Analyser

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19254

NKN, Nationale kortnavn

ABCC8-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

DS/EN ISO15189

Synonymer

ACVRL1-gen;DNA

ALK1

Sygdomme

HHT, Hereditær hæmorrhagisk telangiektasi, type 2

Gen/Region

ACVRL1 / 12q

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU30140

NKN, Nationale kortnavn

ACVRL1-gen;DNA

EQA

Der findes ingen kvalitetskontrolprogrammer på nuværende tidspunkt. Laboratoriet gennemfører udveksling af prøver med andre internationale laboratorier.

Akkreditering

Synonymer

AIP-gen;DNA

Hepatitis b virus x-associated protein 2; xap2, ara9

Sygdomme

Hypofyseadenom, familiær isoleret

Gen/Region

AIP / 11q13.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU28397

NKN, Nationale kortnavn

AIP-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Akut sygt barn

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres dato for ovenstående journalnotat i feltet ”Kliniske oplysninger”.

For forældre (ved trioanalyse):

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Varsling

Akut sygt barn genom skal altid aftales med/varsles til vagthavende læge på Klinisk Genetisk Afdeling.

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

ALAS2-gen;DNA

Sygdomme

X-bunden dominant protoporfyri

ALA-syntase-mangel

Porfyri

Gen/Region

ALAS2 / Xp11.21

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29901

NKN, Nationale kortnavn

NPU29901

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Hereditær nefropati med hørenedsættelse og øjenforandringer; X-bunden form (COL4A5)

Hereditær nefropati med hørenedsættelse og øjenforandringer; autosomale former (COL4A3, COL4A4)

Beskrivelse

Progredierende nefropati der sædvanligvis fører til kronisk nyresvigt før 30-års alderen og evt. ledsaget af perceptiv hørenedsættelse og øjenforandringer (lenticonus og retinopati). Den X-bundne form udgør ca. 85 % og de autosomale former ca. 15 %.

Heterozygote mutationer i de samme gener kan medføre tynd basalmembransygdom (se denne).

Alport syndrom med diffus leiomyomatosis ses ved deletion af de proksimale exons i COL4A5 samt exon 1 og 2 i COL4A6.

AMME-complex er et contigeous gene deletion syndrome, hvor der ud over Alport syndrom ses mental retardering, elliptocytosis, midtfacial hypoplasi og dysmorfe træk.

Der er to alternative metoder til undersøgelse af COL4A5: Next Generation Sequencing inklusiv copy-number analyse af DNA eller mRNA-analyse af dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi.

Fordelen ved undersøgelse af mRNA fra dyrkede fibroblaster er, at splice site mutationer i introns detekteres med større sandsynlighed. Manglende farvning for alfa5-kæden i type IV-kollagen i den epidermale basalmembran understøtter diagnosen Alport syndrom i X-bunden form. Der ses manglende ekspression hos 70-80 % med sygdommen.

Hvis der påvises deletioner i den proximale del af COL4A5, analyseres COL4A6 for deletioner. I øvrige tilfælde analyseres COL4A6 ikke.

Panel

COL4A3, COL4A4, COL4A5

Analysemetode

DNA, celler (kun fra hudbiopsi)

cDNA-analyse af COL4A5 mRNA fra dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

QF-PCR

Beskrivelse

Aneuploidiscreening er en hasteanalyse for antalsfejl af kromosomerne 13, 18, 21, X og Y. Analysen anvendes på prænatale prøver, ved mistanke om mola samt hos nyfødte ved mistanke om kromosomantalsfejl, fx trisomi 21.

Gen/Region

Udvalgte områder på kromosomerne 13, 18, 21, X og Y

Analysemetode

QF-PCR analyse

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

MLPA - inkl. methyleringsanalyse, kromosom mikroarray

Synonymer

rsa 15q11.2q13;DNA

Beskrivelse

Sygdommen er en såkaldt imprintning sygdom. Ca. 70 % har de novo mikrodeletion af det maternelle kromosom 15q11.2-q13. 3 % skyldes uniparental disomi af kromosom 15. 7 % skyldes en impritning defekt. Ca. 10 % har en mutation i UBE3A-genet. De sidste 10 % kan med nuværende viden ikke diagnosticeres molekylærgenetisk, dog er der påvist mutationer i MECP2-genet (Rett syndrom) hos nogle få patienter med klinisk AS. Den anvendte metode kan diagnosticere 80 % af patienterne med klinisk AS. Man kan evt. fortsætte med genundersøgelse af UBE3A genet. AS mikrodeletion kan også ses ved kromosom mikroarray, hvis den kliniske diagnose er mindre sikker.

Gen/Region

15q11.2-q13

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

APC-gen;DNA

Sygdomme

FAP1, familiær adenomatøs polyposis type 1

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

APC / 5q22.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19008

NKN, Nationale kortnavn

APC-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, evt. MLPA, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

Familiær colorectal cancer, CRC

Samlet betegnelser for de gener, som undersøges ved mistanke om familiær forekomst af colorectal cancer. Panelet er sammensat ud fra de nationale guidelines til genundersøgelsen.

Colorectal cancer, susceptibility to, 10, CRCS10 (POLD1)

Colorectal cancer, susceptibility to, 12, CRCS12 (POLE)

Familiær adenomatøs polypose type 1, FAP1 (APC)

Familiær adenomatøs polypose type 2, FAP2 (MUTYH)

Familiær adenomatøs polypose type 3, FAP3 (NTHL1)

Familiær adenomatøs polypose type 4, FAP4 (MSH3)

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 1, HMPS1 (GREM1)

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 2, HMPS2 (BMPR1A)

Juvenil polypose syndrom, JPS (BMPR1A, SMAD4)

Lynch syndrom (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Oligodontia-colorectal cancer syndrome (AXIN2)

Peutz-Jeghers syndrom (STK11)

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, Cowden syndrome 1, (PTEN)

Sessile serrated poly cancer syndrome (RNF43)

Beskrivelse

CRCS10: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polyp- og adenom dannelse i colon. Øget risiko for colorectal og endometriecancer.

CRCS12: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polyp- og adenom dannelse i colon. Øget risiko for colorectal og endometriecancer.

FAP1: Autosomal dominant arvelig sygdom. Man ser bl.a. tendens til at danne multiple adenomer i colon, tyndtarm og ventrikel. Der er øget risiko for udvikling til colorectal cancer.

FAP2 : Autosomal recessiv arvelig sygdom med tendens til at danne multiple adenomer og polypper i colon og rectum. Der er øget risiko for udvikling til colorectal cancer.

FAP3: Autosomal recessiv arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til colorectal adenomdannelse med øget risiko for colorectal cancer samt øget risiko for andre typer af maligne tumorer.

FAP4: Autosomal recessiv arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til gastrointestinal adenomdannelse med øget risiko for colorectal cancer samt øget risiko for andre typer af tumorer både benigne og maligne.

HMPS1: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polypdannelse i colon – adenomatøse, inflammatoriske, metaplastiske eller juvenile. Øget risiko for colorectal cancer.

HMPS2: Autosomal dominant arvelig sygdom. Tendens til polypdannelse i colon – adenomatøse, inflammatoriske, metaplastiske eller juvenile. Øget risiko for colorectal cancer.

JPS: Autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses bl.a. øget tendens til polypdannelse gastointestinalt inkl. hamatomatøse polypper. Øget risiko for udvikling af coloncancer.

Lynch syndrom: Der henvises til side vedrørende Lynch.

Oligodontia-colorectal cancer syndrome: Autosomal dominant arvelig sygdom bl.a. med tendens til at danne adenomer i colon, samt oligodenti. Der er øget risiko for udvikling af colorectal cancer.

Peutz-Jeghers syndrom: Der henvises til side vedrørende Peutz-Jeghers syndrom.

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome: Autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses bl.a. tendens til harmatomdannelse, øget risiko for flere cancerformer, endokrin påvirkning, makrocefali, der kan være dysmorfe træk, psykomotorisk udvikling samt en række andre symptomer. Der ses tendens til gastroinstestinal polypdannelse.

Sessile serrated polyposis cancer syndrome: Sjælden sygdom med multiple serrated polypper. Der er øget risiko for udvikling af colorectal cancer.

Panel

APC, AXIN2, BMPR1A, EPCAM, GREM1, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, RNF43, RPS20, SMAD4, SCG5, STK11

Analysemetode

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Hereditary Breast and ovarian cancer, HBOC

HBOC, breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 1; BROVCA1 (BRCA1)

HBOC, breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 2; BROVCA2 (BRCA2)

Beskrivelse

HBOC er en autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko og tendens til tidlig debut af særligt mamma- og ovariecancer hos kvinder.

Ved PALB2 ses øget risiko for mammacancer ved kvinder. Det er uafklaret om, der er øget risiko for ovariecancer eller andre cancerformer.

