Analyser

Synonymer

AIP-gen;DNA

Hepatitis b virus x-associated protein 2; xap2, ara9

Sygdomme

Hypofyseadenom, familiær isoleret

Gen/Region

AIP / 11q13.3

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU28397

NKN, Nationale kortnavn

AIP-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Akut sygt barn

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres dato for ovenstående journalnotat i feltet ”Kliniske oplysninger”.

For forældre (ved trioanalyse):

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Varsling

Akut sygt barn genom skal altid aftales med/varsles til vagthavende læge på Klinisk Genetisk Afdeling.

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Hereditær nefropati med hørenedsættelse og øjenforandringer; X-bunden form (COL4A5)

Hereditær nefropati med hørenedsættelse og øjenforandringer; autosomale former (COL4A3, COL4A4)

Beskrivelse

Progredierende nefropati der sædvanligvis fører til kronisk nyresvigt før 30-års alderen og evt. ledsaget af perceptiv hørenedsættelse og øjenforandringer (lenticonus og retinopati). Den X-bundne form udgør ca. 85 % og de autosomale former ca. 15 %.

Heterozygote mutationer i de samme gener kan medføre tynd basalmembransygdom (se denne).

Alport syndrom med diffus leiomyomatosis ses ved deletion af de proksimale exons i COL4A5 samt exon 1 og 2 i COL4A6.

AMME-complex er et contigeous gene deletion syndrome, hvor der ud over Alport syndrom ses mental retardering, elliptocytosis, midtfacial hypoplasi og dysmorfe træk.

Der er to alternative metoder til undersøgelse af COL4A5: Next Generation Sequencing inklusiv copy-number analyse af DNA eller mRNA-analyse af dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi.

Fordelen ved undersøgelse af mRNA fra dyrkede fibroblaster er, at splice site mutationer i introns detekteres med større sandsynlighed. Manglende farvning for alfa5-kæden i type IV-kollagen i den epidermale basalmembran understøtter diagnosen Alport syndrom i X-bunden form. Der ses manglende ekspression hos 70-80 % med sygdommen.

Hvis der påvises deletioner i den proximale del af COL4A5, analyseres COL4A6 for deletioner. I øvrige tilfælde analyseres COL4A6 ikke.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

COL4A3, COL4A4, COL4A5

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

cDNA-analyse af COL4A5 mRNA fra dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi

Prøvemateriale

DNA, celler (kun fra hudbiopsi)

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

QF-PCR

Beskrivelse

Aneuploidiscreening er en hasteanalyse for antalsfejl af kromosomerne 13, 18, 21, X og Y. Analysen anvendes på prænatale prøver, ved mistanke om mola samt hos nyfødte ved mistanke om kromosomantalsfejl, fx trisomi 21.

Gen/Region

Udvalgte områder på kromosomerne 13, 18, 21, X og Y

Analysemetode

QF-PCR analyse

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

rsa 15q11.2q13;DNA

Beskrivelse

Sygdommen er en såkaldt imprintning sygdom. Ca. 70 % har de novo mikrodeletion af det maternelle kromosom 15q11.2-q13. 3 % skyldes uniparental disomi af kromosom 15. 7 % skyldes en impritning defekt. Ca. 10 % har en mutation i UBE3A-genet. De sidste 10 % kan med nuværende viden ikke diagnosticeres molekylærgenetisk, dog er der påvist mutationer i MECP2-genet (Rett syndrom) hos nogle få patienter med klinisk AS. Den anvendte metode kan diagnosticere 80 % af patienterne med klinisk AS. Man kan evt. fortsætte med genundersøgelse af UBE3A genet. AS mikrodeletion kan også ses ved kromosom mikroarray, hvis den kliniske diagnose er mindre sikker.

Gen/Region

15q11.2-q13

Analysemetode

MLPA - inkl. methyleringsanalyse, kromosom mikroarray

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Familiær colorectal cancer, CRC

Samlet betegnelser for de gener, som undersøges ved mistanke om familiær forekomst af colorectal cancer. Panelet er sammensat ud fra de nationale guidelines til genundersøgelsen.

Colorectal cancer, susceptibility to, 10, CRCS10 (POLD1)

Colorectal cancer, susceptibility to, 12, CRCS12 (POLE)

Familiær adenomatøs polypose type 1, FAP1 (APC)

Familiær adenomatøs polypose type 2, FAP2 (MUTYH)

Familiær adenomatøs polypose type 3, FAP3 (NTHL1)

Familiær adenomatøs polypose type 4, FAP4 (MSH3)

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 1, HMPS1 (GREM1)

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 2, HMPS2 (BMPR1A)

Juvenil polypose syndrom, JPS (BMPR1A, SMAD4)

Lynch syndrom (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Oligodontia-colorectal cancer syndrome (AXIN2)

Peutz-Jeghers syndrom (STK11)

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, Cowden syndrome 1, (PTEN)

Sessile serrated poly cancer syndrome (RNF43)

Beskrivelse

CRCS10: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polyp- og adenom dannelse i colon. Øget risiko for colorectal og endometriecancer.

CRCS12: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polyp- og adenom dannelse i colon. Øget risiko for colorectal og endometriecancer.

FAP1: Autosomal dominant arvelig sygdom. Man ser bl.a. tendens til at danne multiple adenomer i colon, tyndtarm og ventrikel. Der er øget risiko for udvikling til colorectal cancer.

FAP2 : Autosomal recessiv arvelig sygdom med tendens til at danne multiple adenomer og polypper i colon og rectum. Der er øget risiko for udvikling til colorectal cancer.

FAP3: Autosomal recessiv arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til colorectal adenomdannelse med øget risiko for colorectal cancer samt øget risiko for andre typer af maligne tumorer.

FAP4: Autosomal recessiv arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til gastrointestinal adenomdannelse med øget risiko for colorectal cancer samt øget risiko for andre typer af tumorer både benigne og maligne.

HMPS1: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polypdannelse i colon – adenomatøse, inflammatoriske, metaplastiske eller juvenile. Øget risiko for colorectal cancer.

HMPS2: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polypdannelse i colon – adenomatøse, inflammatoriske, metaplastiske eller juvenile. Øget risiko for colorectal cancer.

JPS: Autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses bl.a. øget tendens til polypdannelse gastointestinalt inkl. hamatomatøse polypper. Øget risiko for udvikling af coloncancer.

Lynch syndrom: Der henvises til side vedrørende Lynch.

Oligodontia-colorectal cancer syndrome: Autosomal dominant arvelig sygdom bl.a. med tendens til at danne adenomer i colon, samt oligodenti. Der er øget risiko for udvikling af colorectal cancer.

Peutz-Jeghers syndrom: Der henvises til side vedrørende Peutz-Jeghers syndrom.

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome: Autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til harmatomdannelse, øget risiko for flere cancerformer, endokrin påvirkning, makrocefali, der kan være dysmorfe træk, psykomotorisk udvikling  samt en række andre symptomer. Der ses tendens til gastroinstestinal polypdannelse.

Sessile serrated polyposis cancer syndrome: Sjælden sygdom med multiple serrated polypper. Der er øget risiko for udvikling af colorectal cancer.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

APC, AXIN2, BMPR1A, EPCAM, GREM1, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, RNF43, RPS20, SMAD4, SCG5, STK11

Analysemetode

NGS, evt. MLPA, Sanger sekventering

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Hereditary Breast and ovarian cancer, HBOC

HBOC, breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 1; BROVCA1 (BRCA1)

HBOC, breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 2; BROVCA2 (BRCA2)

Beskrivelse

HBOC er en autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko og tendens til tidlig debut af særligt mamma- og ovariecancer hos kvinder.

Ved PALB2 ses øget risiko for mammacancer ved kvinder. Det er uafklaret om, der er øget risiko for ovariecancer eller andre cancerformer.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, PALB2, PTEN, STK11, TP53

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Et samlet panel til de mest relevante gener ved mistanke om arvelig ovariecancer, primært overfladederiveret (adenocarcinomer)

HBOC, Hereditary breast and ovarian cancer (BRCA1, BRCA2), arvelig mammacancer

Lynch syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, type 3, BROVCA3, (RAD51C)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4, (RAD51D)

Beskrivelse

Der henvises til de sygdomsspecifikke sider for HBOC og Lynch.

BROVCA3: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

BROVCA4: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

BRCA1, BRCA2, BRIP1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, RAD51C, RAD51D

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Et samlet panel til udredning for både arvelig mammacancer og arvelig ovariecancer

HBOC, Hereditary breast and ovarian cancer (BRCA1, BRCA2), arvelig mammacancer

Lynch syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, type 3, BROVCA3, (RAD51C)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4, (RAD51D)

Beskrivelse

Der henvises til de sygdomsspecifikke sider for HBOC, Lynch og arvelig ovariecancer.

BROVCA3: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

BROVCA4: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

Ved PALB2 ses øget risiko for mammacancer ved kvinder. Det er uafklaret, om der er øget risiko for ovariecancer eller andre cancerformer.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma Syndrome, FAMMM, (CDKN2A, CDK4)

Cutaneous Malignant Melanoma, CMM, (CDKN2A, CDK4)

Cutaneous Malignant Melanoma, susceptibility to, type 2, CMM2 (CDKN2A)

Cutaneous Malignant Melanoma,, susceptibility to, type 3 CMM3 (CDK4)

Familial Atypical Multiple Mole Melanoma-Pancreatic Carcinoma Syndrome, FAMMMPC  (CDKN2A)

BAP1-tumor predisposition syndrome, BAP1-TPDS (BAP1)

Beskrivelse

FAMMM inkl. forskellige synonymer: Autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko for cutane maligne melanom og let øget risiko for andre cancerformer, primært i pancreas.

BAP1-TPDS: Der henvises til speciefik side om sygdommen.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

ACD, BAP1, CDKN2A, CDK4, POT1, TERT, TERF2IP

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Cadherin 1, E-Cadherin

Sygdomme

HDGC, hereditary diffuse gastric cancer

Gen/Region

CDH1 / 16q22.1

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU19035

NKN, Nationale kortnavn

CDH1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

CPOX-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær koproporfyri

Coproporfyrinogen III-oxidase-mangel

Porfyri

Gen/Region

CPOX / 3q12

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU29903

NKN, Nationale kortnavn

CPOX-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Diabetes melllitus, insulin-resistant, med acanthosis nigricans (INSR)

Rabson-Mendenhall syndrome, pineal hyperplasmi, insulin resistent diabetes mellitus, and somatic abnormalities (INSR)

Mendenhall syndrome (INSR)

Donohue syndrome , Leprechaunism (INSR)

Beskrivelse

Mutation i INSR kan medføre dominant eller recessivt nedarvet insulinresistent diabetes mellitus med acanthosis nigricans, Leprechaunisme og Rabson–Mendenhalls syndrom. Samlet er de karakteriseret ved insulin resistens, acanthosis nigricans, virilisering samt ketoacidosis.

Gen/Region

INSR / 19p13.2

Analyse

INSR-gen;DNA

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

Sygdomme

Fragilt X

Gen/Region

FMR1 / Xq27.3

Analysemetode

Fragmentanalyse

Fragilt X analysen bestemmer længden på et CGG-repeat i den utranslaterede region 5´ for FMR1-genet med three-primer CGG-repeat primed PCR (Asuragen).

Mere end 99 % med fragilt X syndrom har forøget antal CGG-repeat (typisk >200) og der er således kun en meget lille del, som skyldes deletioner eller punktmutationer i FMR1-genet.

Repeatlængden kategoriseres som følgende:

• For drenge: Normal: 1 allel 200 repeats
• For piger: Normal: 2 alleler 200 repeats

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU19079

NKN, Nationale kortnavn

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Fragilt X Syndrom

Beskrivelse

Skyldes primært ekspansion af en CGG-repeat-region i den utranslaterede del af exon 1 af FMR1 genet (>99 %). Afvigelser fra det normale repeat antal findes med meget stor sikkerhed. Arvegangen er X-bunden recessiv.

Gen/Region

FMR1 / Xq27.3

Analyse

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

Analysemetode

Fragmentanalyse

Prøvemateriale

DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Genomsekventering

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Ved Genom;DNA foregår selve laboratoriedelen på Klinisk Genetisk Afdeling, KGA. Langt de fleste postnatale genomer håndteres i dag laboratoriemæssigt i regi af Nationalt GenomCenter, og Genom;DNA på KGA er kun efter særlig aftale (forbeholdt patienter, hvor indikationen ikke er omfattet af NGC-udbuddet, og hvor der samtidig findes indikation for genomanalyse), ofte forudgået af vurdering/genetisk rådgivning på KGA

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-analyse, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig analyse af forældrenes data øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Genetiske fund kan ofte både have betydning for patienten selv og for andre familiemedlemmer.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres dato for ovenstående journalnotat i feltet ”Kliniske oplysninger”.

For forældre (ved trioanalyse):

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

NPU59043

NKN, Nationale kortnavn

Genom;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

(CDH1)

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Øget risiko for diffus ventrikel cancer (signetrings adenocarcinom, linitis plastica). lobulær mamma cancer og colorectal cancer. Der kan ses læbe-ganespalte. Tendens til tidlig debut. Variabel fænotype.

Gen/Region

CDH1 / 16q22.1

Analyse

CDH1-gen;DNA

Panel

Genet rekvireres selvstændigt

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

HPC, HP, Kronisk Pancreatitis

Beskrivelse

Op til 80% af patienter med hereditær pancreatitis har mutationer i PRSS1. De fleste mutationer er lokaliseret i genets to trypsin regulatoriske områder. Tre mutationer er specielt hyppige og penetransen er afhængig af mutationen (43-93 %). Arvegangen er autosomal dominant.

Tre hyppige mutationer i SPINK1 (N34S, P55S og IVS3+TC) er associeret med hereditær pancreatitis, og kan i sjældne tilfælde være direkte årsag til udviklingen heraf. De anses dog for primært at øge risiko for udviklingen af pancreatitis med op til 23 %. Selvom der er rapporteret autosomal recessiv arvegang, og der for en enkelt mutation kan være autosomal dominant arvegang (c.27delC), er der for hovedparten også andre faktorer som fx miljø og andre genforandringer, der spiller ind i det fænotypiske udtryk. Mutationer i SPINK1 anses ofte som sygdomsmodificerende mutationer.

