelig colorectal cancer

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

STK11 / 19p13.3

OMIM

602216

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19273

NKN, Nationale kortnavn

STK11-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Steroid sulfatase

STS-gen;DNA

Sygdomme

Ichthyosis, X-bundet

Gen/Region

STS / Xp22.3

OMIM

300747

Analysemetode

Kromosom mikroarray. Der foretages ikke sekventering af genet.

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19014

NKN, Nationale kortnavn

STS-gen;DNA

EQA

GenQA

Akkreditering

MLPA inkl. methyleringsanalyse

Synonymer

TS

Beskrivelse

Temple syndrom, TS er karakteriseret ved præ- og postnatal vækstretardering, hypotoni, hypermobilitet, forsinket motorisk udvikling, forsinket tale og/eller intellektuelt handikap, tidlig pubertet og overvægt. Temple syndrom er en differentialdiagnose til Prader Willi Syndrom og Silver Russel Syndrom.

Temple syndrom forårsages af UPD14 mat (maternel uniparental disomi af kromsom 14), allelspecifik imprintingdefekt eller allelspecifik mikrodeletion.

Gen/Region

14q32

OMIM

616222

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

Synonymer

TP53-gen;DNA

Sygdomme

Li-Fraumeni syndrom

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

TP53 / 17p13.1

OMIM

191170

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19201

NKN, Nationale kortnavn

TP53-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Benign familiær hæmaturi

Beskrivelse

Sædvanligvis non-progredierende, autosomal dominant arvelig mikroskopisk hæmaturi. Mutation i samme gener i homozygot eller compound heterozygot form medfører autosomal recessiv arvelig Alport syndrom (se denne).

Gen/Region

COL4A3 / 2q36.3

COL4A4 / 2q36.3

Panel

COL4A3-gen, COL4A4-gen

OMIM

104200, 203780

Analysemetode

Prøvemateriale

Synonymer

UCP2-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

Gen/Region

UCP2 / 11q13.4

OMIM

607447

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19258

NKN, Nationale kortnavn

UCP2-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

UPD

Uniparental disomi, kromosom 7

Uniparental disomi, kromosom 14

Uniparental disomi, kromosom 15

Beskrivelse

Uniparental disomi for nogle kromosomer er kendt sygdomsfremkaldende. Der undersøges for et af følgende:

UPD 7 - associeret med Silver Russel syndrom.
UPD 14 - associeret med maternel UPD 14 (Temple syndrom) henholdsvis paternal UPD 14.
UPD 15 - associeret med Prader Willi syndrom henholdsvis Angelman syndrom.

Ved undersøgelse for uniparental disomi undersøges for nedarvningsmønster af udvalgte kromosomer: 7, 14 eller 15 afhængig af indikationen.

Gen/Region

Udvalgte områder på kromosomerne 7, 14 eller 15

OMIM

Ikke relevant

Analysemetode

Fragmentanalyse

Prøvemateriale

NPU-ID

NPU57579 (UPD7)

NPU57580 (UPD14)

NPU57581 (UPD15)

NKN, Nationale kortnavn

Kromosom 7 UPD;Krom

Kromosom 14 UPD;Krom

Kromosom 15 UPD;Krom

EQA

Der deltages ikke i eksterne kvalitetssikringsprogrammer. Der er interne kontroller i hver analyse, da barn og forældre sammenlignes

Akkreditering

Synonymer

UROD-gen;DNA

Sygdomme

Porphyria cutanea tarda, PCT

Porfyri

Gen/Region

UROD / 1p34

OMIM

613521

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19238

NKN, Nationale kortnavn

UROD-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

UROS-gen;DNA

Sygdomme

Kongenit erytropoietisk porfyri

Uroporfyrinogen III-syntase-mangel

Porfyri

Gen/Region

UROS / 10q26.1-26.2

OMIM

606938

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19206

NKN, Nationale kortnavn

UROS-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Epiphyseal dysplasia, multiple, with early-onset diabetes mellitus

MED-IDDM syndrome

WRS, Wolcott-Rallison syndrome

Beskrivelse

Wolcott-Rallison syndrom (WRS) er en sjælden autosomal recessiv lidelse karakteriseret ved kombination af permanent neonatal- og tidlig barndoms insulinkrævende diabetes, multipel epifysedysplasi og væksthæmning samt andre variable multisystemisk kliniske manifestationer.

Gen/Region

EIF2AK3 / 2p11.2

Panel

EIF2AK3-gen;DNA

OMIM

226980

Analysemetode

Prøvemateriale