Panel

ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, PALB2, PTEN, STK11, TP53

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Et samlet panel til de mest relevante gener ved mistanke om arvelig ovariecancer, primært overfladederiveret (adenocarcinomer)

HBOC, Hereditary breast and ovarian cancer (BRCA1, BRCA2), arvelig mammacancer

Lynch syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, type 3, BROVCA3, (RAD51C)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4, (RAD51D)

Beskrivelse

Der henvises til de sygdomsspecifikke sider for HBOC og Lynch.

BROVCA3: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

BROVCA4: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

Panel

BRCA1, BRCA2, BRIP1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, RAD51C, RAD51D

Analysemetode

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Et samlet panel til udredning for både arvelig mammacancer og arvelig ovariecancer

HBOC, Hereditary breast and ovarian cancer (BRCA1, BRCA2), arvelig mammacancer

Lynch syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, type 3, BROVCA3, (RAD51C)

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4, (RAD51D)

Beskrivelse

Der henvises til de sygdomsspecifikke sider for HBOC, Lynch og arvelig ovariecancer.

BROVCA3: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

BROVCA4: autosomal dominant arvelig sygdom. Der ses øget risiko for ovariecancer og muligvis mamma cancer. Det er ukendt, om der er øget risiko for andre cancerformer, og penetransen er ligeledes ukendt.

Ved PALB2 ses øget risiko for mammacancer ved kvinder. Det er uafklaret, om der er øget risiko for ovariecancer eller andre cancerformer.

Panel

ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53

Analysemetode

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma Syndrome, FAMMM, (CDKN2A, CDK4)

Cutaneous Malignant Melanoma, CMM, (CDKN2A, CDK4)

Cutaneous Malignant Melanoma, susceptibility to, type 2, CMM2 (CDKN2A)

Cutaneous Malignant Melanoma,, susceptibility to, type 3 CMM3 (CDK4)

Familial Atypical Multiple Mole Melanoma-Pancreatic Carcinoma Syndrome, FAMMMPC (CDKN2A)

BAP1-tumor predisposition syndrome, BAP1-TPDS (BAP1)

Beskrivelse

FAMMM inkl. forskellige synonymer: Autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko for cutane maligne melanom og let øget risiko for andre cancerformer, primært i pancreas.

BAP1-TPDS: Der henvises til speciefik side om sygdommen.

Panel

ACD, BAP1, CDKN2A, CDK4, POT1, TERT, TERF2IP

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

AXIN2-gen;DNA

Sygdomme

Oligodontia-colorectal cancer syndrome

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

AXIN2 / 17q24.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29170

NKN, Nationale kortnavn

AXIN2-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

BAP1-gen;DNA

Sygdomme

BAP1-tumor predisposition syndrome

Arveligt malignt melanom

Gen/Region

BAP1-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU54030

NKN, Nationale kortnavn

BAP1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

BAP1-TPDS (BAP1)

Arveligt malign melanom

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Der er øget risiko for cancerudvikling i en række organsystemer med tendens til tidlig debut, primært cutane og uveale maligne melanomer, renalcelle carcinomer, mesotheliomer både pleurale og peritoneale samt basocellulære carcinomer.

Gen/Region

BAP1 / 3p21.1

Analyse

BAP1-gen;DNA

Panel

BAP1-gen;DNA, CDKN2A-gen;DNA, CDK4-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

BLK-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 11

Gen/Region

BLK / 8p23.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29955

NKN, Nationale kortnavn

BLK-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

BMPR1A-gen;DNA

Sygdomme

Juvenil polypose syndrom, JPS, juvenil intestinal polypose; Arvelig colorectal cancer/polypose

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 2, HMPS2; Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

BMPR1A / 10q23.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU30872

NKN, Nationale kortnavn

BMPR1A-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

BRCA1-gen;DNA

Sygdomme

HBOC

Hereditær mamma- og ovariecancer

Arvelig mammacancer

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

BRCA1 / 17q21.31

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19029

NKN, Nationale kortnavn

BRCA1-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

BRCA2-gen;DNA

Sygdomme

HBOC

Hereditær mamma- og ovariecancer

Arvelig mamma cancer

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

BRCA2 / 13q13.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19030

NKN, Nationale kortnavn

BRCA2-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

BRIP1-gen;DNA

Sygdomme

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

BRIP1 / 17q23.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29172

NKN, Nationale kortnavn

BRIP1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Cadherin 1, E-Cadherin

Sygdomme

HDGC, hereditary diffuse gastric cancer

Gen/Region

CDH1 / 16q22.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19035

NKN, Nationale kortnavn

CDH1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CDK4-gen;DNA

Sygdomme

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma syndrome FAMMM

Cutaneous Malignant Melanoma,, susceptibility to, type 3 CMM3

Arveligt malignt melanom

Gen/Region

CDK4 / 12q14.1

Analysemetode

Det er kun exon 2 der undersøges, idet der kun er rapporteret sygdomsdisponerende mutationer i denne region

Prøvemateriale

NPU ID

NPU28297

NKN, Nationale kortnavn

CDK4-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CDKN2A-gen;DNA

Sygdomme

Familial Atypical Mole-Malignant Melanoma syndrome, FAMMM

Familial Atypical Multiple Mole Melanoma-Pancreatic Carcinoma Syndrome, FAMMMPC

Cutaneous Malignant Melanoma, susceptibility to, type 2, CMM2

Arveligt malignt melanom

Gen/Region

CDKN2A / 9p21.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19037

NKN, Nationale kortnavn

CDKN2A-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CEL-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 8

Gen/Region

CEL / 9q34.2

Analysemetode

NGS, MLPA, Sanger sekventering, fragmentanalyse af exon 11 for variable number of tandem repeats, VNTR. For analyse af polymorfien c.1235C>T; p.Thr412Ile; rs62576769 foretages sanger sekventering, hvis polymorfien er tilstede ved NGS. Til analyse af rekombination mellem pseudogen og CEL foretages PCR med specifikke primere.

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29953

NKN, Nationale kortnavn

CEL-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

COL4A3-gen;DNA

Sygdomme

Alport syndrom, autosomal

Tynd basalmembransygdom

Gen/Region

COL4A3 / 2q36.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29896

NKN, Nationale kortnavn

COL4A3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

COL4A4-gen;DNA

Sygdomme

Alport syndrom, autosomal

Tynd basalmembransygdom

Gen/Region

COL4A4 / 2q36.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29897

NKN, Nationale kortnavn

COL4A4-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, MLPA, Sanger sekventering, cDNA analyse

Synonymer

COL4A5-gen;DNA

Sygdomme

Alport syndrom, X-bundent

Gen/Region

COL4A5 / Xq22.3

Analysemetode

Der er to alternative metoder til undersøgelse af COL4A5: Next Generation Sequencing inklusiv copy-
number analyse af DNA og mRNA-analyse af dyrkede fibroblaster fra hudbiopsi. Fordelen ved under-
søgelse af mRNA fra dyrkede fibroblaster er, at splice site mutationer i intron detekteres med større
sandsynlighed.

Prøvemateriale

DNA, RNA (fra frisk hudbiopsi eller fibroblastkultur)

NPU ID

NPU19047

NKN, Nationale kortnavn

COL4A5-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

CPOX-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær koproporfyri

Coproporfyrinogen III-oxidase-mangel

Porfyri

Gen/Region

CPOX / 3q12

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29903

NKN, Nationale kortnavn

CPOX-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

CTRC-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær pancreatitis

Gen/Region

CTRC / 1p36.21

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29947

NKN, Nationale kortnavn

CTRC-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Diabetes melllitus, insulin-resistant, med acanthosis nigricans (INSR)

Rabson-Mendenhall syndrome, pineal hyperplasmi, insulin resistent diabetes mellitus, and somatic abnormalities (INSR)

Mendenhall syndrome (INSR)

Donohue syndrome , Leprechaunism (INSR)

Beskrivelse

Mutation i INSR kan medføre dominant eller recessivt nedarvet insulinresistent diabetes mellitus med acanthosis nigricans, Leprechaunisme og Rabson–Mendenhalls syndrom. Samlet er de karakteriseret ved insulin resistens, acanthosis nigricans, virilisering samt ketoacidosis.

Gen/Region

INSR / 19p13.2

Analyse

INSR-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

EIF2AK3-gen;DNA

Sygdomme

Wolcott-Rallison syndrom

Multiple epifysial dysplasi og early onset diabetes mellitus

Gen/Region

EIF2AK3 / 2p11.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29956

NKN, Nationale kortnavn

EIF2AK3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

ENG-gen;DNA

Sygdomme

HHT, Hereditær hæmorrhagisk telangiektasi, type 1

Gen/Region

ENG / 9q34

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU32668

NKN, Nationale kortnavn

ENG-gen;DNA

EQA

Der findes ingen kvalitetskontrolprogrammer på nuværende tidspunkt. Laboratoriet gennemfører udveksling af prøver med andre internationale laboratorier.