Adskillige mutationer i CTRC med loss of function og nogle potentielt patogene varianter er beskrevet. Som med mutationer i SPINK1 er en mutation ikke nødvendigvis nok til at udvikle sygdom, men kan i heterozygot form medføre en øget risiko for pancreatitis gennem interaktioner med mutationer i CFTR og SPINK1 eller miljøfaktorer. Selvom genforandringer i CTRC ikke er hyppige hos patienter med hereditær pankreatitis, tyder opgørelser på, at der hos bærere er 4-8 gange øget risiko for udvikling af pankreatitis.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

CFTR, CTRC, PRSS1, SPINK1

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Familial hyperinsulinism

FHI- KATP

HHF1 (ABCC8)

HHF2 (KCNJ11)

HHF3 (GCK)

HHF6 (GLUD1)

HHF4 (HADH)

HHF5 (INSR)

HHF7, (SLC16A1)

Andre former: (HNF1A), (HNF4A), (INS), (UCP2)

Beskrivelse

Kongenit hyperinsulinisme er karakteriseret ved forhøjet p-insulin, p-C-peptid og p-proinsulin niveau. Vedvarende hypoglycemi kan medfører neurologisk skade og evt. død. Oprindeligt blev det antaget, at sygdommen kun berørte nyfødte og børn. Ikke desto mindre er mange tilfælde observeret hos voksne af alle aldre. Sygdommen udvikles på baggrund af mutation i et af ovenstående gener, hvilket resulterer defekt i betacellens KATP kanaler, der regulerer insulin sekretion. Arvegangen kan være autosomal recessiv eller autosomal dominant.

Der medsendes forældreprøver ved børn.

Mutation i ABCC8 eller KCNJ11 genet medfører defekt i betacelle KATP kanalen, der regulerer insulin sekretion. Tilstanden nedarves primært ved autosomal recessiv arvegang.

Gain-of-function mutation i glucokinase genet GCK medfører øget aktivitet af glucokinase og FHH. Arvegangen er autosomal dominant. Loss-of-function mutation i GCK medfører modsat nedsat aktivitet af glucokinase og MODY2.

HADH mutationer er en relativt hyppigt forekommende årsag til diazoxid-responsive CHI med et frekvens, der svarer til GLUD1 og HNF4A mutationer. Det kan anbefales, at HADH sekvensanalyse overvejes hos alle patienter med diazoxid-responsiv CHI, når recessiv arv mistænkes. Sjældne tilfælde af autosomal recessiv nedarvet HADH mutationer kan medføre defekt mitochondriel fedt syre β-oxidation (FAO). Disse patienter er karakteriseret ved et bredt spekter af symptomer, herunder hepatisk encefalopati førende til leversvigt, kardiomyopati, skelet myopati og vuggedød.

Dominant nedarvet mutation i INSR kan medføre postprandial hyperinsulinisme samt insulinresistent diabetes mellitus med acanthosis nigricans, Leprechaunisme og Rabson–Mendenhalls syndrom. Samlet er de karakteriseret ved insulin resistens, acanthosis nigricans, virilisering samt ketoacidosis, hypoglycæmi samt hyperinsulinæmi.

Gain-of-function mutation i GLUD1, der koder for mitochondrie enzymet glutamat dehydrogenase (GDH) kan medføre medfødt hyperinsulinæmi med høj koncentration af p- ammonium-ion. Tilstanden har autosomal dominant arvegang.

Gain-of function mutationer i SLC16A1 kan forårsage træningsudløst hyperinsulinisme (EIHI), en dominant nedarvet tilstand karakteriseret ved en uhensigtsmæssig insulinsekretion under anaerob træning eller pyruvat belastning, der medfører hypoglycæmi Missens mutationer i SLC16A1 - kan endvidere give erythrocyte lactate transporter defect, der ligeledes nedarves dominant.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Lille panel

ABCC8, KCNJ11, GCK, GLUD1

Stort panel

ABCC8, KCNJ11, GCK, HADH, INSR, GLUD1, SLC16A1, HNF4A, HNF1A, INS, UCP2

Analysemetode

NGS, MLPA, MS-MLPA for 6q24, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Mb. Osler

HHT type 1 (ENG)

HHT type 2 (ACVRL1)

HHT type 3 (SMAD4)

CM-AVM type 1 (RASA1)

CM-AVM type 2 (EPHB4)

HHT like (GDF2)

Beskrivelse

HHT nedarves autosomal dominant og skyldes patogen variant i enten ACVRL1 genet (ALK1) (~40%), ENG genet (~42%) eller SMAD4 genet (~2-3%). Anvendte metoder identificerer patogen variant hos over 90% af personer med klinisk HHT.

Udover de tre klassiske HHT gener indeholder HHT panelet også gener for oplagte differentialdiagnoser; RASA1 og EPHB4 generne samt GDF2 genet, som medfører hhv. capillary malformation-arteriovenous malformation type 1, capillary malformation-arteriovenous malformation type 2 samt et HHT lignende syndrom (HHT type 5). GDF2 genet kaldtes tidligere BMP9.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

ACVRL1, ENG, EPHB4, GDF2, RASA1, SMAD4

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

HMBS-gen;DNA

Sygdomme

Akut intermitterende porfyri, AIP

Porphobilinogen deaminase-mangel

Porfyri

Gen/Region

HMBS / 11q23.3

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU34026

NKN, Nationale kortnavn

HMBS-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Hypofosfatemia, x-bundet; xlh, vitamin D-resistent rakitis, x-bundet (PHEX)

Beskrivelse

X-bundet dominant hypofosfatæmisk rakitis er karakteriseret ved udvikling af knogledeformitet med buede lange rørknogler, kort statur, tandgener heruden tandrodsabcesser og nedsat reabsorption af fosfor fra nyrerne, lavt calcium og forøget alkalisk fosfatase aktivitet. Der ses variabel ekspressivitet.

Gen/Region

PHEX / Xp22.11

Analyse

PHEX-gen;DNA

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Cushing disease, pituitary

Somatotropinoma, familial isolated; FIS

Isolated familial somatotropinoma; IFS

Acromegaly due to pituitary adenoma 1

Prolactinoma, familial

Beskrivelse

AIP mutation disponerer til Familiær isoleret hypofyse adenom (FIPA). Således er AIP mutation blevet påvist ved prolactinom og acromegaly. Tumorer kan ligeledes være ACTH secernerende og medfører Cushings sygdom. Det anslås at 15 % af patienter med FIPA, har mutation i AIP. Funktionel evaluering af AIP mutationer viser, at AIP fungerer som en tumor suppressor.

Gen/Region

AIP / 11q13.2

Analyse

AIP-gen;DNA

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Steroid Sulfatase Deficiency

Beskrivelse

Hudsygdom hvor huden minder om fiskeskæl. Der testes udelukkende for den X-bunden recessive form. 80-90 % af disse opstår på baggrund af deletioner i STS-genet.

Gen/Region

STS / Xp22.3

Analyse

STS-gen;DNA

Analysemetode

Kromosom mikroarray. Der foretages ikke sekventering af genet

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Immuno-polyendokrinopati, Immunodysregulering, polyendokrinopati, og enteropati, X-bunden; IPEX

X-bundet autoimmunitet-allergisk dysregulerings syndrom; XLAAD

IDDM-sekretorisk diarre syndrom; DMSD

Diarre, polyendokrinopati, fatal infektions syndrom, x-bundet

Enteropati, autoimmun, med hemolytisk anemi og polyendokrinopati

Beskrivelse

IPEX er en X-bunden recessiv immunologisk lidelse, der er karakteriseret ved enteropati og svær diarré, type 1 diabetes mellitus og dermatitis. Øvrige symptomer omfatter hypothyroidisme, autoimmun hæmolytisk anæmi, trombocytopeni, lymfadenopati, hepatitis og nefritis. IPEX kan være dødelig før 2 år, med mindre der indsættes intensiv behandling.

Gen/Region

FOXP3 / Xp11.23

Analyse

FOXP3-gen;DNA

Analysemetode

NGS, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

KOS

Beskrivelse

Kagami-Ogata syndrom, KOS er et sjældent syndrom karakteriseret ved lille klokkeformet smalt thorax og ”coathanger-ribs”. Der kan ses andre misdannelser som f.eks. bugvægsdefekt og hjertemisdannelse. Der ses ofte forsinket motorisk udvikling og forsinket tale. Nogle patienter har let intellektuelt handikap, mens andre har normalt intellekt.

Kagami-Ogata syndrom forårsages af UPD14pat (paternel uniparental disomi af kromsom 14), allelspecifik imprintingdefekt eller allelspecifik mikrodeletion.

Gen/Region

14q32

Analysemetode

MLPA inkl. methyleringsanalyse

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper

Kendt mutation

Kendt genforandring

Kendt CNV

Kendt deletion/duplikation

Prædiktiv test

Bærerstatus

Segregationsanalyse

Beskrivelse

Analysen rekvireres, når en patient skal undersøges for en genvariant, der tidligere er påvist hos beslægtede.

Analysen anvendes, når probanden er undersøgt med metoden next generation sequencing, NGS. Det drejer sig om alle analyser til whole genome/exome sequencing (WGS, WES) og ved screening af genpaneler.

Analysen anvendes desuden, når probanden er undersøgt med kromosom mikroarray.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Som udgangspunkt ikke nødvendigt.

Hvis probanden er undersøgt med kromosom mikroarray, skal samtykke indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gen

Alle gener eller kromosomregioner, hvori der er påvist en genvariant på afdelingen.

Analysemetode

Ved SNV, single nucleotide variant, anvendes som udgangspunkt sanger sekventering alternativt mlpa.

Ved CNV, copy number variation, anvendes som udgangspunkt kromosom mikroarray.

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Afdelingen deltager i ekstern kvalitetskontrol på de anvendte analysemetoder i det omfang, som det er muligt.

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Array

Beskrivelse

Kromosom mikroarray er en metode, der undersøger hele genomet for kvantitative kromosomale ændringer, deletioner og duplikationer af en vis størrelse. Metoden benyttes også til kendte mikrodeletions- og mikroduplikationssyndromer, som tidligere blev påvist med andre metoder. Kromosom mikroarray-metoden kan ud over kvantitative ændringer give informationer om tab af heterozygositet (”loss of heterozygosity, LOH” eller ”region of homozygosity, ROH”), som er relevant ved konsanguinitet og uniparental disomi. Metoden giver endvidere information om mosaikker af kvantitative ændringer over 20-30 %. En god klinisk beskrivelse er nødvendig ved rekvirering af kromosom mikroarray.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Region

Helgenomsanalyse

Analysemetode

Kromosommikroarray

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Ingen

Beskrivelse

Kromosomanalyse udføres på dyrkede celler. Den anvendes ved mistanke om antalsfejl eller ved mistanke om strukturelle kromosomanomalier fx ved translokation i familien eller hyppige aborter.

Gen/Region

Screening af hele genomet på kromosomniveau

Analysemetode

Kromosomanalyse, celledyrkning, FISH

Prøvemateriale

Celler

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA og CAP

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

LFS, (TP53)

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko for udvikling af cancer i flere organsystemer med tendens til tidlig debut. Der er meget variabel fænotype.

Gen/Region

TP53 / 17p13.1

Analyse

TP53-gen;DNA

Panel

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Analysemetoder

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

HNPCC, Hereditary non-polyposis colorectal cancer

Beskrivelse

Lynch syndrom arves autosomal dominant og skyldes genforandringer i MMR generne MLH1, MSH2, MSH6 og PMS2 eller i EPCAM genet opstrøms for MSH2. Der er tendens til polypdannelse colorectalt og colorectal cancer samt øget risiko for cancerudvikling i flere andre organer.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Mason-type diabetes

MODY1 (HNF4A)

MODY2 (GCK)

MODY3 (HNF1A)

MODY4 (PDX1)

MODY5 (HNF1B)

MODY6 (NEUROD1)

MODY7 (KLF11)

MODY8 (CEL)

MODY9 (PAX4)

MODY10 (INS)

MODY11 (BLK)

MODY12 (ABCC8)

MODY13 (KCNJ11)

Beskrivelse

Maturity-Onset Diabetes of the Young, MODY er en dominant nedarvet monogen diabetes type, der kan forårsages af mutation i et af en række gener. MODY diagnosticeres oftest sent i barndommen eller i ungdommen, men er også set, at kunne udvikles i midaldrende voksne. MODY patienter misklassificeres ofte som værende type 1 elle 2 diabetikere. MODY har negativ GAD-antistof og normal/lav p-c-peptid.

Diagnosticering af MODY kan bidrage til en bedre behandling samt rådgivning og evt. behandling af familiemedlemmer. Således kan insulinbehandling i visse tilfælde, ændres til tablet behandling.

Ca. 80 % af MODY tilfældene forårsages af mutationer i HNF4A, GCK eller HNF1A. Det er ofte vanskeligt at adskille de enkelte arvelige MODY type baseret på den kliniske præsentation. Nedenfor anføres særlige karakteristik for enkelte af generne.

Mutation i GCK kan medføre hyperglycemi, men sjældent regelret diabetes og kræver sjældent medicinsk behandling.

Mutation i PDX1 er associeret med pancreatisk agensis i homozygote og i enkelte tilfælde ved heterozygote individer.

Mutationer i HNF1B genet fører til Diabetes Mellitus (DM) MODY 5. Andelen af ​​HNF1B genmutationer blandt MODY patienter anslås til cirka 3 %. Mutation kan føre til alvorligere fænotype med eventuelle associerede manifestationer såsom retinopati, misdannelse af kønsorganerne, renal hypodysplasi og hyperrekkogene nyre.

Mutation i KCNJ11 kan udover permanent neonatal diabetes mellitus (PNDM) føre til Diabetes Mellitus (DM) MODY13, der opstår i ung alder med primær insulinsekretionsdefekt og normal insulinfølsomhed.

Ved den anvendte analysemetode er sensitiviteten ~99 %.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Lille panel

GCK, HNF1A, HNF1B, HNF4A, PDX1

Stort panel

ABCC8, BLK, CEL, GCK, HNF1A, HNF1B, HNF4A, INS, KCNJ11, KLF11, NEUROD1, PAX4, PDX1

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen:

• CEL:
  • Fragmentanalyse for Variable Number of Tandem Repeats (VNTR)  i exon 11
  • Undersøgelse for rearrangement

Prøvemateriale

DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

PNDM: Persisterende neonatal diabetes mellitus

TNDM: Transient neonatal diabetes mellitus

Diabetes mellitus, permanent, of infancy; PDMI

Beskrivelse

Insulinkrævende hyperglykæmi inden for de første 3 levemåneder. Arvegangen er autosomal dominant.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Lille panel

ABCC8, GCK, GLIS3, KCNJ11, PDX1

Stort panel

ABCC8, EIF2AK3, FOXP3, GATA4, GATA6, GCK, GLIS3, GLUD1, HADH, HNF1A, HNF1B, HNF4A, IER3IP1, INS, INSR, KCNJ11, MNX1, NEUROD1, NEUROG3, NKX2-2, PAX6, PDX1, PTF1A, RFX6 SLC16A1, SLC19A2, SLC2A2, WFS1

Analysemetode

NGS, MLPA, MS-MLPA for 6q24, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

NGC arvelig hjertesygdom

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC arvelig hjertesygdom analyseres flere genpaneler dækkende de arvelige hjertesygdomme, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik´s (DSMG) specialistnetværk KardioGENet, eller svarende til HealthinCode kardiologiske paneler (priority og secondary genes).

Genpanel analyse vil være den primære tilgang.

Ved analysen kan man dog nogle gange vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme familie samtidigt. Det kan eksempelvis være aktuelt, hvis der er flere i familien med samme fænotype. Genomsekventering af forældrene/slægtninge er ikke et krav for, at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Thorakal aortasygdom

1. DI710: Aortadissektion uden specifikation
2. DI711: Rumperet thorakalt aortaaneurisme
3. DI712: Thorakalt aortaaneurisme uden ruptur
4. DI715: Rumperet thorakoabdominalt aortaaneurisme
5. DI716: Thorakoabdominalt aortaaneurisme uden ruptur

Hypertrofisk kardiomyopati (HCM)

1. DI421: Hypertrofisk obstruktiv kardiomyopati
2. DI422: Hypertrofisk non-obstruktiv kardiomyopati

Langt QT Syndrom (LQTS)

1. Autosomal dominant (Romano-Ward)
2. Autosomal recessiv (Jervell og Lange Nielsen)

Katekolaminerg polymorf ventrikulær takykardi (CPVT)

Dilateret kardiomyopati (DCM)

Arytmogen kardiomyopati (AC)

1. Arytmogen højre ventrikel kardiomyopati (ARVC) (desmosom gener og TMEM43)
2. Arytmogen kardiomyopati forårsaget af andre gen varianter (LMNA, RBM20, FLNC, TTN og evt. andre gener)

Brugada Syndrom (BrS)

1. DI47.2M Brugada Syndrom
2. DI47.2LA Brugada-mønster type 1

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato, hvor prøven rekvireres (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For bestilling af analyse af flere i samme familie

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data også i feltet ”Kliniske oplysninger”, f.eks. ”mor til probands navn og CPR”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Kardiomyopati standard panel v3 (69 gener):

ABCC9, ACAD9, ACTC1, ACTN2, AGK, ALMS1, ALPK3, BAG3, BAG5, CDH2, CRYAB, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, DNAJC19, DSC2, DSG2, DSP, DTNA, EMD, FHL1, FHOD3, FKTN, FLNC, FXN, GLA, GAA, JPH2, JUP, LAMP2, LDB3, LMNA, LMOD2, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYPN, NEXN, NKX2-5, PKP2, PLN, PPA2, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RBM20, RRAGD, RYR2, SCN5A, SGCD, SLC22A5, SLC25A4, TAB2, TAFAZZIN, TBX20, TCAP, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTN, TTR, VCL

*TTN exon 176-197 (NM_001267550.2) er multimapped region og derfor ikke egnet til at detektere varianter.

Arytmi standard panel v3 (53 gener):

ABCC9, AKAP9, ANK2, CACNA1C, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CDH2, CTNNA3, DES, DSC2, DSG2, DSP, FLNC, GPD1L, HCN4, JUP, KCND3, KCNE1, KCNE2, KCNE3, KCNE5, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, LMNA, NKX2-5, PKP2, PLN, RANGRF, RBM20, RYR2, SCN10A, SCN1B, SCN2B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SLC22A5, SLMAP, SNTA1, TECRL, TGFB3, TMEM43, TRDN, TRPM4, TTN

Aortopati standard panel v1 (32 gener):

ACTA2, BGN, CBS, COL3A1, COL5A1, COL5A2, EFEMP2, ELN, FBLN5, FBN1, FBN2, FKBP14, FLNA, FOXE3, IPO8, LOX, MFAP5, MYH11, MYLK, NOTCH1, PLOD1, PRKG1, SKI, SLC2A10, SMAD2, SMAD3, SMAD4, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2, THSD4

Kardiomyopati og Arytmi udvidet panel v3 (293 gener):

AARS2, ABCC9, ACAD8, ACAD9, ACADVL, ACTA1, ACTC1, ACTN2, AGK, AGL, AKAP9, ALMS1, ALPK3, ANK2, ANKRD1, ANO5, ARSB, ATAD3A, ATP5F1D, ATPAF2, BAG3, BAG5, BMP10, BRAF, CACNA1C, CACNA1D, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CAMK2D, CAP2, CASQ2, CASZ1, CAV3, CAVIN4, CBL, CDH2, CHRM2, COA5, COA6, COX10, COX14, COX15, COX20, COX6B1, COX7B, CPT2, CRYAB, CSRP3, CTF1, CTNNA3, DES, DMD, DNAJC19, DOLK, DSC2, DSG2, DSP, DTNA, ELAC2, EMD, EPG5, ETFA, ETFB, ETFDH, EYA4, FAH, FASTKD2, FHL1, FHL2, FHOD3, FKRP, FKTN, FLII, FLNC, FNIP1, FOXD4, FOXRED1, FXN, GATA4, GATA5, GATA6, GATAD1, GBE1, GCOM1, GFM1, GJA5, GLA, GLB1, GNB5, GPD1L, GSN, GUSB, GYG1, GAA, HADHA, HADHB, HAMP, HCN4, HGSNAT, HJV, HRAS, IDH2, IDS, IDUA, ILK, JPH2, JUP, KCNA5, KCND2, KCND3, KCNE1, KCNE2, KCNE3, KCNE5, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, KLF10, KLHL24, KRAS, LAMA2, LAMA4, LAMP2, LDB3, LETM1, LMNA, LMOD2, LRPPRC, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K7, MCM10, MIB1, MLYCD, MMACHC, MMUT, MRAS, MRPL3, MRPL44, MTO1, MT-TI, MT-TK, MYBPC3, MYBPHL, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYL4, MYLK2, MYLK3, MYOM1, MYOT, MYOZ2, MYPN, NAGLU, NDUFA1, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA2, NDUFA4, NDUFAF1, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFB11, NDUFB3, NDUFB8, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, NEBL, NEXN, NF1, NKX2-5, NONO, NOS1AP, NPPA, NRAP, NRAS, NUBPL, NAA15, OBSCN, PCCA, PCCB, PDLIM3, PET100, PKP2, PLD1, PLEKHM2, PLN, PMM2, PNPLA2, PPA2, PPCS, PPP1CB, PPP1R13L, PRDM16, PRKAG2, PSEN1, PSEN2, PTPN11, QRSL1, RAF1, RANGRF, RASA2, RBM20, RHBDF1, RIT1, RNF220, RPL3L, RRAGC, RRAGD, RRAS, RYR2, SCN10A, SCN1B, SCN2B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SCO1, SCO2, SDHA, SDHAF1, SDHD, SGCB, SGCD, SGCG, SGSH, SHMT2, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A3, SLC25A4, SLC30A5, SLC40A1, SLC4A3, SLC6A6, SLMAP, SNTA1, SOS1, SOS2, SPEG, SPRED1, SPRED2, SURF1, TAB2, TAF1A, TAFAZZIN, TANGO2, TBX20, TBX5, TCAP, TECRL, TFR2, TGFB3, TMEM126B, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TOR1AIP1, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TSFM, TTN, TTR, TXNRD2, UQCC2, VARS2, VCL, WRN, XK, ZBTB17

*TTN exon 176-197 (NM_001267550.2) er multimapped region og derfor ikke egnet til at detektere varianter.

Aortopati udvidet panel v1 (71 gener):

ABCC6, ABL1, ACTA2, ADAMTS2, ADAMTSL4, ALDH18A1, ARIH1, ATP6V0A2, ATP7A, B3GAT3, B4GALT7, BGN, C1R, C1S, CBS, CHST14, COL11A2, COL12A1, COL1A1, COL1A2, COL2A1, COL3A1, COL4A1, COL4A5, COL5A1, COL5A2, COL6A1, COL6A2, COL6A3, DSE, EFEMP2, ELN, FBLN5, FBN1, FBN2, FKBP14, FLNA, FOXE3, GATA5, HCN4, IPO8, LOX, LTBP3, MAT2A, MED12, MFAP5, MYH11, MYLK, NOTCH1, PIEZO2, PKD1, PKD2, PLOD1, PLOD3, PRDM5, PRKG1, SKI, SLC2A10, SLC39A13, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMAD6, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2, THSD4, TNXB, ZDHHC9, ZNF469

*TNXB exon 32-44 (NM_019105.8) er multimapped region og derfor ikke egnet til at detektere varianter.

Analysemetode

Genomsekventering, NGC

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

Arvelig hæmatologisk sygdom

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Denne analyse dækker de to underindikationer ”maligne arvelige hæmatologiske sygdomme” og ”uafklaret cytopeni (børn og unge 0-17 år)” i patientgruppen ”arvelig hæmatologisk sygdom” under Nationalt Genom Center, NGC.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Maligne arvelige hæmatologiske sygdomme og børn og unge (0-17 år) med uafklaret cytopeni

a. Myeloid neoplasi med germline prædisposition:

1. uden en præ-eksisterende sygdom eller organdysfunktion.
2. præ-eksisterende trombocytopeni.
3. associeret med anden organdysfunktion.
4. associeret med arvelig knoglemarvssvigt og telomersygdomme.
   

b. Børn og voksne før 50 års alderen med uforklaret, vedvarende cytopeni, inklusiv monocytopeni, aplastisk anæmi og knoglemarvssvigt.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Arvelig malign hæmatologisk sygdom v2 (302 gener):
ABCB7, ABCG5, ABCG8, ACD, ACKR1, ACTN1, ADA , ADA2, ADAMTS13, AK1, AK2, ALAS2, ALDOA, AMN, ANK1, ANKRD26, AP3B1, ARID1A, ATG2B, ATM, ATN1, ATR, ATRX, BLM, BLOC1S3, BLOC1S6, BPGM, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BTK, CALR, CARD11, CARMIL2, CASP10, CASP8, CBL, CD27, CD40LG, CD59, CD70, CDAN1, CDIN1, CDIN1, CEBPA, CHEK2, CLPB, COX4I2, CSF2RA, CSF3R, CTC1, CTLA4, CTPS1, CUBN, CXCR4, CYCS, DDX41, DHFR, DIS3, DKC1, DNAJC21, DNASE2, DOCK8, DTNBP1, EFL1, EGLN1, ELANE, EPAS1, EPB41, EPB42, EPCAM, EPO, EPOR, ERCC4, ERCC6L2, ETV6, FADD , FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FCGR3B, FCHO1, FLI1, FLT3, FYB1, G6PC3, G6PD, GATA1, GATA2, GBA, GCLC, GFI1, GFI1B, GINS1, GLRX5, GP1BA, GP1BB, GP9, GPI, GSKIP, GSS, HAX1, HBA1, HBA2, HBB, HBD, HBS1L, HK1, HOXA11, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HRAS, IFNGR2, IKZF1, IL2RA, IL2RB, IL6R, ITK, JAGN1, JAK2, KCNN4, KDM1A, KIF23, KLF1, KLHDC8, KRAS, LAMTOR2, LAT, LIG4, LINC-PINT, LPIN2, LRRC3, LYST, MAD2L2, MAGT1, MAP2K1, MAP2K2, MASTL, MBD4, MCM4, MECOM, MLH1, MPIG6B, MPL, MRTFA, MRTFA, MSH2, MSH6, MTR, MTRR, MYB, MYH9, MYSM1, NAF1, NBEAL2, NBN, NF1, NFKB1, NHP2, NOP10, NPAT, NPM1, NR3C1, NRAS, NT5C3A, OBFC1, PALB2, PARN, PAX5, PFKM, PGM3, PIEZO1, PIK3CD, PIK3R1, PKLR, PMS2, POT1, PRF1, PTEN, PTPN11, PUS1, RAB27A, RAC2, RAD21, RAD51, RAD51C, RAP1B, RARB, RASGRP1, RBBP6, RECQL4, RELA, RFWD3, RHAG, RHOH, RIT1, RMRP, RPA1, RPL11, RPL15, RPL18, RPL23, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL36, RPL5, RPL9, RPS10, RPS15, RPS17, RPS19, RPS20, RPS24, RPS26, RPS27, RPS27A, RPS28, RPS29, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SEC23B, SH2B3, SH2D1A, SLC11A2, SLC19A2, SLC25A38, SLC2A1, SLC30A10, SLC37A4, SLC4A1, SLFN14, SLX4, SMARCD2, SOS1, SPTA1, SPTB, SRC, SRP54, SRP72, STAT3, STIM1, STK4, STN1, STX11, STXBP2, TAFAZZIN, TBXAS1, TCL1A, TCN2, TERC, TERF2IP, TERT, TET2, TF, THPO, THRB, TINF2, TMPRSS6, TNFRSF13B, TNFRSF9, TOP3A, TP53, TPI1, TPP2, TSR2, TUBB1, UBE2T, UNC13D, UROS, USB1, USP45, VHL, VPS13B, VPS45, WAS, WDR1, WIPF1, WRAP53, XIAP, XK, XRCC2, YARS2, ZCCHC8, ZXDC

Hereditær trombocytose v1 (3 gener):
JAK2, MPL, THPO

Hereditær erythrocytose v1 (11 gener):
BPGM, EGLN1, EPAS1, EPO, EPOR, HBA1, HBA2, HBB, JAK2, SH2B3, VHL

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Audiogenetik

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC audiogenetik analyseres genpaneler dækkende de to indikationer, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik (DSMG)s specialistnetværk AudioGENet.

Genpanel analyse vil være den primære tilgang.

Ved analysen kan man i udvalgte tilfælde vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme familie samtidigt. Det kan eksempelvis være aktuelt, hvis der er flere i familien med samme fænotype. Genomsekventering af forældrene/slægtninge er ikke et krav for, at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

• Mistanke om non-syndromisk hørenedsættelse
• Mistanke om syndromisk hørenedsættelse

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres enten i feltet ”Kliniske oplysninger” ved rekvirering eller i journalnotat, og hvor der henvises til dato for dette notat ved rekvisition af analysen.