Akkreditering

Synonymer

EPCAM-gen;DNA

Sygdomme

Lynch syndrom

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

EPCAM / 2p21

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29181

NKN, Nationale kortnavn

EPCAM-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

FECH-gen;DNA

Sygdomme

Erytropoietisk protoporfyri

Ferrochelatase-mangel

Porfyri

Gen/Region

FECH / 18q21.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29902

NKN, Nationale kortnavn

FECH-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

Sygdomme

Fragilt X

Gen/Region

FMR1 / Xq27.3

Analysemetode

Fragmentanalyse

Fragilt X analysen bestemmer længden på et CGG-repeat i den utranslaterede region 5´ for FMR1-genet med three-primer CGG-repeat primed PCR (Asuragen).

Mere end 99 % med fragilt X syndrom har forøget antal CGG-repeat (typisk >200) og der er således kun en meget lille del, som skyldes deletioner eller punktmutationer i FMR1-genet.

Repeatlængden kategoriseres som følgende:

For drenge: Normal: 1 allel 200 repeats
For piger: Normal: 2 alleler 200 repeats

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19079

NKN, Nationale kortnavn

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

FOXP3-gen;DNA

Sygdomme

Immuno-polyendokrinopati, IPEX

Gen/Region

FOXP3 / Xp11.23

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU28610

NKN, Nationale kortnavn

FOXP3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Fragilt X Syndrom

Beskrivelse

Skyldes primært ekspansion af en CGG-repeat-region i den utranslaterede del af exon 1 af FMR1 genet (>99 %). Afvigelser fra det normale repeat antal findes med meget stor sikkerhed. Arvegangen er X-bunden recessiv.

Gen/Region

FMR1 / Xq27.3

Analyse

FMR1-gen [Fragilt X];DNA

Analysemetode

Fragmentanalyse

Prøvemateriale

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

GCK-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 3

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 2

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

GCK / 7p13

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19234

NKN, Nationale kortnavn

GCK-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

Genomsekventering

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Ved Genom;DNA foregår selve laboratoriedelen på Klinisk Genetisk Afdeling, KGA. Langt de fleste postnatale genomer håndteres i dag laboratoriemæssigt i regi af Nationalt GenomCenter, og Genom;DNA på KGA er kun efter særlig aftale (forbeholdt patienter, hvor indikationen ikke er omfattet af NGC-udbuddet, og hvor der samtidig findes indikation for genomanalyse), ofte forudgået af vurdering/genetisk rådgivning på KGA

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-analyse, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig analyse af forældrenes data øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Genetiske fund kan ofte både have betydning for patienten selv og for andre familiemedlemmer.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres dato for ovenstående journalnotat i feltet ”Kliniske oplysninger”.

For forældre (ved trioanalyse):

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Region

Hele genomet

Analysemetode

Genomsekventering

Prøvemateriale

NPU-ID

NPU59043

NKN, Nationale kortnavn

Genom;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

GLIS3-gen;DNA

Sygdomme

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

GLIS3 / 9p24.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29900

NKN, Nationale kortnavn

GLIS3-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

GLUD1-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 6

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

GLUD1 / 10q23.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19235

NKN, Nationale kortnavn

GLUD1-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

GREM1-gen;DNA

Sygdomme

Hereditary mixed polyposis syndrome, type 1, HMPS1

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

GREM1 / 15q13.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU57115

NKN, Nationale kortnavn

GREM1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

HADH-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 4

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

HADH / 4q25

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29905

NKN, Nationale kortnavn

HADH-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

(CDH1)

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Øget risiko for diffus ventrikel cancer (signetrings adenocarcinom, linitis plastica). lobulær mamma cancer og colorectal cancer. Der kan ses læbe-ganespalte. Tendens til tidlig debut. Variabel fænotype.

Gen/Region

CDH1 / 16q22.1

Analyse

CDH1-gen;DNA

Panel

Genet rekvireres selvstændigt

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

HPC, HP, Kronisk Pancreatitis

Beskrivelse

Op til 80% af patienter med hereditær pancreatitis har mutationer i PRSS1. De fleste mutationer er lokaliseret i genets to trypsin regulatoriske områder. Tre mutationer er specielt hyppige og penetransen er afhængig af mutationen (43-93 %). Arvegangen er autosomal dominant.

Tre hyppige mutationer i SPINK1 (N34S, P55S og IVS3+TC) er associeret med hereditær pancreatitis, og kan i sjældne tilfælde være direkte årsag til udviklingen heraf. De anses dog for primært at øge risiko for udviklingen af pancreatitis med op til 23 %. Selvom der er rapporteret autosomal recessiv arvegang, og der for en enkelt mutation kan være autosomal dominant arvegang (c.27delC), er der for hovedparten også andre faktorer som fx miljø og andre genforandringer, der spiller ind i det fænotypiske udtryk. Mutationer i SPINK1 anses ofte som sygdomsmodificerende mutationer.

Adskillige mutationer i CTRC med loss of function og nogle potentielt patogene varianter er beskrevet. Som med mutationer i SPINK1 er en mutation ikke nødvendigvis nok til at udvikle sygdom, men kan i heterozygot form medføre en øget risiko for pancreatitis gennem interaktioner med mutationer i CFTR og SPINK1 eller miljøfaktorer. Selvom genforandringer i CTRC ikke er hyppige hos patienter med hereditær pankreatitis, tyder opgørelser på, at der hos bærere er 4-8 gange øget risiko for udvikling af pankreatitis.

Panel

CFTR, CTRC, PRSS1, SPINK1

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

NGS, MLPA, MS-MLPA for 6q24, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

Familial hyperinsulinism

FHI- KATP

HHF1 (ABCC8)

HHF2 (KCNJ11)

HHF3 (GCK)

HHF6 (GLUD1)

HHF4 (HADH)

HHF5 (INSR)

HHF7, (SLC16A1)

Andre former: (HNF1A), (HNF4A), (INS), (UCP2)

Beskrivelse

Kongenit hyperinsulinisme er karakteriseret ved forhøjet p-insulin, p-C-peptid og p-proinsulin niveau. Vedvarende hypoglycemi kan medfører neurologisk skade og evt. død. Oprindeligt blev det antaget, at sygdommen kun berørte nyfødte og børn. Ikke desto mindre er mange tilfælde observeret hos voksne af alle aldre. Sygdommen udvikles på baggrund af mutation i et af ovenstående gener, hvilket resulterer defekt i betacellens KATP kanaler, der regulerer insulin sekretion. Arvegangen kan være autosomal recessiv eller autosomal dominant.

Der medsendes forældreprøver ved børn.

Mutation i ABCC8 eller KCNJ11 genet medfører defekt i betacelle KATP kanalen, der regulerer insulin sekretion. Tilstanden nedarves primært ved autosomal recessiv arvegang.

Gain-of-function mutation i glucokinase genet GCK medfører øget aktivitet af glucokinase og FHH. Arvegangen er autosomal dominant. Loss-of-function mutation i GCK medfører modsat nedsat aktivitet af glucokinase og MODY2.

HADH mutationer er en relativt hyppigt forekommende årsag til diazoxid-responsive CHI med et frekvens, der svarer til GLUD1 og HNF4A mutationer. Det kan anbefales, at HADH sekvensanalyse overvejes hos alle patienter med diazoxid-responsiv CHI, når recessiv arv mistænkes. Sjældne tilfælde af autosomal recessiv nedarvet HADH mutationer kan medføre defekt mitochondriel fedt syre β-oxidation (FAO). Disse patienter er karakteriseret ved et bredt spekter af symptomer, herunder hepatisk encefalopati førende til leversvigt, kardiomyopati, skelet myopati og vuggedød.

Dominant nedarvet mutation i INSR kan medføre postprandial hyperinsulinisme samt insulinresistent diabetes mellitus med acanthosis nigricans, Leprechaunisme og Rabson–Mendenhalls syndrom. Samlet er de karakteriseret ved insulin resistens, acanthosis nigricans, virilisering samt ketoacidosis, hypoglycæmi samt hyperinsulinæmi.

Gain-of-function mutation i GLUD1, der koder for mitochondrie enzymet glutamat dehydrogenase (GDH) kan medføre medfødt hyperinsulinæmi med høj koncentration af p- ammonium-ion. Tilstanden har autosomal dominant arvegang.

Gain-of function mutationer i SLC16A1 kan forårsage træningsudløst hyperinsulinisme (EIHI), en dominant nedarvet tilstand karakteriseret ved en uhensigtsmæssig insulinsekretion under anaerob træning eller pyruvat belastning, der medfører hypoglycæmi Missens mutationer i SLC16A1 - kan endvidere give erythrocyte lactate transporter defect, der ligeledes nedarves dominant.

Lille panel

ABCC8, KCNJ11, GCK, GLUD1

Stort panel

ABCC8, KCNJ11, GCK, HADH, INSR, GLUD1, SLC16A1, HNF4A, HNF1A, INS, UCP2

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Mb. Osler

HHT type 1 (ENG)

HHT type 2 (ACVRL1)

HHT type 3 (SMAD4)

CM-AVM type 1 (RASA1)

CM-AVM type 2 (EPHB4)

HHT like (GDF2)

Beskrivelse

HHT nedarves autosomal dominant og skyldes patogen variant i enten ACVRL1 genet (ALK1) (~40%), ENG genet (~42%) eller SMAD4 genet (~2-3%). Anvendte metoder identificerer patogen variant hos over 90% af personer med klinisk HHT.

Udover de tre klassiske HHT gener indeholder HHT panelet også gener for oplagte differentialdiagnoser; RASA1 og EPHB4 generne samt GDF2 genet, som medfører hhv. capillary malformation-arteriovenous malformation type 1, capillary malformation-arteriovenous malformation type 2 samt et HHT lignende syndrom (HHT type 5). GDF2 genet kaldtes tidligere BMP9.

Panel

ACVRL1, ENG, EPHB4, GDF2, RASA1, SMAD4

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

HMBS-gen;DNA

Sygdomme

Akut intermitterende porfyri, AIP

Porphobilinogen deaminase-mangel

Porfyri

Gen/Region

HMBS / 11q23.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU34026

NKN, Nationale kortnavn

HMBS-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

HNF1-alpha

HNF1A-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 3

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

HNF1A / 12q24.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19237

NKN, Nationale kortnavn

HNF1A-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

HNF1-beta

HNF1B-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young ,Type 5

Renal Cysts And Diabetes Syndrome; RCAD

Gen/Region

HNF1B / 17q12

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29950

NKN, Nationale kortnavn

HNF1B-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

HNF4-alpha

HNF4A-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 1

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

HNF4A / 20q12-q13.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19253

NKN, Nationale kortnavn

HNF4A-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Hypofosfatemia, x-bundet; xlh, vitamin D-resistent rakitis, x-bundet (PHEX)

Beskrivelse

X-bundet dominant hypofosfatæmisk rakitis er karakteriseret ved udvikling af knogledeformitet med buede lange rørknogler, kort statur, tandgener heruden tandrodsabcesser og nedsat reabsorption af fosfor fra nyrerne, lavt calcium og forøget alkalisk fosfatase aktivitet. Der ses variabel ekspressivitet.

Gen/Region

PHEX / Xp22.11

Analyse

PHEX-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Cushing disease, pituitary

Somatotropinoma, familial isolated; FIS

Isolated familial somatotropinoma; IFS

Acromegaly due to pituitary adenoma 1

Prolactinoma, familial

Beskrivelse

AIP mutation disponerer til Familiær isoleret hypofyse adenom (FIPA). Således er AIP mutation blevet påvist ved prolactinom og acromegaly. Tumorer kan ligeledes være ACTH secernerende og medfører Cushings sygdom. Det anslås at 15 % af patienter med FIPA, har mutation i AIP. Funktionel evaluering af AIP mutationer viser, at AIP fungerer som en tumor suppressor.

Gen/Region

AIP / 11q13.2

Analyse

AIP-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Steroid Sulfatase Deficiency

Beskrivelse

Hudsygdom hvor huden minder om fiskeskæl. Der testes udelukkende for den X-bunden recessive form. 80-90 % af disse opstår på baggrund af deletioner i STS-genet.

Gen/Region

STS / Xp22.3

Analyse

STS-gen;DNA

Analysemetode

Kromosom mikroarray. Der foretages ikke sekventering af genet

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Immuno-polyendokrinopati, Immunodysregulering, polyendokrinopati, og enteropati, X-bunden; IPEX

X-bundet autoimmunitet-allergisk dysregulerings syndrom; XLAAD

IDDM-sekretorisk diarre syndrom; DMSD

Diarre, polyendokrinopati, fatal infektions syndrom, x-bundet

Enteropati, autoimmun, med hemolytisk anemi og polyendokrinopati

Beskrivelse

IPEX er en X-bunden recessiv immunologisk lidelse, der er karakteriseret ved enteropati og svær diarré, type 1 diabetes mellitus og dermatitis. Øvrige symptomer omfatter hypothyroidisme, autoimmun hæmolytisk anæmi, trombocytopeni, lymfadenopati, hepatitis og nefritis. IPEX kan være dødelig før 2 år, med mindre der indsættes intensiv behandling.

Gen/Region

FOXP3 / Xp11.23

Analyse

FOXP3-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

INS-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 10

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

INS / 11p15.5

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29946

NKN, Nationale kortnavn

INS-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

INSR-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 5

Diabetes melllitus, insulin-resistent

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Diabetes melllitus, insulin-resistent, med acanthosis nigricans

Rabson-Mendenhall syndrome (pineal hyperplasmi, insulin resistent diabetes mellitus,
and somatic abnormalities)

Mendenhall syndrome

Donohue syndrome (Leprechaunism)

Gen/Region

INSR / 19p13.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29899

NKN, Nationale kortnavn

INSR-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

MLPA inkl. methyleringsanalyse

Synonymer

KOS

Beskrivelse

Kagami-Ogata syndrom, KOS er et sjældent syndrom karakteriseret ved lille klokkeformet smalt thorax og ”coathanger-ribs”. Der kan ses andre misdannelser som f.eks. bugvægsdefekt og hjertemisdannelse. Der ses ofte forsinket motorisk udvikling og forsinket tale. Nogle patienter har let intellektuelt handikap, mens andre har normalt intellekt.

Kagami-Ogata syndrom forårsages af UPD14pat (paternel uniparental disomi af kromsom 14), allelspecifik imprintingdefekt eller allelspecifik mikrodeletion.

Gen/Region

14q32

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

Synonymer

KCNJ11-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi, Type 2.

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 13

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

KCNJ11 / 11p15.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19256

NKN, Nationale kortnavn

KCNJ11-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

KLF11-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 7

Gen/Region

KLF11 / 2p25

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29952

NKN, Nationale kortnavn

KLF11-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

Array

Beskrivelse

Kromosom mikroarray er en metode, der undersøger hele genomet for kvantitative kromosomale ændringer, deletioner og duplikationer af en vis størrelse. Metoden benyttes også til kendte mikrodeletions- og mikroduplikationssyndromer, som tidligere blev påvist med andre metoder. Kromosom mikroarray-metoden kan ud over kvantitative ændringer give informationer om tab af heterozygositet (”loss of heterozygosity, LOH” eller ”region of homozygosity, ROH”), som er relevant ved konsanguinitet og uniparental disomi. Metoden giver endvidere information om mosaikker af kvantitative ændringer over 20-30 %. En god klinisk beskrivelse er nødvendig ved rekvirering af kromosom mikroarray.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Region

Helgenomsanalyse

Analysemetode

Kromosommikroarray

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

Kromosomanalyse, celledyrkning, FISH

Synonymer

Ingen

Beskrivelse

Kromosomanalyse udføres på dyrkede celler. Den anvendes ved mistanke om antalsfejl eller ved mistanke om strukturelle kromosomanomalier fx ved translokation i familien eller hyppige aborter.

Gen/Region

Screening af hele genomet på kromosomniveau

Analysemetode

Prøvemateriale

Celler

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA og CAP

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

LFS, (TP53)

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom med øget risiko for udvikling af cancer i flere organsystemer med tendens til tidlig debut. Der er meget variabel fænotype.

Gen/Region

TP53 / 17p13.1

Analyse

TP53-gen;DNA

Panel

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Analysemetoder

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

HNPCC, Hereditary non-polyposis colorectal cancer

Beskrivelse

Lynch syndrom arves autosomal dominant og skyldes genforandringer i MMR generne MLH1, MSH2, MSH6 og PMS2 eller i EPCAM genet opstrøms for MSH2. Der er tendens til polypdannelse colorectalt og colorectal cancer samt øget risiko for cancerudvikling i flere andre organer.