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat.
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Nonsyndromalt høretab panel v2 (196 gener):

ACTG1, ABCC1, ADCY1, ADGRV1, AIFM1, ALMS1, ATP1A3, ARSG, ATP2B2, ATP6V0A4, ATP6V1B1, ATP11A, BDP1, BSND, CABP2, CACNA1D, CCDC50, CD164, CDC14A, CDH23, CEACAM16, CEP250, CEP78, CHD7, CIB2, CISD2, CLDN14, CLDN9, CLIC5, CLPP, CLRN1, CLRN2, COCH, COL11A1, COL11A2, COL2A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COL9A1, COL9A2, COL9A3, CRYM, DCDC2, DIABLO, DIAPH1, DIAPH3, DMXL2, DNMT1, DSPP, EDN3, EDNRB, ELMOD3, EPS8, EPS8L2, ERAL1, ESPN, ESRP1, ESRRB, EPHA10, EYA1, EYA4, FAM136A, FOXL1, GAB1, GAS2, GATA3, GIPC3, GJB2, GJB3, GJB6, GPRASP2, GPR156, GPSM2, GRAP, GREB1L, GRHL2, GRXCR1, GRXCR2, GSDME, HARS2, HGF, HOMER2, HOXA2, HSD17B4, IFNLR1, ILDR1, KARS1, KCNE1, KCNQ1, KCNQ4, KITLG, LARS2, LHFPL5, LMX1A, LOXHD1, LOXL3, LRTOMT, MAN2B1, MARVELD2, MCM2, MET, MEPE, MINAR2, MIR96, MITF, MPZL2, MSRB3, MT-CO1, MT-RNR1, MT-TH, MT-TI, , MT-TS1, MYH14, MYH9, MYO15A, MYO3A, MYO6, MYO7A, NARS2, NLRP3, NCOA3, OSBPL2, OTOA, OTOF, OTOG, OTOGL, PI4KB, P2RX2, PAX3, PCDH15, PDE1C, PDZD7, PJVK, PKHD1L1, PLS1, PNPT1, POU3F4, POU4F3, PPIP5K2, PRPS1, PTPRQ, RDX, REST, RIPOR2, ROR1, S1PR2, SCD5, SERPINB6, SERPINF1, SIX1, SLC12A2, SLC17A8, SLC19A2, SLC22A4, SLC26A4, SLC26A5, SLC44A4, SLITRK6, SMARCA4, SMPX, SOX10, SPATA5L1, SPNS2, STRC, STRCP1, SYNE4, TBC1D24, TECTA, TBL1X, TBL1Y, THOC1, TIMM8A, TMEM43, TMTC4, TFAP2A, TJP2, TMC1, TMEM132E, TMIE, TMPRSS3, TNC, TOP2B, TPRN, TRIOBP, TRRAP, TSHZ1, TWNK, USH1C, USH1G, USH2A, USP48, WBP2, WFS1, WHRN.

Syndromalt høretab panel v2 (506 gener):

ABCC1, ABHD12, ABHD5, ABR, ACAN, ACTB, ACTG1, ACOX1, ADCY1, ADGRV1, AFG2A, AFG2B, AIFM1, ALDH1A2, ALMS1, AMMECR1, ANKH, ANKRD11, AP1S1, AP3D1, APAF1, COA8, AQP4, ARID1A, ARID1B, ARSB, ARSG, ATF2, ATOH1, ATP1A2, ATP1A3, ATP2B2, ATP6V0A4, ATP6V1B1, ATP6V1B2, ATP8B1, ATP11A, AXIN1, BARHL1, BBS1, BBS4, BCAP31, BCR, BCS1L, BDNF, BDP1, BLOC1S5, BLOC1S6, BMP4, BSN, BSND, BTD, CABP2, CACNA1D, CACNB2, CACNG2, CASP3, CATSPER2, CCDC50, CD151, CD164, CDC14A, CDC6, CDH23, CDKN1B, CDKN2D, CDT1, CEACAM16, CELSR1, CEP250, CEP78, CHD7, CHRNA9, CHSY1, CIB2, CISD2, CKB, CLCNKA, CLCNKB, CLDN11, CLDN14, CLDN9, CLIC5, CLNS1A, CLPP, CLRN1, CLRN2, CNRIP1, COCH, COG4, COL11A1, COL11A2, COL1A1, COL1A2, COL2A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COL9A1, COL9A2, COL9A3, COMP, CPLX1, CRLS1, CRYM, DACT1, DCAF17, DCDC2, DDB2, DDR1, GSDME, PJVK, DHODH, DIABLO, DIAPH1, DIAPH3, DIO2, DIO3, DLX2, DLX5, DMXL2, DNAJC3, DNMT1, DSPP, DVL1, DVL2, DVL3, EDN1, EDN3, EDNRA, EDNRB, EFTUD2, EIF4A3, ELMOD3, EPHA2, EPHB1, EPHB2, EPHB3, EPS8, EPS8L2, ERAL1, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ESPN, ESR2, ESRP1, ESRRB, EVC, EYA1, EYA4, EPHA10, FABP4, FAM136A, FAS, FBXO2, FDXR, FGF10, FGF3, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FIGN, FITM2, FKBP14, FOXC1, FOXF2, FOXG1, FOXL1, FOXI1, FOXI3, FRAS1, FREM2, FZD3, FZD6, GAB1, GAS2, GATA3, GBX2, GDF6, GFER, GFI1, GGPS1, GIPC3, GJA1, GJA1P1, GJB1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB5, GJB6, GLI3, GNAI3, GPRASP2, GPSM2, GPX1, GRAP, GREB1L, GRHL2, GRID1, GRIP1, GRXCR1, GRXCR2, GSC, GSTP1, GUSB, GPR156, HAL, HARS2, HES1, HES5, HGF, HMX1, HMX2, HMX3, HOMER2, HOXA1, HOXA2, HOXB1, HSD17B4, HSPA9, HTRA2, HAAO, IFNLR1, IFT88, IGF1, ILDR1, ITGA8, JAG1, JAG2, KARS1, KCNE1, KCNJ10, KCNJ16, KCNQ1, KCNQ4, KDM3B, KDM6A, KIT, KITLG, KMT2D, LARS2, LEMD3, LETM1, LFNG, LHFPL5, LHX3, LMO4, LMX1A, LOXHD1, LOXL3, LRIG3, LRP2, LRTOMT, MAFB, MAN2B1, MANBA, MAP1A, MAP1B, MARVELD2, MAP3K20, MASP1, MATN3, MCM2, MCOLN3, MEPE, MET, MFN2, MGP, MINAR2, MIR96, MITF, MKKS, MN1, MORC2, MOS, MPV17, MPZL2, MSRB3, MSX2, MTAP, MT-CO1, MT-ND1, MT-RNR1, MT-TH, MT-TI, MT-TL1, MT-TS1, MT-TS2, MYH14, MYH9, MYO15A, MYO1C, MYO1F, MYO3A, MYO6, MYO7A, NARS2, NCOA3, NDP, NEU1, NEUROD1, NEUROG1, NLRP12, NLRP3, NOG, NOTCH1, NOTCH2, NOX3, NOXO1, NR2F1, NR4A3, NTF3, NTN1, NTRK2, OFD1, OGDHL, OPA1, ORC1, ORC4, ORC6, OSBPL2, OTOA, OTOF, OTOG, OTOGL, OTOP1, OTOR, OTX1, OTX2, P2RX2, PAX1, PAX2, PAX3, PBX1, PCDH15, PDE1C, PDSS1, PDZD7, PEX1, PEX26, PEX6, PEX7, PI4KB, PIK3C2A, PISD, PITX2, PKHD1L1, PLCB4, PLEK, PLXNB2, PLS1, PMP22, PNOC, PNPT1, POLD1, POLR1A, POLR1B, POLR1C, POLR1D, PORCN, POU1F1, POU3F4, POU4F3, PPIP5K2, PPP3R1, PROP1, PRPS1, PRRX1, PRRX2, PSMC3, PTK7, PTPRQ, PUF60, RAI1, RARA, RARB, RARG, RASA1, RDX, REST, RIPOR2, RMND1, RNF220, ROR1, RPS28, RPS6KA3, S1PR2, SALL1, SALL4, SARS1, SCARB2, SCD5, SCRIB, SDHD, SEMA3E, SERAC1, SERPINB6, SERPINF1, SF3B4, SGPL1, SIX1, SIX2, SIX5, SLC12A2, SLC12A6, SLC12A7, SLC17A8, SLC19A2, SLC1A3, SLC22A4, SLC26A2, SLC26A4, SLC26A5, SLC29A3, SLC30A4, SLC33A1, SLC44A4, SLC4A11, SLC4A7, SLC52A2, SLC52A3, SLC9A1, SLITRK6, SMPX, SMARCA4, SMS, SOBP, SOX10, SOX2, SOX9, SPATC1L, SPINK5, SPNS2, SPRY2, SPTBN4, ST3GAL5, STRC, STRCP1, STX4, STXBP3, SUCLA2, SYNE4, SYNJ2, TBC1D24, TBL1X, TBL1Y, TBX1, TBX10, TBX22, TCF21, TCOF1, TECTA, TFAP2A, TFAP2B, TGFA, TGFB2, THOC1, THRA, THRB, TIMM8A, TJP2, TMC1, TMEM43, TMEM126A, TMEM132E, TMIE, TMPRSS3, TMPRSS5, TMTC2, TMTC4, TNC, TNFRSF11B, TOP2B, TPRN, TRIOBP, TRMU, TRPV4, TRRAP, TSHR, TSHZ1, TUB, TUBB4B, TWNK, TWSG1, UCN, USH1C, USH1G, USH2A, USP48, VANGL2, WBP2, WFS1, WHRN, WIF1, XPA, XPC, XYLT2, YAP1, YARS1, ZPR1.
.

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer, undertyper

Helgenomsekventering

Whole Genome Sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Til denne sygdomsgruppe analyseres et større genpanel med 188 gener, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik´s (DSMG) specialistnetværk onkoGENet.

Der suppleres med undersøgelse af 54 gener, med henblik på detektion af sekundære fund, der kan være vigtige at kende til i forhold til anvendelse af kemoterapi.

Ved analysen skal forældreprøver genomsekventeres samtidigt. Ved påvisning af betydende variant(er) hos patienten er forældreprøverne vigtige for at afgøre, om påviste varianter er nyopstået (de novo) eller nedarvet fra den ene/ begge forældre. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier kan det være aktuelt at medtage andre familiemedlemmer ved analysen eksempelvis, hvis der er flere i familien med samme fænotype.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

• Alle børn (0-17 år) med nydiagnosticeret kræft, herunder alle CNS-tumorer (inklusive lavgradstumorer) samt myelodysplastisk syndrom.
• Unge i alderen 18-20 år, der behandles på en børneonkologisk afdeling, fordi de har en tumor, der er typisk for barnealderen, men meget sjælden hos voksne.
• Alle patienter med nydiagnosticeret behandlingsresistent, progredieret eller recidiveret kræft herunder alle CNS-tumorer samt myelodysplastisk syndrom, når kræftdiagnosen er stillet i barnealderen (0-17 år) og resistens/progression/recidiv (i) opstår, mens patienten er <18 år og/eller (ii) opstår inden for 5 år fra diagnosetidspunktet, dvs. også hvis dette er efter det fyldte 18. år.

• Alle patienter med nydiagnosticeret 2. (eller senere) kræftsygdom (herunder alle CNS-tumorer samt myelodysplastisk syndrom), der er diagnosticeret inden for 5 år fra den 1. kræftsygdom blev diagnosticeret i barnealderen (0-17 år).

Analysen kan også omfatte børn fra Færøerne og Grønland, henvist til Danmark til udredning/ behandling for kræft.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”

Prætest rådgivning på børneafdelingen

Genomsekventering foretages efter information/ prætest rådgivning på børneafdelingen. Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Cancer panel (187 gener):

A2ML1, ABCB11, ACD, AIP, AKT1, ALK, APC, ATM, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BUB1B, CBL, CD27, CD70, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CEBPA, CEP57, CHEK2, CREBBP, CTC1, CTLA4, CTNNA1, CTR9, DDB2, DICER1, DIS3L2, DKC1, EGLN1, EGLN2, ELP1, EPAS1, EPCAM, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ETV6, EXT1, EXT2, EZH2, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FBXW7, FH, FLCN, GATA2, GPC3, GPR161, GREM1, HAVCR2, HRAS, IKZF1, ITK, KIT, KRAS, LIG4, LZTR1, MAD2L2, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MBD4, MC1R, MDH2, MEN1, MET, MITF, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NHP2, NOP10, NRAS, NSD1, NTHL1, NYNRIN, PALB2, PARN, PAX5, PHOX2B, PIK3CA, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POLH, POT1, PRKAR1A, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTPN11, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAF1, RB1, RECQL4, REST, RET, RFWD3, RIT1, RMRP, RNF43, RPL11, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS17, RPS19, RPS20, RPS24, RPS26, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEC23B, SETBP1, SH2D1A, SHOC2, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SOS1, SPRED1, STK11, SUFU, TERC, TERF2IP, TERT, TINF2, TMEM127, TP53, TRIM28, TRIM37, TRIP13, TSC1, TSC2, UBE2T, USB1, VHL, WAS, WRAP53, WT1, XPA, XPC, XRCC2.

ACMG gener (73 gener):

ACTA2, ACTC1, ACVRL1, APC, APOB, ATP7B, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BTD, CACNA1S, CASQ2, COL3A1, DSC2, DSG2, DSP, ENG, FBN1, FLNC, GLA, GAA, HFE, HNF1A, KCNH2, KCNQ1, LDLR, LMNA, MAX, MEN1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, MYBPC3, MYH11, MYH7, MYL2, MYL3, NF2, OTC, PALB2, PCSK9, PKP2, PMS2, PRKAG2, PTEN, RB1, RET, RPE65, RYR1, RYR2, SCN5A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD3, SMAD4, STK11, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMEM43, TNNI3, TNNT2, TP53, TPM1, TRDN, TSC1, TSC2, TTN, VHL, WT1.

Analysemetode

Genomsekventering, NGC

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Endokrinologiske sygdomme

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Denne analyse består af 10 sygdomsgrupper, som i NGC regi er slået sammen:

• Multiple endokrine neoplasier
• Fæokromocytom og paragangliom og andre binyresygdomme
• Monogen diabetes
• Sjældne thyreoideasygdomme
• Sjældne calcium- og knoglemetaboliske sygdomme
• Organisk hypoglykæmi
• Disorders of sex development
• Vækst- og fedmesyndromer
• Hypogonadotrop hypogonadisme
• Medfødt multipel hypofysedefekt
   

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC Endokrinologiske patienter analyseres et genpanel dækkende de arvelige endokrinologiske sygdomme.

Genpanelanalyse vil være den primære tilgang. Her vil der blive undersøgt for varianter i forudbestemte genpaneler, der dækker den valgte indikation.

Ved analysen kan man dog nogle gange vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme familie samtidigt. Det kan eksempelvis være i form af en såkaldt trio-analyse, hvor der ud over den afficerede patient inddrages blodprøver fra raske forældre, eller hvis der er flere i familien med samme fænotype.

Der kan være overlap til sjældne sygdomme hos børn og unge under 18 år. Her vælges i det enkelte tilfælde den grupper der vurderes mest dækkende.

Genomsekventering af forældre/slægtninge er ikke et krav for at analysen kan gennemføres.

Ved fund af betydende varianter i ABCC8 eller KCNJ11 genet, vil der blive udbedt supplerende forældreblodprøver.

Metoden egner sig ikke til påvisning af repeatsygdomme, imprintingsygdomme eller strukturelle kromosomanomalier fx GNAS relateret sygdom, Prader Willi syndrom og Silver Russell syndrom.