Panel

EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2

Analysemetode

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen: MLPA af PMS2 for pseudogen

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

MLH1-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

MLH1 / 3p22.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19220

NKN, Nationale kortnavn

MLH1-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Mason-type diabetes

MODY1 (HNF4A)

MODY2 (GCK)

MODY3 (HNF1A)

MODY4 (PDX1)

MODY5 (HNF1B)

MODY6 (NEUROD1)

MODY7 (KLF11)

MODY8 (CEL)

MODY9 (PAX4)

MODY10 (INS)

MODY11 (BLK)

MODY12 (ABCC8)

MODY13 (KCNJ11)

Beskrivelse

Maturity-Onset Diabetes of the Young, MODY er en dominant nedarvet monogen diabetes type, der kan forårsages af mutation i et af en række gener. MODY diagnosticeres oftest sent i barndommen eller i ungdommen, men er også set, at kunne udvikles i midaldrende voksne. MODY patienter misklassificeres ofte som værende type 1 elle 2 diabetikere. MODY har negativ GAD-antistof og normal/lav p-c-peptid.

Diagnosticering af MODY kan bidrage til en bedre behandling samt rådgivning og evt. behandling af familiemedlemmer. Således kan insulinbehandling i visse tilfælde, ændres til tablet behandling.

Ca. 80 % af MODY tilfældene forårsages af mutationer i HNF4A, GCK eller HNF1A. Det er ofte vanskeligt at adskille de enkelte arvelige MODY type baseret på den kliniske præsentation. Nedenfor anføres særlige karakteristik for enkelte af generne.

Mutation i GCK kan medføre hyperglycemi, men sjældent regelret diabetes og kræver sjældent medicinsk behandling.

Mutation i PDX1 er associeret med pancreatisk agensis i homozygote og i enkelte tilfælde ved heterozygote individer.

Mutationer i HNF1B genet fører til Diabetes Mellitus (DM) MODY 5. Andelen af HNF1B genmutationer blandt MODY patienter anslås til cirka 3 %. Mutation kan føre til alvorligere fænotype med eventuelle associerede manifestationer såsom retinopati, misdannelse af kønsorganerne, renal hypodysplasi og hyperrekkogene nyre.

Mutation i KCNJ11 kan udover permanent neonatal diabetes mellitus (PNDM) føre til Diabetes Mellitus (DM) MODY13, der opstår i ung alder med primær insulinsekretionsdefekt og normal insulinfølsomhed.

Ved den anvendte analysemetode er sensitiviteten ~99 %.

Lille panel

GCK, HNF1A, HNF1B, HNF4A, PDX1

Stort panel

ABCC8, BLK, CEL, GCK, HNF1A, HNF1B, HNF4A, INS, KCNJ11, KLF11, NEUROD1, PAX4, PDX1

Analysemetode

Supplerende metoder, der som standard udføres ved analysen:

CEL:
- Fragmentanalyse for Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) i exon 11
- Undersøgelse for rearrangement

Prøvemateriale

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

MSH2-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

MSH2 / 2p21-p16

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19219

NKN, Nationale kortnavn

MSH2-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

MSH3-gen;DNA

Sygdomme

Familiær adenomatøs polypose type 4, FAP4

Arvelig colorectal cancer/ polypose

Gen/Region

MSH3 / 5q14.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29193

NKN, Nationale kortnavn

MSH3-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

MSH6-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

MSH6 / 2p16.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19271

NKN, Nationale kortnavn

MSH6-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

MUTYH-gen;DNA

Sygdomme

FAP2, familiær adenomatøs polyposis type 2

Multiple colorectal adenomas

Arvelig colorectal cancer / polypose

Gen/Region

MUTYH / 1q34.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU37138

NKN, Nationale kortnavn

MUTYH-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, MLPA, MS-MLPA for 6q24, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

PNDM: Persisterende neonatal diabetes mellitus

TNDM: Transient neonatal diabetes mellitus

Diabetes mellitus, permanent, of infancy; PDMI

Beskrivelse

Insulinkrævende hyperglykæmi inden for de første 3 levemåneder. Arvegangen er autosomal dominant.

Lille panel

ABCC8, GCK, GLIS3, KCNJ11, PDX1

Stort panel

ABCC8, EIF2AK3, FOXP3, GATA4, GATA6, GCK, GLIS3, GLUD1, HADH, HNF1A, HNF1B, HNF4A, IER3IP1, INS, INSR, KCNJ11, MNX1, NEUROD1, NEUROG3, NKX2-2, PAX6, PDX1, PTF1A, RFX6 SLC16A1, SLC19A2, SLC2A2, WFS1

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

NEUROD1-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 6

Gen/Region

NEUROD1 / 2q32

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29951

NKN, Nationale kortnavn

NEUROD1-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

NGC arvelig hjertesygdom

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC arvelig hjertesygdom analyseres flere genpaneler dækkende de arvelige hjertesygdomme, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik´s (DSMG) specialistnetværk KardioGENet, eller svarende til HealthinCode kardiologiske paneler (priority og secondary genes).

Genpanel analyse vil være den primære tilgang.

Ved analysen kan man dog nogle gange vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme familie samtidigt. Det kan eksempelvis være aktuelt, hvis der er flere i familien med samme fænotype. Genomsekventering af forældrene/slægtninge er ikke et krav for, at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Thorakal aortasygdom

DI710: Aortadissektion uden specifikation
DI711: Rumperet thorakalt aortaaneurisme
DI712: Thorakalt aortaaneurisme uden ruptur
DI715: Rumperet thorakoabdominalt aortaaneurisme
DI716: Thorakoabdominalt aortaaneurisme uden ruptur

Hypertrofisk kardiomyopati (HCM)

DI421: Hypertrofisk obstruktiv kardiomyopati
DI422: Hypertrofisk non-obstruktiv kardiomyopati

Langt QT Syndrom (LQTS)

Autosomal dominant (Romano-Ward)
Autosomal recessiv (Jervell og Lange Nielsen)

Katekolaminerg polymorf ventrikulær takykardi (CPVT)

Dilateret kardiomyopati (DCM)

Arytmogen kardiomyopati (AC)

Arytmogen højre ventrikel kardiomyopati (ARVC) (desmosom gener og TMEM43)
Arytmogen kardiomyopati forårsaget af andre gen varianter (LMNA, RBM20, FLNC, TTN og evt. andre gener)

Brugada Syndrom (BrS)

DI47.2M Brugada Syndrom
DI47.2LA Brugada-mønster type 1

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato, hvor prøven rekvireres (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For bestilling af analyse af flere i samme familie

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data også i feltet ”Kliniske oplysninger”, f.eks. ”mor til probands navn og CPR”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Kardiomyopati standard panel - national v1.1 (61 gener):

ABCC9, ACAD9, ACTC1, ACTN2, AGK, ALMS1, ALPK3, BAG3, CDH2, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FHL1, FHOD3, FKTN, FLNC, FXN, GLA, GAA, JPH2, JUP, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYPN, NEXN, NKX2-5, PKP2, PLN, PPA2, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RBM20, RYR2, SCN5A, SGCD, SLC22A5, SLC25A4, TAFAZZIN, TCAP, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTN, TTR, VCL

*TTN exon 176-197 (NM_001267550.2) er multimapped region og derfor ikke egnet til at detektere varianter.

Arytmi standard panel v3 (53 gener):

ABCC9, AKAP9, ANK2, CACNA1C, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CDH2, CTNNA3, DES, DSC2, DSG2, DSP, FLNC, GPD1L, HCN4, JUP, KCND3, KCNE1, KCNE2, KCNE3, KCNE5, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, LMNA, NKX2-5, PKP2, PLN, RANGRF, RBM20, RYR2, SCN10A, SCN1B, SCN2B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SLC22A5, SLMAP, SNTA1, TECRL, TGFB3, TMEM43, TRDN, TRPM4, TTN

Aortopati standard panel v1 (32 gener):

ACTA2, BGN, CBS, COL3A1, COL5A1, COL5A2, EFEMP2, ELN, FBLN5, FBN1, FBN2, FKBP14, FLNA, FOXE3, IPO8, LOX, MFAP5, MYH11, MYLK, NOTCH1, PLOD1, PRKG1, SKI, SLC2A10, SMAD2, SMAD3, SMAD4, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2, THSD4

Kardiomyopati og Arytmi udvidet panel v2 (315 gener):

AARS2, ABCC9, ACAD9, ACADVL, ACTA1, ACTC1, ACTN2, AGK, AGL, AKAP9, ALMS1, ALPK3, ANK2, ANKRD1, ANO5, ARSB, ATAD3A, ATP5F1D, ATPAF2, BAG3, BRAF, CACNA1C, CACNA1D, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CAVIN4, CBL, CDH2, CHRM2, COA5, COA6, COX10, COX14, COX15, COX20, COX6B1, COX7B, CPT2, CRYAB, CSRP3, CTF1, CTNNA3, DES, DMD, DNAJC19, DOLK, DSC2, DSG2, DSP, DTNA, ELAC2, EMD, EPG5, ETFA, ETFB, ETFDH, EYA4, FAH, FASTKD2, FHL1, FHL2, FHOD3, FKRP, FKTN, FLII, FLNC, FNIP1, FOXD4, FOXRED1, FXN, GATA4, GATA5, GATA6, GATAD1, GBE1, GFM1, GJA5, GLA, GLB1, GNB5, GPD1L, GSN, GUSB, GYG1, GAA, HADHA, HADHB, HAMP, HCN4, HGSNAT, HJV, HRAS, IDH2, IDS, IDUA, ILK, JPH2, JUP, KCNA5, KCND2, KCND3, KCNE1, KCNE2, KCNE3, KCNE5, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, KLF10, KLHL24, KRAS, LAMA2, LAMA4, LAMP2, LDB3, LMNA, LMOD2, LRPPRC, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MIB1, MLYCD, MMACHC, MMUT, MRAS, MRPL3, MRPL44, MT-ATP6, MT-ATP8, MT-CO1, MT-CO2, MT-CO3, MT-CYB, MT-ND1, MT-ND2, MT-ND3, MT-ND4, MT-ND4L, MT-ND5, MT-ND6, MTO1, MT-RNR1, MT-RNR2, MT-TA, MT-TC, MT-TD, MT-TE, MT-TF, MT-TG, MT-TH, MT-TI, MT-TK, MT-TL1, MT-TL2, MT-TM, MT-TN, MT-TP, MT-TQ, MT-TR, MT-TS1, MT-TS2, MT-TT, MT-TV, MT-TW, MT-TY, MYBPC3, MYBPHL, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYL4, MYLK2, MYLK3, MYOM1, MYOT, MYOZ2, MYPN, NAGLU, NDUFA1, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA2, NDUFA4, NDUFAF1, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFB11, NDUFB3, NDUFB8, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, NEBL, NEXN, NF1, NKX2-5, NONO, NOS1AP, NPPA, NRAP, NRAS, NUBPL, NAA15, OBSCN, PCCA, PCCB, PDLIM3, PET100, PKP2, PLD1, PLEKHM2, PLN, PMM2, PNPLA2, PPA2, PPCS, PPP1CB, PPP1R13L, PRDM16, PRKAG2, PSEN1, PSEN2, PTPN11, QRSL1, RAF1, RANGRF, RASA2, RBM20, RHBDF1, RIT1, RNF220, RPL3L, RRAGD, RRAS, RYR2, SCN10A, SCN1B, SCN2B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SCO1, SCO2, SDHA, SDHAF1, SDHD, SGCB, SGCD, SGCG, SGSH, SHMT2, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A3, SLC25A4, SLC30A5, SLC40A1, SLC4A3, SLC6A6, SLMAP, SNTA1, SOS1, SOS2, SPEG, SPRED1, SPRED2, SURF1, TAB2, TAFAZZIN, TANGO2, TBX20, TBX5, TCAP, TECRL, TFR2, TGFB3, TMEM126B, TMEM43, TMEM70, TMPO, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TOR1AIP1, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TSFM, TTN, TTR, TXNRD2, UQCC2, VCL, XK, ZBTB17

*TTN exon 176-197 (NM_001267550.2) er multimapped region og derfor ikke egnet til at detektere varianter.

Aortopati udvidet panel v1 (71 gener):

ABCC6, ABL1, ACTA2, ADAMTS2, ADAMTSL4, ALDH18A1, ARIH1, ATP6V0A2, ATP7A, B3GAT3, B4GALT7, BGN, C1R, C1S, CBS, CHST14, COL11A2, COL12A1, COL1A1, COL1A2, COL2A1, COL3A1, COL4A1, COL4A5, COL5A1, COL5A2, COL6A1, COL6A2, COL6A3, DSE, EFEMP2, ELN, FBLN5, FBN1, FBN2, FKBP14, FLNA, FOXE3, GATA5, HCN4, IPO8, LOX, LTBP3, MAT2A, MED12, MFAP5, MYH11, MYLK, NOTCH1, PIEZO2, PKD1, PKD2, PLOD1, PLOD3, PRDM5, PRKG1, SKI, SLC2A10, SLC39A13, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMAD6, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2, THSD4, TNXB, ZDHHC9, ZNF469

*TNXB exon 32-44 (NM_019105.8) er multimapped region og derfor ikke egnet til at detektere varianter.

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

Arvelig hæmatologisk sygdom

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Denne analyse dækker de to underindikationer ”maligne arvelige hæmatologiske sygdomme” og ”uafklaret cytopeni (børn og unge 0-17 år)” i patientgruppen ”arvelig hæmatologisk sygdom” under Nationalt Genom Center, NGC.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Maligne arvelige hæmatologiske sygdomme og børn og unge (0-17 år) med uafklaret cytopeni

a. Myeloid neoplasi med germline prædisposition:

uden en præ-eksisterende sygdom eller organdysfunktion.
præ-eksisterende trombocytopeni.
associeret med anden organdysfunktion.
associeret med arvelig knoglemarvssvigt og telomersygdomme.

b. Børn og voksne før 50 års alderen med uforklaret, vedvarende cytopeni, inklusiv monocytopeni, aplastisk anæmi og knoglemarvssvigt.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Arvelig malign hæmatologisk sygdom standard panel v1 (120 gener):

ACD, ADA2, AK2, ANKRD26, ATM, BLM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CBL, CEBPA, CSF3R, CTC1, CXCR4, CYCS, DDX41, DKC1, DNAJC21, DOCK8, EFL1, ELANE, EPCAM, ERCC4, ERCC6L2, ETV6, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FYB1, G6PC3, GATA1, GATA2, GBA, GFI1, HAX1, IKZF1, ITK, JAGN1, KLF1, KRAS, LIG4, MAD2L2, MBD4, MECOM, MLH1, MPL, MSH2, MSH6, MYSM1, NAF1, NBN, NF1, NHP2, NOP10, PALB2, PARN, PAX5, PMS2, POT1, PRF1, PTPN11, RAD51C, RFWD3, RMRP, RPA1, RPL11, RPL15, RPL23, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL36, RPL5, RPS10, RPS15, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS27, RPS27A, RPS28, RPS29, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SH2D1A, SLX4, SRC, SRP54, SRP72, STAT3, STN1, TAFAZZIN, TERC, TERT, THPO, TINF2, TOP3A, TP53, UBE2T, USB1, VPS45, WAS, WIPF1, WRAP53, XRCC2, ZCCHC8.

Arvelig malign hæmatologisk sygdom udvidet panel v1 (165 gener):

ACD, ADA2, AK2, ALAS2, ANKRD26, AP3B1, ATM, ATR, BLM, BLOC1S3, BLOC1S6, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CBL, CDAN1, CDIN1, CEBPA, CLPB, CSF2RA, CSF3R, CTC1, CXCR4, CYCS, DDX41, DKC1, DNAJC21, DNASE2, DOCK8, DTNBP1, EFL1, ELANE, EPCAM, ERCC4, ERCC6L2, ETV6, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FYB1, G6PC3, GATA1, GATA2, GBA, GFI1, GINS1, HAX1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HRAS, IFNGR2, IKZF1, ITK, JAGN1, KCNN4, KLF1, KRAS, LAMTOR2, LIG4, LYST, MAD2L2, MAP2K1, MAP2K2, MBD4, MECOM, MLH1, MPIG6B, MPL, MRTFA, MSH2, MSH6, MYH9, MYSM1, NAF1, NBN, NF1, NHP2, NOP10, NRAS, OBFC1, PALB2, PARN, PAX5, PGM3, PMS2, POT1, PRF1, PTPN11, RAB27A, RAC2, RAD51C, RFWD3, RIT1, RMRP, RPA1, RPL11, RPL15, RPL23, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL36, RPL5, RPS10, RPS15, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS27, RPS27A, RPS28, RPS29, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SH2D1A, SLC19A2, SLC25A38, SLC37A4, SLX4, SMARCD2, SOS1, SRC, SRP54, SRP72, STAT3, STN1, STX11, STXBP2, TAFAZZIN, TBXAS1, TERC, TERT, THPO, TINF2, TOP3A, TP53, UBE2T, UNC13D, USB1, VPS13B, VPS45, WAS, WDR1, WIPF1, WRAP53, XRCC2, ZCCHC8.

Analysemetode

Genomsekventering, NGC

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Audiogenetik

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC audiogenetik analyseres genpaneler dækkende de to indikationer, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik (DSMG)s specialistnetværk AudioGENet.

Genpanel analyse vil være den primære tilgang.

Ved analysen kan man i udvalgte tilfælde vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme familie samtidigt. Det kan eksempelvis være aktuelt, hvis der er flere i familien med samme fænotype. Genomsekventering af forældrene/slægtninge er ikke et krav for, at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Mistanke om non-syndromisk hørenedsættelse
Mistanke om syndromisk hørenedsættelse

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres enten i feltet ”Kliniske oplysninger” ved rekvirering eller i journalnotat, og hvor der henvises til dato for dette notat ved rekvisition af analysen.