Ved mistanke hertil bestilles anden separat analyse, som ikke udføres i NGC regi.  

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Multiple endokrine neoplasier

a. E31.21 MEN1

b. E31.22 MEN2A

c. E31.23 MEN2B

d. D44.8A MEN4 Multipel endokrin adenomatosis

e. D448 Ikke specificeret tumor i flere endokrine kirtler

f. E31 Funktionsforstyrrelser i flere endokrine kirtler

g. E311 Polyglandulær hyperfunktion

h. E318 Anden polyglandulær funktionsforstyrrelse

i. E34 Sygdomme i andre endokrine kirtler

j. E348 Anden sygdom i endokrine kirtler

Fæokromocytom og paragangliom og andre binyresygdomme

Monogen diabetes (DE13.X)

Sjældne thyreoideasygdomme

k. Hyper- og hypothyreose samt struma (DE03, DE04, DE05, DE07 herunder specielt øget calcitonin sekretion [DE070] (obs. Se eventuelt også under Multipel Endokrin neoplasi)

l. C-celle hyperplasi [DE070A] (obs. Se eventuelt også under Multipel Endokrin neoplasi)

m. Pendreds syndrom [DE071A])

n. Kongenit hypothyreose (DE030)

o. Nedsat sensitivitet til thyroideahormon-syndromer

Sjældne calcium- og knoglemetaboliske sygdomme

a. Idiopatisk hypoparathyroidisme E200

b. Primær hyperparathyroidisme E210-5

c. Forstyrrelser i fosforomsætningen og fosfataser E833

d. Hypofosfatæmi E833A

e. Familiær hypofosfatæmi E833A1

f. D-vitaminresistent rakitis E833B

g. Forstyrrelser i kalciumomsætningen E835, E835C, E835D

h. Familiær hypokalcurisk hyperkalcæmi E835A

i. Osteoporose M80, M81

Organisk hypoglykæmi

a. (DE161A-D) anden form for hypoglykæmi

b. (DE162) hypoglykæmi UNS

c. (DE169 og DE 169A) forstyrrelse af pancreas interne sekretion og hypoplasi af pancreas endokrine celler

d. (DQ453C) medfødt misdannelse af pancreas UNS

e. (DE74) andre forstyrrelser i kulhydratomsætningen

f. (DE740) forstyrrelse i glykogenaflejringen

g. (DE748) anden forstyrrelse i kulhydratomsætningen

h. (DE749) forstyrrelse i kulhydratomsætningen UNS

i. (DD136) godartet tumor i pancreas

j. (DD137) godartet tumor i Langerhanske øer

k. (DD137A) insulinom

Disorders of sex development (DSD)

a. Q56.0 – Q56.9 Indeterminate sex and pseudohermaphrodism.

Vækst- og fedmesyndromer

a. E66.8 Anden overvægt

b. Q87.1 Medfødt misdannelsessyndrom med dværgvækst

c. Q87.3 Syndromer med medfødte misdannelser med tidlig højdevækst

Hypogonadotrop hypogonadisme

a. Isoleret nedsat sekretion af gonadotropin

b. DE230A Isoleret nedsat sekretion af gonadotropin

c. DE230D Kallmanns syndrom

Medfødt multipel hypofysedefekt

a. ORPHA:95494 Multipel hypofysehormonmangel

b. E23 Nedsat aktivitet og andre sygdomme i hypofysen

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

(Alternativt kan relevante fyldestgørende oplysninger tilføjes under kliniske oplysninger, når analysen bestilles i EPJ Syd)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet "Kliniske oplysninger"

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Ved bestilling af analyse af flere i samme familie:

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Disorders of sex development panel v1 (83 gener)

Pr. 01.11.2022

AMH, AKR1C2, AMHR2, AR, ARX, ATP6V0A4, ATRX, CBX2, CDK9, CDKN1C, CHD4, CHD7, CTU2, CUL4B, CYB5A, CYP11A1, CYP11B1, CYP17A1, CYP19A1, CYP21A2, DHCR7, DHH, DMRT1, ESR2, FEZF1, FGF17, FGF8, FGFR1, FGFR2, FSHB, GATA4, GNRH1, GNRHR, HHAT, HOXA13, HS6ST1, HSD17B3, HSD3B2, IL17RD, INPP5E, KISS1, KISS1R, LEP, LEPR, LHB, LHCGR, MAMLD1, MAP3K1, MCM5, MKS1, MYRF, NR0B1, NR2F2, NR3C1, NR5A1, NSMF, PAX6, PAX8, PBX1, POLR3B, POR, PROK2, PROKR2, PROP1, RPL10, RSPO1, SAMD9, SEMA3E, SGPL1, SOX10, SOX2, SOX9, SRD5A2, SRY, STAR, TAC3, TACR3, TCF12, TOE1, TSPYL1, WDR11, WT1, ZFPM2

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Fæokromocytom, paragangliom o.a. binyresygdomme panel v1 (13 gener)

Pr. 01.11.2022

FH, MAX, MEN1, NF1, PRKAR1A, RET, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, TMEM127, VHL

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Hypogonadotrop hypogonadisme panel v1 (47 gener)

Pr. 01.11.2022

ANOS1, CCDC141, CHD7, CLPP, CUL4B, DCAF17, FEZF1, FGF17, FGF8, FGFR1, FSHB, GLI2, GNRH1, GNRHR, HAMP, HESX1, HFE, HJV, HS6ST1, IL17RD, KISS1, KISS1R, KLB, LEP, LEPR, LHB, LHCGR, LHX3, LHX4, NR0B1, NSMF, PROK2, PROKR2, PROP1, SEMA3A, SEMA3E, SEMA7A, SLC29A3, SLC40A1, SOX10, SOX2, SOX3, SPRY4, TAC3, TACR3, TFR2, WDR11

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Medfødt multipel hypofysedefekt panel v1 (25 gener)

Pr. 01.11.2022

BTK, CHD7, FGF8, FGFR1, FOXA2, GH1, GHR, GHRHR, GHSR, GLI2, GLI3, GNRHR, HESX1, IGSF1, LHX3, LHX4, OTX2, PITX2, PNPLA6, POU1F1, PROKR2, PROP1, SOX2, SOX3, TBX19

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Monogen diabetes panel v1 (58 gener)

Pr. 01.11.2022

ABCC8, AGPAT2, AKT2, ALMS1, APPL1, BSCL2, CEL, CISD2, DCAF17, DMXL2, DNAJC3, DYRK1B, EIF2AK3, EIF2S3, FOXP3, GATA4, GATA6, GCK, GLIS3, HAMP, HFE, HJV, HNF1A, HNF1B, HNF4A, IER3IP1, IL2RA, INS, INSR, KCNJ11, LMNA, LRBA, MNX1, MT-TL1, NEUROD1, NEUROG3, NKX2-2, PAX6, PCBD1, PDX1, PIK3R1, PLIN1, POLD1, PPARG, PPP1R15B, PTF1A, RFX6, SLC19A2, SLC29A3, SLC2A2, SLC40A1, STAT3, TFR2, TRMT10A, WFS1, ZBTB20, ZFP57, ZMPSTE24

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Multiple endokrine neoplasier panel v1 (15 gener)

Pr. 01.11.2022

AIP, CDC73, CDKN1B, MAX, MEN1, PRKAR1A, RET, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, TMEM127, TP53, VHL, NTRK1

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Organisk hypoglykæmi panel v1 (57 gener)

Pr. 01.11. 2022

ABCC8, ACAT1, AGL, AKT2, ALDOA, ALDOB, BTD, ENO3, EPM2A, FBP1, FOXA2, G6PC1, GBE1, GCK, GLUD1, GPC3, GYG1, GYS1, GYS2, GAA, HADH, HLCS, HNF1A, HNF4A, INSR, IVD, KCNJ11, KDM6A, KMT2D, LAMP2, LDHA, MAGEL2, MCEE, MMUT, NHLRC1, OXCT1, PC, PCCA, PCCB, PFKM, PGAM2, PGK1, PGM1, PHKA1, PHKA2, PHKB, PHKG2, PMM2, PRKAG2, PYGL, PYGM, RBCK1, SLC16A1, SLC2A2, SLC37A4, TANGO2, UCP2

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Sjældne calcium og knoglesygdomme panel v1 (83 gener)

Pr. 01.11.2022

AP2S1, AIRE, ALPL, AMER1, ANKH, B3GALT6, B4GALT7, BMP1, CA2, CASR, CDC73, CDKN1B, CDKN2B, CDKN2C, CDKN1A, CLCN5, CLCN7, COL1A1, COL1A2, CREB3L1, CRTAP, CTSK, CYP27B1, CYP2R1, CYP3A4, DMP1, DSPP, ENPP1, FAH, FAM20C, TENT5A, FERMT3, FGF23, FGFR1, FKBP10, GATA3, GCM2, GNA11, GORAB, IFITM5, LEMD3, LRP5, MEN1, NBAS, NOTCH2, OCRL, OSTM1, P3H1, P4HB, PHEX, PLEKHM1, PLOD2, PLS3, PPIB, PTH, PTH1R, RASGRP2, RET, SEC24D, SERPINF1, SERPINH1, SGK3, SLC34A1, SLC34A3, SLC9A3R1, SNX10, SOST, SOX3, SP7, SPARC, STX16, TAPT1, TBCE, TBX1, TCIRG1, TGFB1, TMEM38B, TNFRSF11A, TNFSF11, TRPV6, TYROBP, VDR, WNT1

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Sjældne thyroidea sygdomme panel v1 (36 gener)

Pr. 01.11.2022

ALB, CDCA8, DUOX2, DUOXA2, FOXE1, GLIS3, GNAS, HESX1, IGSF1, IRS4, IYD, LHX3, LHX4, NKX2-1, NKX2-5, OTX2, PAX8, POU1F1, PRKAR1A, PROP1, SECISBP2, SLC16A2, SLC26A4, SLC26A7, SLC5A5, SOX3, TBL1X, TG, THRA, THRB, TPO, TRHR, TSHB, TSHR, TTR, TUBB1

OUH-KGA Endokrinologiske patienter - Vækst og fedme syndromer panel v1 (162 gener)

Pr. 01.11.2022

ACAN, AKR1C2, ALMS1, AMMECR1, ANKRD11, ARCN1, ARL6, ATRIP, ATRX, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BLM, BRAF, BRCA2, BRIP1, BTK, CBL, CCDC8, CDC6, CDKN1C, CDT1, CENPJ, CEP19, CEP290, CEP57, CHD7, CPE, CREBBP, CRIPT, CUL7, DHCR7, DNA2, DOK7, EP300, EPHX1, ERCC4, ERCC6, ERCC8, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FGD1, FGF8, FGFR1, FGFR3, GH1, GHR, GHRHR, GHSR, GLI2, GLI3, GNAS, GPR161, H19, HDAC8, HESX1, HMGA2, HRAS, IFT172, IGF1, IGF1R, IGF2, IGFALS, INPP5E, INSR, KANSL1, KDM6A, KMT2D, KRAS, KSR2, LEP, LEPR, LHX3, LHX4, LIG1, LIG4, LZTR1, MAGEL2, MAP2K1, MAP2K2, MC4R, MCM5, MKKS, MKS1, MYT1L, NBN, NIPBL, NRAS, NTRK2, OBSL1, ORC1, ORC4, ORC6, OTX2, PALB2, PAPPA2, PCNT, PCSK1, PHF6, PIK3R1, PITX2, PLAG1, PNPLA6, POMC, POU1F1, PPARG, PPP1CB, PROKR2, PROP1, PTPN11, RAD21, RAF1, RAPSN, RBBP8, RIT1, RNPC3, RNU4ATAC, ROR2, RPL10, RPS6KA3, SAMD9, SDCCAG8, SH2B1, SHOC2, SHOX, SHOX2, SIM1, SLX4, SMARCAL1, SMC1A, SMC3, SOS1, SOS2, SOX2, SOX3, SRCAP, STAT5B, TBCE, THRB, TOP3A, TRIM32, TRIM37, TTC8, TUB, UBE2T, VPS13B, WRN, XRCC4, ZFP57

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Nyresvigt hos børn og voksne

Denne analyse består af tre sygdomsgrupper, som i NGC regi er slået sammen:

• Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos børn og unge (<18 år)
• Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos voksne (18-60 år)
• Vedvarende, uforklaret albuminuri hos børn og voksne:
  • Steroid resistent nefrotisk syndrom
  • Sekundær FSGS uden kendt underliggende forklaring
  • Uforklaret, vedvarende albuminuri hos patienter der er familiært disponeret til nyresygdom
  • Debut af nefrotisk albuminuri < 2 årsalderen

Helgenomsekventering, Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC nyresvigt analyseres et genpanel dækkende de arvelige nyresvigtssygdomme, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik’s (DSMG) specialistnetværk NefroGENet.

Genpanel analyse vil være den primære tilgang.