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat.
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Nonsyndromalt høretab v1 (172 gener):

ACTG1, ADCY1, ADGRV1, AIFM1, ALMS1, ARSG, ATP2B2, ATP6V0A4, ATP6V1B1, BDP1, BSND, CABP2, CACNA1D, CCDC50, CD164, CDC14A, CDH23, CEACAM16, CEP250, CEP78, CHD7, CIB2, CISD2, CLDN14, CLDN9, CLIC5, CLPP, CLRN1, CLRN2, COCH, COL11A1, COL11A2, COL2A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COL9A1, COL9A2, COL9A3, CRYM, DCDC2, DIABLO, DIAPH1, DIAPH3, DMXL2, DNMT1, DSPP, EDN3, EDNRB, ELMOD3, EPS8, EPS8L2, ERAL1, ESPN, ESRP1, ESRRB, EYA1, EYA4, FAM136A, GAB1, GAS2, GATA3, Gene, GIPC3, GJB2, GJB3, GJB6, GPRASP2, GPSM2, GRAP, GREB1L, GRHL2, GRXCR1, GRXCR2, GSDME, HARS2, HGF, HOMER2, HOXA2, HSD17B4, IFNLR1, ILDR1, KARS1, KCNE1, KCNQ1, KCNQ4, KITLG, LARS2, LHFPL5, LMX1A, LOXHD1, LOXL3, LRTOMT, MAN2B1, MARVELD2, MCM2, MET, MIR96, MITF, MPZL2, MSRB3, MT-RNR1, MT-TS1, MYH14, MYH9, MYO15A, MYO3A, MYO6, MYO7A, NARS2, NLRP3, OSBPL2, OTOA, OTOF, OTOG, OTOGL, P2RX2, PAX3, PCDH15, PDE1C, PDZD7, PJVK, PLS1, PNPT1, POU3F4, POU4F3, PPIP5K2, PRPS1, PTPRQ, RDX, REST, RIPOR2, ROR1, S1PR2, SCD5, SERPINB6, SIX1, SLC12A2, SLC17A8, SLC22A4, SLC26A4, SLC26A5, SLC44A4, SLITRK6, SMPX, SNAI2, SOX10, SPATA5L1, SPNS2, STRC, SYNE4, TBC1D24, TECTA, TFAP2A, TJP2, TMC1, TMEM132E, TMIE, TMPRSS3, TNC, TOP2B, TPRN, TRIOBP, TRRAP, TWNK, TYR, USH1C, USH1G, USH2A, WBP2, WFS1, WHRN.

Syndromalt høretab v1 (578 gener):

ABCC1, ABHD12, ABHD5, ABR, ACAN, ACTB, ACTG1, ADCY1, ADGRV1, AIFM1, ALDH1A2, ALMS1, AMMECR1, ANKH, ANKRD11, AP1S1, AP3D1, APAF1, APOPT1, AQP4, ARID1A, ARID1B, ARSB, ARSG, ATF2, ATOH1, ATP1A2, ATP1A3, ATP2B2, ATP6V0A4, ATP6V1B1, ATP6V1B2, ATP8B1, AXIN1, BARHL1, BBS1, BBS4, BCAP31, BCR, BCS1L, BDNF, BDP1, BLOC1S5, BLOC1S6, BMP4, BMP5, BSN, BSND, BTD, C10orf2, CABP2, CACNA1D, CACNA1D, CACNB2, CACNG2, CARMIL1, CASP3, CATSPER2, CCDC50, CD151, CD164, CDC14A, CDC6, CDH23, CDK9, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2D, CDT1, CEACAM16, CELSR1, CEP250, CEP350, CEP78, CHD7, CHRNA9, CHSY1, CIB2, CISD2, CKB, CLCNKA, CLCNKB, CLDN11, CLDN14, CLDN9, CLIC5, CLNS1A, CLNS1A, CLPP, CLRN1, CLRN2, CNRIP1, COA8 (APOPT1), COCH, COG4, COL11A1, COL11A2, COL1A1, COL1A2, COL2A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COL9A1, COL9A2, COL9A3, COMP, COX18, CPLX1, CRYM, DACT1, DBH, DCAF17, DCDC2, DDB2, DDR1, DFNA5, DFNB31, DFNB59, DHODH, DIABLO, DIAPH1, DIAPH3, DIAPH3, DIO2, DIO3, DLX2, DLX5, DMD, DMXL2, DNMT1, DSPP, DVL1, DVL2, DVL3, EDN1, EDN3, EDNRA, EDNRB, EFTUD2, EIF3F, EIF4A3, ELMOD3, EPHA2, EPHB1, EPHB2, EPHB3, EPS8, EPS8L2, ERAL1, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ESPN, ESR2, ESRP1, ESRRB, EVC, EYA1, EYA4, FABP4, FAM136A, FAM58A, FAS, FBXO2, FDXR, FGF10, FGF3, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FIGN, FITM2, FKBP14, FOXC1, FOXF2, FOXG1, FOXI1, FOXI3, FRAS1, FREM2, FZD3, FZD6, GAB1, GAS2, GATA3, GBX2, GDF6, GFER, GFI1, GGPS1, GIPC3, GJA1, GJA1P1, GJB1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB5, GJB6, GLI3, GNAI3, GPR98, GPRASP2, GPSM2, GPX1, GRAP, GREB1L, GRHL2, GRID1, GRIP1, GRXCR1, GRXCR2, GSC, GSDME (DFNA5), GSTM1, GSTP1, GSTT1, GUSB, HAL, HARS, HARS1, HARS2, HDAC8, HES1, HES5, HGF, HMX1, HMX2, HMX3, HOMER2, HOXA1, HOXA2, HOXB1, HSD17B4, HSPA9, HTRA2, HAAO, IFNLR1, IFT88, IGF1, ILDR1, ITGA8, JAG1, JAG2, KARS, KARS1, KCNE1, KCNJ10, KCNJ16, KCNMA1, KCNQ1, KCNQ4, KDM3B, KDM6A, KIT, KITLG, KMT2D, LAMA2, LARGE1, LARS2, LEMD3, LFNG, LHFPL5, LHX3, LMO4, LMX1A, LOXHD1, LOXL3, LRIG3, LRP2, LRTOMT, MAFB, MAN2B1, MANBA, MAP1A, MAP1B, MARVELD2, MASP1, MATN3, MCM2, MCOLN3, MET, MFN2, MGP, MIR182, MIR183, MIR96, MITF, MKKS, MN1, MORC2, MOS, MPV17, MPZL2, MSRB3, MSX2, MTAP, MT-ATP6, MT-ATP8, MT-CO1, MT-CO2, MT-CO3, MT-CYB, MT-ND1, MT-ND2, MT-ND3, MT-ND4, MT-ND4L, MT-ND5, MT-ND6, MT-RNR1, MT-RNR2, MT-TA, MT-TC, MT-TD, MT-TE, MT-TF, MT-TG, MT-TH, MT-TI, MT-TK, MT-TL1, MT-TL2, MT-TM, MT-TN, MT-TP, MT-TQ, MT-TR, MT-TS1, MT-TS2, MT-TT, MT-TV, MT-TW, MT-TY, MYH14, MYH9, MYO15A, MYO1A, MYO1C, MYO1F, MYO3A, MYO6, MYO7A, NARS2, NAV2, NCOA3, NDP, NEDD4, NEFH, NEFL, NEU1, NEUROD1, NEUROG1, NF1, NF2, NIPBL, NKX3-2, NLRP3, NOG, NOTCH1, NOTCH2, NOX3, NOXO1, NR2F1, NR4A3, NTF3, NTN1, NTRK2, NTRK3, OC90, OFD1, OGDHL, OPA1, ORC1, ORC4, ORC6, OSBPL2, OTOA, OTOF, OTOG, OTOGL, OTOP1, OTOR, OTX1, OTX2, P2RX2, PAX1, PAX2, PAX3, PBX1, PCDH15, PDE1C, PDSS1, PDZD7, PET100, PEX1, PEX26, PEX6, PEX7, PHEX, PHYH, PIK3C2A, PISD, PITX2, PJVK (DFNB59), PLCB4, PLEK, PLS1, PMP22, PNOC, PNPT1, POLD1, POLH, POLR1A, POLR1B, POLR1C, POLR1D, PORCN, POU1F1, POU3F4, POU4F3, PPIP5K2, PPP3R1, PROP1, PRPS1, PRRX1, PRRX2, PTK7, PTPRQ, RAD21, RAI1, RARA, RARB, RARG, RASA1, RDX, REST, RIPOR2, RMND1, RNF220, ROR1, RPGR, RPS28, RPS6KA3, S1PR2, SALL1, SALL4, SARS, SCARB2, SCD5, SCRIB, SDHD, SEMA3E, SERAC1, SERPINB6, SF3B4, SGPL1, SIX1, SIX2, SIX5, SLC12A2, SLC12A6, SLC12A7, SLC17A8, SLC19A2, SLC1A3, SLC22A4, SLC26A2, SLC26A4, SLC26A5, SLC29A3, SLC30A4, SLC33A1, SLC44A4, SLC4A11, SLC4A7, SLC52A2, SLC52A3, SLC9A1, SLITRK6, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SMC1A, SMC3, SMPX, SMS, SNAI2, SOBP, SOD1, SOX10, SOX11, SOX2, SOX9, SPATA5, SPATA5L1, SPATC1L, SPINK5, SPNS2, SPRY2, SPTBN4, ST3GAL5, STRC, STXBP3, SUCLA2, SYNE4, SYNJ2, TBC1D24, TBL1X, TBX1, TBX10, TBX22, TCF19, TCF21, TCOF1, TECTA, TECTB, TENM1, TFAP2A, TFAP2B, TGFA, TGFB2, THOC1, THRA, THRB, TIMM8A, TJP2, TMC1, TMEM126A, TMEM132E, TMIE, TMPRSS3, TMPRSS5, TMTC2, TNC, TNFRSF11B, TOP2B, TOP3A, TP63, TPRN, TRIOBP, TRMU, TRPV4, TRRAP, TSHR, TSHZ1, TSPEAR, TUB, TUBB4B, TWNK, TWSG1, TYR, TYRP1, UCN, USH1C, USH1G, USH2A, USP31, USP48, VANGL2, VCAN, WBP2, WFS1, WHRN, WIF1, XPA, XPC, XYLT2, YAP1, YARS, YARS1, ZPR1.