Ved analysen kan man dog nogle gange vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme famlie samtidigt. Det kan eksempelvis være aktuelt hvis der er flere i familien med samme fænotype eller ved udredning af børn med nyresygdom i kombination med ekstrarenale manifestationer. Genomsekventering af forældre/slægtninge er ikke et krav for at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos voksne

1. DN189 - Kronisk nyreinsufficiens UNS
2. DN031 - Kron. glom.nefrit m. fokal/segment. glomerulære forandringer (FSGS)
3. DN038 - Kronisk glomerulonefritis med anden morfologi
4. PRD3749 - Glomerulonephritis - no histology
5. DN199 – Nyreinsufficiens UNS
6. DN184 – kronisk nyreinsufficiens, stadie 4 (grp B)
7. DN185 – kronisk nyreinsufficiens, terminal stadie 5
8. DZ992 – afhængig af renal dialyse
9. DZ940 – nyretransplantation
10. DN159 – tubulointerstitiel nyresygdom uden specifikation

Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos børn og unge

1. DN183-9 Kronisk nyreinsufficiens stadie 3-5
2. DN031 FSGS
3. DN038 Kronisk glomerulonefrit med anden morfologi
4. DN199 Nyreinsufficiens UNS
5. DZ992 Afhængig af dialyse
6. DZ940 Nyretransplanteret
7. DQ604 Bilateral nyrehypoplasi
8. DQ613-9 Cystisk nyresygdom
9. Ekkogene nyrer ved ultralydsskanning (ingen specifik IDC10 kode)
10. Kronisk nyresygdom i kombination med ekstrarenale manifestationer (ingen specifik ICD10 kode)

Vedvarende, uforklaret albuminuri hos børn og voksne

1. DN031 - kronisk glom. nefrit m. fokal/segmental glomerulære forandringer
2. DN061 - Monosymptomat. proteinuri m fokal/segmentær glomerul-forandr
3. DN021 - Recidiv/vedvar. hæmaturi m fokal/segmentær glomerul-forandr
4. DN051 - Glom.nefrit UNS m fokale el segmentære glomerulære forandr.
5. DR809 - Proteinuri UNS
6. DN391 – Vedvarende proteinuri UNS
7. DN040-DN049 Nefrose

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Ved bestilling af analyse af flere i samme familie

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Nyresvigt panel v2 (394 gener):

ACE, ACTB, ACTG1, ACTG2, ACTN4, ADAMTS13, ADAMTS9, AGT, AGTR1, AGXT, AHI1, ALDOB, ALG1, ALG5, ALG8, ALG9, ALMS1, ALPL, AMER1, AMN, ANKFY1, ANKS6, ANLN, ANOS1, AP2S1, APOA1, APOA2, APOC2, APOC3, APOE, APOL1, APRT, AQP2, ARHGAP24, ARHGDIA, ARID1B, ARL13B, ARL6, ARMC9, ATP2A2, ATP6V0A4, ATP6V1B1, ATP6V1C2, ATP7B, AVIL, AVPR2, B2M, B3GLCT, B9D1, B9D2, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BCOR, BCS1L, BICC1, BMP4, BMP7, BNC2, BSND, C3, CA2, CACNA1H, CASR, CC2D2A, CCNQ, CD151, CD2AP, CD46, CDC5L, CDKN1C, CENPF, CEP104, CEP120, CEP164, CEP290, CEP41, CEP55, CEP83, CFB, CFH, CFHR1, CFHR2, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, CHD1L, CHD7, CHRM3, CHRNA3, CILK1, CISD2, CLCN5, CLCNKA, CLCNKB, CLDN10, CLDN16, CLDN19, CLVS1, COL4A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COQ2, COQ4, COQ6, COQ8A, COQ8B, COQ9, COX10, CPLANE1, CPT2, CRB2, CRKL, CSPP1, CTNS, CTU2, CUBN, CUL3, CYP11B1, CYP11B2, CYP17A1, CYP24A1, DCDC2, DDX59, DGKE, DHCR7, DLC1, DLG5, DNAJB11, DSTYK, DYNC2H1, DYNC2I1, DYNC2I2, DZIP1L, DAAM2, EHHADH, EIF2AK3, EMP2, ERCC8, EYA1, FAH, FAM20A, FAN1, FANCA, FANCB, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCI, FANCL, FAT1, FAT4, FBXL4, FCGR2A, FGA, FGF10, FGF20, FGFR2, FGFR3, FN1, FOXC2, FOXP3, FRAS1, FREM1, FREM2, FXYD2, G6PC1, GANAB, GAPVD1, GATA3, GATM, GFRA1, GLA, GLI3, GLIS2, GLIS3, GON7, GPC3, GREB1L, GRHPR, GRIP1, GSN, HNF1B, HNF4A, HOGA1, HOXA13, HPRT1, HPSE2, HRAS, HSD11B2, HYLS1, HAAO, IFT122, IFT140, IFT172, IFT27, IFT43, IFT80, INF2, INPP5E, INVS, IQCB1, ITGA3, ITGA8, ITSN1, ITSN2, JAG1, JAM3, KANK1, KANK2, KANK4, KAT6B, KCNJ1, KCNJ5, KCNQ1OT1, KCTD1, KIF14, KIF7, KIRREL1, KIAA0586, KIAA0753, KLHL3, KYNU, LAGE3, LAMA5, LAMB2, LCAT, LMNA, LMX1B, LRIG2, LRP4, LYZ, LZTFL1, MAFB, MAGED2, MAGI2, MAPKBP1, MEFV, MKKS, MKS1, MMACHC, MMUT, MT-TF, MT-TL1, MTX2, MUC1, MYH9, MYO1E, MYOCD, NADSYN1, NEK1, NEK8, NEU1, NIPBL, NLRP3, NOTCH2, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NPHS1, NPHS2, NR3C1, NR3C2, NRIP1, NUP107, NUP133, NUP160, NUP205, NUP85, NUP93, NXF5, OCRL, OFD1, OSGEP, PAX2, PBX1, PDE6D, PDSS2, PEX12, PEX2, PIGN, PIGT, PKD1, PKD2, PKHD1, PLCE1, PMM2, PODXL, PTPRO, REN, RMND1, ROBO1, ROBO2, RPGRIP1L, RRM2B, SALL1, SALL4, SARS2, SCARB2, SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G, SDCCAG8, SEC61A1, SEC63, SGPL1, SIX1, SIX2, SIX5, SLC12A1, SLC22A12, SLC26A1, SLC2A2, SLC2A9, SLC34A1, SLC37A4, SLC3A1, SLC41A1, SLC4A1, SLC4A4, SLC7A7, SLC7A9, SLIT2, SMARCAL1, STRA6, SYNPO, SYNPO2, TBC1D1, TBC1D24, TBC1D8B, TBX1, TBX18, TBX6, TCTN1, TCTN2, TCTN3, TFAP2A, THBD, TMEM107, TMEM138, TMEM216, TMEM231, TMEM237, TMEM67, TNS2, TNXB, TP53RK, TP63, TPRKB, TRAF3IP1, TRAP1, TRIM32, TRIM8, TRPC6, TSC1, TSC2, TTC21B, TTC8, TTR, TXNDC15, UMOD, UPK3A, VHL, VIPAS39, VPS33B, WDPCP, WDR19, WDR35, WDR4, WDR73, WNK1, WNK4, WNT3, WNT4, WNT5A, WNT9B, WT1, XDH, XPNPEP3, XPO5, YRDC, ZIC3, ZMPSTE24, ZMYM2, ZNF423

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC øjensygdomme

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

For genomanalyse via NGC for gruppen af patienter med øjensygdomme, kan analysen udføres enten som trio-genom analyse, trio-genom med panel-analyse eller single-genom med panel-analyse. I udgangspunktet foretages single-genom med panel-analyse.

 Panelanalyse foretages ved specifikke øjen-fænotyper.

Ved mere komplekse fænotyper med syndrom mistanke  foretrækkes, hvis muligt, trio-genom analyse (rekvireres som NGC sjældne sygdomme) hvor hele genomet vurderes. Ved trio-genom analyse foretages genom sekventering af patient og forældre samtidigt.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Følgende indikationer er gældende for NGC oftalmologi. For alle grupper gælder, at der skal være mistanke om genetisk årsag:

• Arveligt betingede sygdomme i øjets nethinde (retinopatier)
• Bilateral grå stær hos børn/unge (bilateral cataract)
• Strukturelle øjensygdomme
• Albinisme
• Synsnervesygdomme (opticus neuropatier)
• Ultra sjældne øjensygdomme (trioanalyse anbefales, analysen NGC sjældne sygdomme)

Der udføres typisk single genom med relevant panel. For ultra sjældne øjensygdomme og syndromal øjensygdom kan trio-genom analyse overvejes.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, og for valg af rette gen-panel, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres dette i feltet ”Kliniske oplysninger”.

Skriftligt patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Ved trio-analyse skal samtykke indhentes for både barn og forældre.

Gener

Nationalt katarakt panel v2 (128 gener):

ABHD12, ADAMTS10, ADAMTSL4, AGK, AGPS, ALDH18A1, ANAPC1, ATAD3A, AQP5, B3GLCT, BCOR, BFSP1, BFSP2, CDK9, CHMP4B, COL11A1, COL18A1, COL2A1, COL4A1, CRYAA, CRYAB, CRYBA1, CRYBA4, CRYBB1, CRYBB2, CRYBB3, CRYGA, CRYGB, CRYGC, CRYGD, CRYGS, CTDP1, CYP27A1, CYP51A1, DHCR7, DNMBP, DYRK1A, EED, EIF2B2, EPG5, EPHA2, ERCC2, ERCC3, ERCC5, ERCC6, ERCC8, FAM126A, FAR1, FOXE3, FTL, FYCO1, GALE, GALK1, GALT, GCNT2, GEMIN4, GFER, GJA3, GJA8, GLS, GNPAT, GTF2H5, HMX1, HSF4, HTRA2, INPP5K, INTS1, JAM3, LCAT, LEMD2, LIM2, LONP1, LSS, MAF, MAN2B1, MED27, MIP, MIR184, MSMO1, MYH9, NACC1, NDP, NF2, NHS, NUP188, OCRL, OPA3, P3H2, PANK4, PAX6, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PIK3C2A, PITX3, PLOD3, PTCH1, PXDN, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RIC1, SC5D, SIL1, SIPA1L3, SLC16A12, SLC2A1, SLC33A1, SRD5A3, TDRD7, TFAP2A, VIM, VSX2, WFS1, WRN, XYLT2, ZNF526

Nationalt optikus atrofi panel v2 (48 gener):

ACO2, AFG3L2, ALPK1, AP3B2, ATAD3A, ATP1A3, AUH, C12orf65, C19orf12, CISD2, DNAJC30, DNM1L, EPRS1, FDXR, ISCA2, MCAT, MECR, MFF, MFN2, MIEF1, MT-ATP6, MT-ND1, MT-ND4, MT-ND6, MTPAP, NBAS, NDUFAF5, NDUFA12, NDUFS1, NDUFS2, NR2F1, OPA1, OPA3, PMPCA, POLG, RTN4IP1, SLC25A46, SLC44A1, SLC52A2, SPG7, SSBP1, TFG, TIMM8A, TMEM126A, TSFM, UCHL1, WFS1, YME1L1

Albinisme panel v.1 (36 gener):

AHR, AP3B1, AP3D1, BLOC1S3, BLOC1S5, BLOC1S6, CACNA1A, CACNA1F, CASK, DCT, DTNBP1, FRMD7, GPR143, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, LRMDA, LYST, MANBA, MC1R, MITF, MLPH, MYO5A, OCA2, PAX6, RAB27A, SACS, SETX, SLC24A5, SLC38A8, SLC45A2, TULP1, TYR, TYRP1

Nationalt kongenit glaucom panel v.1 (25 gener):

ADAMTS10, ADAMTS17, B3GLCT, COL2A1, COL4A1, CPAMD8, CYP1B1, DDX58, FOXC1, FOXD3, FOXE3, LMX1B, LTBP2, MYOC, OCRL, OPTN, PAX6, PITX2, PITX3, PXDN, SBF2, SH3PXD2B, TBK1, TEK, WDR36

Nationalt retinal dystrofi panel v2 (303 gener):

ABCA4, ABCC6, ABHD12, ACBD5, ACO2, ADAM9, ADAMTS18, ADGRV1, ADIPOR1, AFG3L2, AGBL5, AHI1, AHR, AIPL1, AIRE, ALDH3A2, ALMS1, ALPK1, AMACR, ARHGEF18, ARL13B, ARL2BP, ARL3, ARL6, ARSG, ASRGL1, ATF6, ATOH7, ATXN7, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BEST1, C1QTNF5, CABP4, CACNA1F, CACNA2D4, CAPN5, CC2D2A, CCT2, CDH23, CDH3, CDHR1, CEP164, CEP19, CEP250, CEP290, CEP78, CERKL, CFAP410, CFAP418, CFH, CHM, CIB2, CLCC1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLRN1, CLUAP1, CNGA1, CNGA3, CNGB1, CNGB3, CNNM4, COL18A1, COL4A1, COQ2, COQ5, CRB1, CRX, CSPP1, CTC1, CTNNA1, CTNNB1, CTSD, CWC27, CYP2R1, CYP4V2, DHDDS, DHX38, DMD, DRAM2, EFEMP1, ELOVL1, ELOVL4, ERCC6, ERCC8, ESPN, EXOSC2, EYS, FAM161A, FDXR, FLVCR1, FRMD7, FZD4, GDF6, GNAT1, GNAT2, GNB3, GNPTG, GPR143, GPR179, GRK1, GRM6, GRN, GUCA1A, GUCA1B, GUCY2D, HARS1, HCCS, HGSNAT, HK1, HMX1, IDH3A, IDH3B, IFT140, IFT172, IFT27, IFT74, IFT81, IMPDH1, IMPG1, IMPG2, INPP5E, IQCB1, JAG1, KCNJ13, KCNV2, KIAA1549, KIF11, KIF3B, KIZ, KLHL7, LAMA1, LAMP2, LCA5, LIG3, LRAT, LRIT3, LRP2, LRP5, LZTFL1, MAK, MAPKAPK3, MED12, MERTK, MFRP, MFSD8, MKKS, MKS1, MMACHC, MSTO1, MTRFR, MTTP, MVK, MYO7A, NBAS, NDP, NEUROD1, NMNAT1, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NR2E3, NRL, NYX, OAT, OFD1, OPN1SW, OTX2, P3H2, PANK2, PAX2, PCARE, PCDH15, PCYT1A, PDE6A, PDE6B, PDE6C, PDE6G, PDE6H, PDSS1, PDZD7, PEX1, PEX2, PEX6, PEX7, PGK1, PHYH, PITPNM3, PLA2G5, PLK4, PNPLA6, POC1B, POC5, POMGNT1, POMGNT2, POMT1, PPT1, PRCD, PRDM13, PROM1, PRPF3, PRPF31, PRPF4, PRPF6, PRPF8, PRPH2, PRPS1, RAB28, RAX2, RBP3, RBP4, RCBTB1, RD3, RDH11, RDH12, RDH5, REEP6, RGR, RGS9, RGS9BP, RHO, RIMS2, RLBP1, RNU4ATAC, ROM1, RP1, RP1L1, RP2, RP9, RPE65, RPGR, RPGRIP1, RPGRIP1L, RS1, RTN4IP1, SAG, SAMD7, SAMD11, SCAPER, SDCCAG8, SEMA4A, SLC24A1, SLC25A46, SLC37A3, SLC38A8, SLC6A6, SLC7A14, SNRNP200, SPATA7, SPP2, SPTLC1, SRD5A3, SSBP1, STN1, TEAD1, TIMM8A, TIMP3, TINF2, TLCD3B, TMEM216, TMEM218, TMEM231, TMEM237, TOPORS, TPP1, TRAF3IP1, TREX1, TRIM32, TRNT1, TRPM1, TSPAN12, TTC8, TTLL5, TTPA, TUB, TUBB4B, TUBGCP4, TUBGCP6, TULP1, UNC119, USH1C, USH1G, USH2A, USP45, VCAN, VPS13B, WDPCP, WDR19, WHRN, ZFYVE26, ZNF408, ZNF423, ZNF513

Nationalt vitreoretinal dystrofi/stickler panel v1 (30 gener):

ATOH7, BEST1, BMP4, CAPN5, COL11A1, COL11A2, COL18A1, COL2A1, COL9A1, COL9A2, COL9A3, COMP, CTC1, CTNNB1, FZD4, GZF1, KCNJ13, KIF11, LOXL3, LRP2, LRP5, MATN3, NDP, NR2E3, P3H2, RS1, SLC26A2, TSPAN12, VCAN, ZNF408

Nationalt øjenmisdannelses panel v2 (109 gener) – omfatter bl.a. mikroftalmi og aniridi:

ABCB6, ACTB , ACTG1, ADAMTS10, ADAMTS17, ADAMTS18, ADAMTSL4, ALDH1A3, ALX1, ASPH, ATOH7, B3GALNT2, B3GLCT, BCOR, BMP4, C12orf57, CAPN15, CDH2, CENPF, CHD7, CHRDL1, CLDN19, COL4A1, COL18A1, CPAMD8, CREBBP, CRIM1, CYP1B1, ERCC1, EYA1, FAT1, FGFR1, FOXC1, FOXC2, FOXE3, FOXL2, FRAS1, FREM1, FREM2, FZD5, GDF3, GDF6, GJA1, GLI3, GRIP1, HCCS, HESX1, HMGB3, HMX1, KDM6A, KERA, LAMB2, LRP2, LTBP2, MAB21L2, MFRP, MITF, MYRF, NAA10, NDP, NHS, OCRL, OLFM2, OTX2, PACS1, PAX2, PAX6, PIGL, PITX2, PITX3, PORCN, PRR12, PRSS56, PTCH1, PUF60, PXDN, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RARB, RAX, RBP4, RERE, SALL2, SALL4, SHH, SIX3, SIX6, SLC4A4, SLC38A8, SMCHD1, SMO, SMOC1, SOX2, SRD5A3, STRA6, TBC1D20, TENM3, TFAP2A, TMEM98, TMX3, TUBGCP4, VAX1, VCAN, VPS35L, VSX1, VSX2, WDR37, YAP1

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

Helgenomsekventering

Whole Genome Sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Kriterier for rekvirering af genomsekventering er opfyldelse af disse 3 punkter:

• Alder < 18 år
• Kompleks autisme/autisme+
• Normal undersøgelse for Fragilt X-syndrom

Kompleks autisme/autisme+ er defineret som autismespektrumforstyrrelse (ASF)* og én eller flere af følgende træk:

• Mental retardering / forsinket psykomotorisk udvikling
• Dysmorfe træk
• Epilepsi

*ASF indbefatter:

• F84.0 Infantil autisme
• F84.1 Atypisk autisme
• 84.5 Asperger’s syndrom
• F84.8 Anden gennemgribende udviklingsforstyrrelse

Inden rekvirering af analysen

Patienten skal være drøftet på tværdisciplinær konference med deltagelse af speciallæge i klinisk genetik og børne- og ungdomspsykiatri og evt. i pædiatri.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af genomdata, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resumé af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til Genetisk Afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes og skal indscannes i patientens journal. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer, undertyper

NGC Sjældne sygdomme hos børn og unge

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Mistanke om en sjælden genetisk årsag, og tilstanden skyldes ikke en i forvejen genetisk afklaret sygdom i familien, og mindst en af følgende tilstande/fund:

• En eller flere misdannelser
• Komplekst sygdomsbillede
• Global udviklingsforsinkelse med udviklingsdeficits i to eller flere udviklingsdomæner, med IQ<70 for børn og unge over 6 år, eller et behov for specialistinstitution/skole
• Skeletanomali, eksempelvis forkortede rørknogler, kraniosynostose, skeletdysplasi eller dværgvækst
• Neuromuskulær eller neurologisk sygdom eksempelvis symptom- givende misdannelser i centralnervesystemet, leukoencefalopati, mikro-/makrocefali ledsaget af intellektuelt handikap; ataksi, epilepsi, myopati
• Mistanke om medfødt metabolisk sygdom
• Artrogrypose
• Overvækst
• Floppy infant

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/ prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling, f.eks. børneafdelingen. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten med fordel henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering. 

Ved trioanalyse indhentes samtykke på både barn og forældre.

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Sjældne sygdomme hos voksne

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Mistanke om genetisk årsag, og tilstanden skyldes ikke en i forvejen tilstrækkelig genetisk afklaret sygdom i familien, og mindst en af følgende tilstande/fund:

• En eller flere misdannelser
• Komplekst sygdomsbillede/mistanke om monogen lidelse, hvor denne ikke er omfattet af andet specialistnetværk
• Mental retardering/psykisk udviklingshæmning, med IQ<70 eller behov for specialinstitution eller ikke mulighed for at leve et selvstændigt liv
• Skeletanomali
• Neuromuskulær eller neurologisk sygdom
• Mistanke om medfødt metabolisk sygdom
• Mistanke om bindevævslidelse med karanomalier med mindst to af følgende:
  • udposning på større arterier
  • aneurismer
  • svær hypermobilitet med Beighton score 6 eller mere og/eller ledluksationer
  • spontane perforationer af lunger eller andre indre organer, dysproportioneret skelet
  • brok (hernier)
  • førsteledsslægtning med alvorlig event med enten organ eller karperforation/operationskrævende aneurisme
  • generel dysmorfi der leder tanken hen på genetisk bindevævslidelse eller lign.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

• Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC svære arvelige hudsygdomme hos børn og voksne

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Ved NGC svære arvelige hudsygdomme analyseres genpanel der dækker nedenstående indikationer:

• Iktyosis
• Epidermolysis bullosa
• Ektodermal dysplasi
• Palmoplantar keratodermi
• Udiagnosticeret, alvorlig, mistænkt, genetisk hudlidelse (efter MDT)

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Genpanelanalyse vil være den primære tilgang. Her vil der blive undersøgt for varianter i forudbestemte genpaneler, der dækker den valgte indikation.

Ved analysen kan man dog nogle gange vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme familie samtidigt. Det kan eksempelvis være i form af en såkaldt trio-analyse, hvor der ud over den afficerede patient inddrages blodprøver fra raske forældre, eller hvis der er flere i familien med samme fænotype.

Der kan være overlap til sjældne sygdomme hos børn og unge under 18 år. Her vælges i det enkelte tilfælde den grupper der vurderes mest dækkende.

Genomsekventering af forældre/slægtninge er ikke et krav for at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Analysen kan rekvireres ved mistanke om genetisk betinget:

• Iktyosis
• Epidermolysis bullosa
• Ektodermal dysplasi
• Palmoplantar keratodermi
• Udiagnosticeret, alvorlig, mistænkt, genetisk hudlidelse (efter MDT).

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?).

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”:

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen
  Ved bestilling af analyse af flere i samme familie

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Arvelige hudsygdomme v1 (199 gener):
AAGAB, ABCA12, ABCC6, ABHD5, ADAM10, ADAM17, ALDH3A2, ALOX12B, ALOXE3, ANAPC1, ANTXR2, AP1B1, AP1S1, APCDD1, AQP5, ARHGAP31, ASPRV1, ATP2A2, ATP2C1, AXIN2, C3orf52, CARD14, CASP14, CAST, CCDC91, CD151, CDH3, CDSN, CERS3, CLDN1, COL14A1, COL17A1, COL7A1, CPOX, CST6, CSTA, CTSB, CTSC, CTSZ, CYP4F22, DBR1, DCLRE1C, DLL4, DLX3, DOCK6, DSC2, DSC3, DSG1, DSG4, DSP, DST, EBP, EDA, EDAR, EDARADD, EDNRA, ELOVL1, ELOVL4, ENPP1, EOGT, ERCC2, EXPH5, FAM83G, FDPS, FECH, FERMT1, FLG, FLG2, FOXN1, FZD6, GBA, GGCX, GJA1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB6, GREM2, GRHL2, GTF2E2, GTF2H5, HOXC13, HPGD, HR, HRURF, IKBKG, ITGA3, ITGA6, ITGB4, JUP, KANK2, KDF1, KDSR, KLF4, KLHL24, KLK11, KREMEN1, KRT1, KRT10, KRT13, KRT14, KRT16, KRT17, KRT2, KRT25, KRT5, KRT6A, KRT6B, KRT6C, KRT74, KRT81, KRT83, KRT85, KRT86, KRT9, LAMA3, LAMB3, LAMC2, LEF1, LIPH, LIPN, LORICRIN, LPAR6, LRP6, LSS, LTV1, MBTPS2, MPDU1, MPLKIP, MSX1, MVD, MVK, NECTIN1, NECTIN4, NFKB2, NFKBIA, NIPAL4, NKPD1, NLRP1, NOTCH1, NSDHL, PAX9, PERP, PEX7, PHYH, PIGL, PKP1, PLCD1, PLEC, PLOD3, PMVK, PNPLA1, POMP, PORCN, PPOX, PRKD1, RBPJ, RHBDF2, RMRP, RNF113A, RPL21, RSPO1, RSPO4, SASH1, SDR9C7, SERPINA12, SERPINB7, SERPINB8, SLC17A9, SLC27A4, SLC39A4, SLC39A7, SLURP1, SMARCAD1, SNAP29, SNRPE, SOX18, SPINK5, SREBF1, ST14, STS, SULT2B1, SUMF1, TAT, TFAP2A, TGM1, TGM5, TKFC, TP63, TRPM4, TRPS1, TRPV3, TSPEAR, TUFT1, UROD, UROS, VPS33B, WNT10A, ZMPSTE24

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

Arvelig hæmatologisk sygdom

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Ved denne underindikation af patientgruppen ”arvelig hæmatologisk sygdom” under National Genom Center er det aftalt, at Genomisk Medicin, Risghospitaltet, varetager dataanalysen for OUH. Der er således alene tale om en sendeprøve fra Klinisk Genetisk Afdeling til MOMA, Århus Universitetshospital, der informerer Genomisk Medicin, Rigshospitalet, når data fra sekventeringen er klar til databehandling. Svarafgivelse til rekvirent varetages af Genomisk Medicin, Rigshospitalet.

Det er således op til rekvirenten at informere Genomisk Medicin, RH, om relevante kliniske oplysninger iht. indbyrdes aftale.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

Uafklaret hæmolytisk anæmi

1. DD550 Anæmi forårsaget af glukose-6-fosfat-dehydrogenasemangel
2. DD551 Anæmi forårsaget af anden forstyrrelse i glutationomsætningen
3. DD552 Anæmi forårsaget af forstyrrelser i de glykolytiske enzymer
4. DD553 Anæmi forårsaget af forstyrrelser i nukleotidomsætningen
5. DD558 Anden anæmi forårsaget af enzymatisk forstyrrelse
6. DD559 Anæmi forårsaget af enzymatisk forstyrrelse UNS
7. DD580 Arvelig hæmolytisk anæmi forårsaget af sfærocytose
8. DD581 Arvelig hæmolytisk anæmi forårsaget af elliptocytose
9. DD581A Medfødt elliptocytose
10. DD582 Anden hæmoglobinopati
11. DD582A Abnormt hæmoglobin UNS
12. DD588 Anden arvelig hæmolytisk anæmi
13. DD588A Stomatocytose
14. DD589 Arvelig hæmolytisk anæmi UNS
15. DD610 Konstitutionel aplastisk anæmi
16. DD610A Blackfan-Diamond syndrom
17. DD610C Pancytopeni med misdannelser
18. DD610D Familiær hypoplastisk anæmi
19. DD610E Aplasi af røde blodlegemer hos barn (medfødt)(primær)
20. DD640 Arvelig sideroblastær anæmi
21. DD643 Anden sideroblastær anæmi
22. DD643A Sideroblastær anæmi UNS
23. DD644 Medfødt dyserytropoietisk anæmi
24. DD561Thalassæmi, hvor standardudredning ikke er sufficient til at stille diagnose.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Oplysninger skal fås fra Genomisk Medicin, Rigshospitalet

Analysemetode

Ingen data

Prøvemateriale

Blod, 4 ml EDTA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Ingen data

Synonymer

Unge voksne med kræft samt arvelig kræft hos voksne.

Denne analyse består af to sygdomsgrupper, som i NGC regi er slået sammen:

• Unge voksne med kræft (18-30 år)
• Arvelig kræft

Helgenomsekventering, Whole Genome Sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter. Til denne sygdomsgruppe analyseres et større genpanel, som er udvalgt efter national konsensus i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik´s (DSMG) specialistnetværk onkoGENet.

Indikation

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Blanketter og vejledninger (ngc.dk)

• Invasiv cancer (alle typer)
• Hæmatologisk malign lidelse
• Behandlingskrævende CNS-tumorer

Unge voksne med kræft

Patienter i denne gruppe skal debuterer med en af ovenstående tilstande i alderen 18-30 år.

Arvelig kræft hos voksne

Patienter i denne gruppe skal først være undersøgt med et relevant fokuseret standard genpanel med normalt analyseresultat og opfylde ét af nedenstående kriterier, inden rekvirering af NGC analysen:

Familiær disposition

1. Personer i familier med ophobning af kolorektal cancer, svarende til Amsterdam I positive familier.
2. Personer i familier med ophobede tilfælde af bryst- og ovariecancer uden fund af en BRCA-variant.
3. Personer i familier, med 3 tilfælde af mamma-cancer, hos indbyrdes 1.gradsslægtninge og hvor to af tilfældene er <50-år.
4. Personer i familier mindst en patient med kræft i barnealderen og barnet har en 1. gradsslægtning med kræft før 50-årsalderen.
5. Familier med 3 indbyrdes 1.gradsslægtninge med samme type cancer, hvor der ikke er stærk kendt miljømæssig ætiologi. For sjældne cancere: To 1.gradsslægtninge med samme sjældne type af kræft.

Alderskriterier

1. Person med to primære cancere < 50 år (Ikke non-melanom hudkræft).
2. Person med tre primære cancere < 60 år, hvor den første er diagnosticeret <50 år (ikke nonmelanom hudkræft).

Særlige kriterier

1. Person (eller familie), som opfylder kliniske kriterierne for et kendt cancersyndrom f.eks. Li Fraumeni, PTEN Harmatoma Tumor syndrom mv.
2. Person med kræft, og variant af ukendt betydning (VUS) i gen af potentiel betydning for Homologous recombination deficiency (HRD) (f.eks. BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C og RAD51D) udføres WGS på tumorvæv mhp undersøgelse af HRD.
3. Person med kræft og VUS som er under særlig mistanke for at være betydende, hvor undersøgelse af tumorvæv potentielt vil kunne afklare betydningen (f.eks. VUS i NTHL1, MUTYH, POLE, POLD1 samt MMR-gen, hvis der er særlig mistanke om variant i et sådant og tumor er mikrosatellit stabil (MSS).

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

• Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
• Særlig mistanke (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
• Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

• Dato for ovenstående journalnotat
• Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/ prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a. indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Udvidet arvelig cancer panel v1 (392 gener):

A2ML1, ABCB11, ABL1, ABRAXAS1, ACD, ACTRT1, ADA, AIP, AKT1, ALK, AMH, AMHR2, ANKRD26, APC, ARID1A, ARID1B, ARID5B, ARMC5, ASXL1, ATG2B, ATM, ATR, ATRX, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRF1, BRIP1, BTK, BUB1, BUB1B, BUB3, CABLES1, CARD11, CASP9, CBL, CD27, CD70, CDC73, CDH1, CDH23, CDK4, CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CEP57, CHEK2, CIITA, CIP2A, COL7A1, CREBBP, CTC1, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CTR9, CYLD, DDB2, DDX11, DDX3X, DDX41, DGCR8, DHCR7, DHX34, DICER1, DIS3L2, DKC1, DLST, DNAJC21, DNMT3A, DOCK8, DPYD, DROSHA, EDC4, EFL1, EGFR, EGLN1, EGLN2, ELANE, ELP1, EP300, EPAS1, EPCAM, ERBB2, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC6L2, ERCC8, ESR2, ETV6, EXO1, EXO5, EXT1, EXT2, EZH2, FAH, FAN1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FBXW7, FGFR2, FGFR3, FH, FLCN, FLT3, FMR1, FOCAD, G6PC3, GAB2, GALNT12, GATA1, GATA2, GATA3, GBA, GDNF, GFI1, GJB2, GLI3, GNA11, GNAQ, GNAS, GPC3, GPR101, GPR161, GREM1, GRHL2, GSKIP, H19, HABP2, HAVCR2, HAX1, HFE, HMBS, HNF1A, HOXB13, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, INHA, INHBA, IPMK, ITK, JMJD1C, KCNQ1OT1, KDM1A, KDM3B, KDM6A, KIF1B, KIT, KLLN, KMT2A, KMT2D, KRAS, L2HGDH, LHCGR, LIG4, LYST, LZTR1, MAD2L2, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MBD4, MC1R, MDH2, MECOM, MEN1, MET, MITF, MLH1, MLH3, MLLT1, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MTAP, MUC5B, MUS81, MUTYH, MYH9, NAF1, NBN, NDRG4, NEK11, NF1, NF2, NFATC4, NFIX, NHP2, NOP10, NPAT, NPM1, NRAS, NSD1, NTHL1, NTRK1, NYNRIN, OGG1, PALB2, PARN, PAX5, PBRM1, PDCD4, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PHOX2B, PIK3CA, PIP4K2A, PMS1, PMS2, PMS2CL, POLD1, POLE, POLH, POT1, POU6F2, PPM1D, PPP1CB, PRF1, PRKAR1A, PRKN, PRSS1, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTPN11, PTPN12, RAB27A, RABL3, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAF1, RAG1, RAG2, RASA2, RB1, RBBP8, RECQL, RECQL4, RECQL5, REST, RET, REXO2, RFWD3, RHBDF2, RINT1, RIT1, RMRP, RNASEL, RNF43, RPL10, RPL10A, RPL11, RPL15, RPL18, RPL19, RPL23, RPL26, RPL27, RPL3, RPL31, RPL34, RPL35A, RPL36, RPL5, RPLP0, RPS10, RPS11, RPS15, RPS15A, RPS17, RPS19, RPS20, RPS24, RPS26, RPS27, RPS27A, RPS28, RPS29, RPS7, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEC23B, SEMA4A, SERPINA3, SETBP1, SFTPA1, SFTPA2, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SLC25A11, SLX4, SMAD4, SMAD9, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCC2, SMARCE1, SMO, SOS1, SOS2, SPINK1, SPRED1, SQSTM1, SRP72, SRY, STAT3, STK11, STN1, STX11, STXBP2, SUFU, TERC, TERF2IP, TERT, TFAP2A, TG, TGFBR1, TINF2, TLR8, TMEM127, TNFRSF11A, TNFRSF13B, TP53, TP53AIP1, TRIM28, TRIM37, TRIP13, TSC1, TSC2, TSR2, TYK2, UBE2T, UNC13D, UROD, USB1, USP39, VHL, VPS13C, WAS, WRAP53, WRN, WT1, WWP1, XIAP, XPA, XPC, XRCC2, XRCC3

Analysemetode

Genomsekventering, NGC

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NIPT, Non Invasive Prenatal Testing

Aneuploidiscreening af foster-DNA i mors blod

Beskrivelse

Prænatal screeningstest for aneuploidier på frit føtalt DNA i mors blod.

Ved NIPT (non-invasiv prænatal testing) undersøges små mængder DNA fra graviditeten, som findes i den gravides blod. Testen foretages på en blodprøve på den gravide, som kan tages omkring graviditetsuge 10 og frem. Der er tale om en følsom screeningstest med høj sensitivitet med for de tre hyppigste kromosomanomalier: trisomi 13, trisomi 18 og trisomi 21. Derudover udføres en bred screening andre aneuploidier inklusiv kønskromosomerne, samt større kromosomale forandringer.

Testen kan anvendes ved singleton- og tvillingegraviditeter.

Bemærk at NIPT er en screeningstest og ikke en diagnostisk undersøgelse. Hvis testen viser abnormt resultat, skal der foretages invasiv diagnostik til endelig afklaring.

Forbehold: Testen anbefales ikke hvis den gravide har modtaget en af følgende behandlinger inden for de sidste 3 måneder: blodtransfusion, immunterapi, stamcelleterapi, transplantation eller strålebehandling. Ved BMI over 35 er der større risiko for inkonklusivt resultat ved NIPT analysen. Placenta mosaicisme, føtal chimerisme, partiel føtal kromosom-aneuploidi af kromosomerne 13, 18 og 21 og vanishing twin kan give falsk positivt/falsk negativt screenings resultat. NIPT testen kan i sjældne tilfælde afsløre evt. større kromosomforandringer hos den gravide selv. Dette skyldes, at man med testen analyserer både fosterets og moderens DNA, der findes i den gravides plasma.

NIPT er ikke egnet til screening for mindre kromosomale ubalancer og er således ikke et ligeværdigt alternativ til en kromosom mikroarray analyse på en invasiv moderkageprøve eller fostervandsprøve.

Region

Se analysemetode.

Analysemetode

NIPT

Prøvemateriale

Frit føtalt DNA i plasma

NPU-ID

NPU53990

NKN, Nationale kortnavn

Trisomirelateret DNA gruppe[NIPT];P

EQA

Vi deltager i eksterne kvalitetssikringsprogrammer

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

PJS (STK11)

Polyposis, hamartomatous intestinal Arvelig colorektal cancer/polypose

Beskrivelse

Autosomal dominat arvelig sygdom. Der ses bl.a. hyperpigmenterede pletter på ekstremiteter, læber og slimhinder, tendens til polypdannelse i flere organer samt tendens til tidlig cancerudvikling i flere organer. Der er variabel fænotype.

Gen/Region

STK11 / 19p13.3

Analyse

STK11-gen;DNA

Panel

Arvelig colorektal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Phosphate-Regulating Endopeptidase

PHEX-gen;DNA

Sygdomme

Hypofosfatæmisk rakitis, X-bundent

Gen/Region

PHEX / Xp22.2-p22.1

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU38276

NKN, Nationale kortnavn

PHEX-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Akut intermitterende porfyri, porphobilinogen deaminase-mangel (HMBS)

Erytropoietisk protoporfyri, ferrochelatase-mangel (FECH)

Hereditær koproporfyri, coproporfyrinogen III-oxidase-mangel (CPOX)

Kongenit erytropoietisk porfyri, uroporfyrinogen III-syntase-mangel (UROS)

Porphyria cutanea tarda (UROD)

Variegat porfyri, protoporfyrinogen IX-oxydase-mangel (PPOX)

X-bunden dominant protoporfyri, ALA-syntase-mangel (ALAS2)

Beskrivelse

Porfyrierne udgør en heterogen gruppe af sygdomme, der skyldes forstyrrelse i biosyntesen af hæm, der er den funktionelle gruppe i bl.a. hæmoglobin, myoglobin og cytokromer. Biosyntesen af hæm foregår i otte trin, der er reguleret af hvert sit enzym. Der kendes otte forskellige porfyrisygdomme. De akutte porfyrier medfører neurologiske/neuroviscerale symptomer og de øvrige et overvejende kronisk forløb. Arvegangen er autosomal dominant eller recessiv med lav penetrans eller X-bunden.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gen/Region

ALAS2 / Xp11.21

CPOX / 3q12

FECH / 18q21.3

HMBS / 11q23.3

PPOX / 1q22

UROD / 1p34.1

UROS / 10q26.2

Panel

Akut porfyri: CPOX, HMBS, PPOX

EPP: ALAD, ALAS2, FECH, GATA1

Enkelt gen analyse

ALAS2-gen;DNA

CPOX-gen;DNA

FECH-gen;DNA

HMBS-gen;DNA

PPOX-gen;DNA

UROD-gen;DNA

UROS-gen;DNA

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

PPOX-gen;DNA

Sygdomme

Variegat porfyri, VP

Protoporfyrinogen IX-oxydase-mangel

Porfyri

Gen/Region

PPOX / 1q22

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU38596

NKN, Nationale kortnavn

PPOX-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

rsa 15q11.2q13;DNA

PWS

Beskrivelse

Hos ca. 98 % af patienter med PWS findes mikrodeletion eller unipatental disomi. MLPA metoden detekterer begge. De sidste ca. 2 % af patienter med PWS kan ikke påvises molekylærgenetisk. PWS mikrodeletion kan også ses ved kromosom mikroarray, hvis den kliniske diagnose er mindre sikker.

Gen/Region

15q11.2-q13

Analysemetode

MLPA inkl methyleringsanalyse, kromosom mikroarray

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

Genomsekventering

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Analysen kan kun rekvireres efter forudgående (telefonisk) MDT aftale med Klinisk Genetisk Afdeling.

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter.

Analysen kan medføre efterfølgende familieundersøgelser.

Indikationer

Indikationer for genom analysen er typisk graviditeter med multiple misdannelser eller misdannelser hvor monogenetisk årsag vurderes tilstrækkelig sandsynlig. Analysen kan kun rekvireres efter forudgående (telefonisk) MDT aftale med Klinisk Genetisk Afdeling, hvor der drøftes de pågældende misdannelser og forventet genetisk baggrund, gestationsalder, forventet svartid samt evt. anden forudgående udredning.

Genom analyse kan også udføres ved dødt foster/barn (intrauterin/perinatal død eller pga. spontan eller provokeret abort), hvor der er påvist misdannelse/anomali, eller er mistanke om genetisk betinget sygdom.

Indikationerne for genomsekventering følger nyeste version af DFMS guideline; Anvendelse af exom-sekventering (WES) og helgenom-sekventering (WGS) i prænatal diagnostik (https://www.dfms.dk/guidelines).

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om ultralydsfund under graviditeten samt evt. sygdom hos den gravide eller barnefar er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres på rekvisitionen i feltet ”Kliniske oplysninger”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret.

Synonymer, undertyper, (gener)

Cowden syndrom 1 (PTEN)

Lhermitte-Duclos syndrome

Multiple hamartoma syndrome

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Systemisk sygdom med involvering af mange organsystemer, dysmorfe træk, makrocefali, endokrine påvirkning i flere akser, mental retardering, neurologiske symptomer, påvirkning af immunsystemet, tendens til polyp og hamatomdannelse, øget risiko for cancer i en række organer. Fænotypen er meget variabel.

Gen/Region

PTEN / 10q23.31

Analyse

PTEN-gen;DNA

Panel

Arvelig colorectal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Analysemetode

NGS, evt. MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

TS

Beskrivelse

Temple syndrom, TS er karakteriseret ved præ- og postnatal vækstretardering, hypotoni, hypermobilitet, forsinket motorisk udvikling, forsinket tale og/eller intellektuelt handikap, tidlig pubertet og overvægt. Temple syndrom er en differentialdiagnose til Prader Willi Syndrom og Silver Russel Syndrom.

Temple syndrom forårsages af UPD14 mat (maternel uniparental disomi af kromsom 14), allelspecifik imprintingdefekt eller allelspecifik mikrodeletion.

Gen/Region

14q32

Analysemetode

MLPA inkl. methyleringsanalyse

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Benign familiær hæmaturi

Beskrivelse

Sædvanligvis non-progredierende, autosomal dominant arvelig mikroskopisk hæmaturi. Mutation i samme gener i homozygot eller compound heterozygot form medfører autosomal recessiv arvelig Alport syndrom (se denne).

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Panel

COL4A3, COL4A4

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

UPD

Uniparental disomi, kromosom 7

Uniparental disomi, kromosom 14

Uniparental disomi, kromosom 15

Beskrivelse

Uniparental disomi for nogle kromosomer er kendt sygdomsfremkaldende. Der undersøges for et af følgende:

• UPD 7 - associeret med  Silver Russel syndrom.
• UPD 14 - associeret med maternel UPD 14 (Temple syndrom) henholdsvis paternal UPD 14.
• UPD 15 - associeret med Prader Willi syndrom henholdsvis Angelman syndrom.

Ved undersøgelse for uniparental disomi undersøges for nedarvningsmønster af udvalgte kromosomer: 7, 14 eller 15 afhængig af indikationen.

Gen/Region

Udvalgte områder på kromosomerne 7, 14 eller 15

Analysemetode

Fragmentanalyse

Prøvemateriale

DNA

NPU-ID

NPU57579 (UPD7)

NPU57580 (UPD14)

NPU57581 (UPD15)

NKN, Nationale kortnavn

Kromosom 7 UPD;Krom

Kromosom 14 UPD;Krom

Kromosom 15 UPD;Krom

EQA

Der deltages ikke i eksterne kvalitetssikringsprogrammer. Der er interne kontroller i hver analyse, da barn og forældre sammenlignes

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

UROD-gen;DNA

Sygdomme

Porphyria cutanea tarda, PCT

Porfyri

Gen/Region

UROD / 1p34

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU19238

NKN, Nationale kortnavn

UROD-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer

UROS-gen;DNA

Sygdomme

Kongenit erytropoietisk porfyri

Uroporfyrinogen III-syntase-mangel

Porfyri

Gen/Region

UROS / 10q26.1-26.2

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

NPU ID

NPU19206

NKN, Nationale kortnavn

UROS-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

DS/EN ISO 15189

Synonymer, undertyper, (gener)

Epiphyseal dysplasia, multiple, with early-onset diabetes mellitus

MED-IDDM syndrome

WRS, Wolcott-Rallison syndrome

Beskrivelse

Wolcott-Rallison syndrom (WRS) er en sjælden autosomal recessiv lidelse karakteriseret ved kombination af ​​permanent neonatal- og tidlig barndoms insulinkrævende diabetes, multipel epifysedysplasi og væksthæmning samt andre variable multisystemisk kliniske manifestationer.

Gen/Region

EIF2AK3 / 2p11.2

Panel

EIF2AK3-gen;DNA

Analysemetode

NGS, Sanger sekventering

Prøvemateriale

DNA

Akkreditering

DS/EN ISO 15189