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer, undertyper

Helgenomsekventering

Whole Genome Sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Til denne sygdomsgruppe analyseres et større genpanel med 188 gener, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik´s (DSMG) specialistnetværk onkoGENet.

Der suppleres med undersøgelse af 54 gener, med henblik på detektion af sekundære fund, der kan være vigtige at kende til i forhold til anvendelse af kemoterapi.

Ved analysen skal forældreprøver genomsekventeres samtidigt. Ved påvisning af betydende variant(er) hos patienten er forældreprøverne vigtige for at afgøre, om påviste varianter er nyopstået (de novo) eller nedarvet fra den ene/ begge forældre. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier kan det være aktuelt at medtage andre familiemedlemmer ved analysen eksempelvis, hvis der er flere i familien med samme fænotype.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Alle børn (0-17 år) med nydiagnosticeret kræft, herunder alle CNS-tumorer (inklusive lavgradstumorer) samt myelodysplastisk syndrom.
Unge i alderen 18-20 år, der behandles på en børneonkologisk afdeling, fordi de har en tumor, der er typisk for barnealderen, men meget sjælden hos voksne.
Alle patienter med nydiagnosticeret behandlingsresistent, progredieret eller recidiveret kræft herunder alle CNS-tumorer samt myelodysplastisk syndrom, når kræftdiagnosen er stillet i barnealderen (0-17 år) og resistens/progression/recidiv (i) opstår, mens patienten er <18 år og/eller (ii) opstår inden for 5 år fra diagnosetidspunktet, dvs. også hvis dette er efter det fyldte 18. år.

Alle patienter med nydiagnosticeret 2. (eller senere) kræftsygdom (herunder alle CNS-tumorer samt myelodysplastisk syndrom), der er diagnosticeret inden for 5 år fra den 1. kræftsygdom blev diagnosticeret i barnealderen (0-17 år).

Analysen kan også omfatte børn fra Færøerne og Grønland, henvist til Danmark til udredning/ behandling for kræft.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”

Prætest rådgivning på børneafdelingen

Genomsekventering foretages efter information/ prætest rådgivning på børneafdelingen. Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Cancer panel (188 gener):

A2ML1, ABCB11, ACD, AIP, AKT1, ALK, APC, ATM, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BUB1B, CBL, CD27, CD70, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CEBPA, CEP57, CHEK2, CREBBP, CTC1, CTLA4, CTNNA1, CTR9, DDB2, DICER1, DIS3L2, DKC1, DPYD, EGLN1, EGLN2, ELP1, EPAS1, EPCAM, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ETV6, EXT1, EXT2, EZH2, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FBXW7, FH, FLCN, GATA2, GPC3, GPR161, GREM1, HAVCR2, HRAS, IKZF1, ITK, KIT, KRAS, LIG4, LZTR1, MAD2L2, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MBD4, MC1R, MDH2, MEN1, MET, MITF, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NHP2, NOP10, NRAS, NSD1, NTHL1, NYNRIN, PALB2, PARN, PAX5, PHOX2B, PIK3CA, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POLH, POT1, PRKAR1A, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTPN11, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAF1, RB1, RECQL4, REST, RET, RFWD3, RIT1, RMRP, RNF43, RPL11, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS17, RPS19, RPS20, RPS24, RPS26, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEC23B, SETBP1, SH2D1A, SHOC2, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SOS1, SPRED1, STK11, SUFU, TERC, TERF2IP, TERT, TINF2, TMEM127, TP53, TRIM28, TRIM37, TRIP13, TSC1, TSC2, UBE2T, USB1, VHL, WAS, WRAP53, WT1, XPA, XPC, XRCC2.

ACMG gener (73 gener):

ACTA2, ACTC1, ACVRL1, APC, APOB, ATP7B, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BTD, CACNA1S, CASQ2, COL3A1, DSC2, DSG2, DSP, ENG, FBN1, FLNC, GLA, GAA, HFE, HNF1A, KCNH2, KCNQ1, LDLR, LMNA, MAX, MEN1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, MYBPC3, MYH11, MYH7, MYL2, MYL3, NF2, OTC, PALB2, PCSK9, PKP2, PMS2, PRKAG2, PTEN, RB1, RET, RPE65, RYR1, RYR2, SCN5A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD3, SMAD4, STK11, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMEM43, TNNI3, TNNT2, TP53, TPM1, TRDN, TSC1, TSC2, TTN, VHL, WT1.

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Nyresvigt hos børn og voksne

Denne analyse består af tre sygdomsgrupper, som i NGC regi er slået sammen:

Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos børn og unge (<18 år)
Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos voksne (18-60 år)
Vedvarende, uforklaret albuminuri hos børn og voksne:
- Steroid resistent nefrotisk syndrom
- Sekundær FSGS uden kendt underliggende forklaring
- Uforklaret, vedvarende albuminuri hos patienter der er familiært disponeret til nyresygdom
- Debut af nefrotisk albuminuri < 2 årsalderen

Helgenomsekventering, Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved NGC nyresvigt analyseres et genpanel dækkende de arvelige nyresvigtssygdomme, som er udvalgt efter national drøftelse i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik’s (DSMG) specialistnetværk NefroGENet.

Genpanel analyse vil være den primære tilgang.

Ved analysen kan man dog nogle gange vælge at genomsekventere prøver fra flere personer fra samme famlie samtidigt. Det kan eksempelvis være aktuelt hvis der er flere i familien med samme fænotype eller ved udredning af børn med nyresygdom i kombination med ekstrarenale manifestationer. Genomsekventering af forældre/slægtninge er ikke et krav for at analysen kan gennemføres.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos voksne

DN189 - Kronisk nyreinsufficiens UNS
DN031 - Kron. glom.nefrit m. fokal/segment. glomerulære forandringer (FSGS)
DN038 - Kronisk glomerulonefritis med anden morfologi
PRD3749 - Glomerulonephritis - no histology
DN199 – Nyreinsufficiens UNS
DN184 – kronisk nyreinsufficiens, stadie 4 (grp B)
DN185 – kronisk nyreinsufficiens, terminal stadie 5
DZ992 – afhængig af renal dialyse
DZ940 – nyretransplantation
DN159 – tubulointerstitiel nyresygdom uden specifikation

Terminalt og præ-terminalt nyresvigt af ukendt årsag hos børn og unge

DN183-9 Kronisk nyreinsufficiens stadie 3-5
DN031 FSGS
DN038 Kronisk glomerulonefrit med anden morfologi
DN199 Nyreinsufficiens UNS
DZ992 Afhængig af dialyse
DZ940 Nyretransplanteret
DQ604 Bilateral nyrehypoplasi
DQ613-9 Cystisk nyresygdom
Ekkogene nyrer ved ultralydsskanning (ingen specifik IDC10 kode)
Kronisk nyresygdom i kombination med ekstrarenale manifestationer (ingen specifik ICD10 kode)

Vedvarende, uforklaret albuminuri hos børn og voksne

DN031 - kronisk glom. nefrit m. fokal/segmental glomerulære forandringer
DN061 - Monosymptomat. proteinuri m fokal/segmentær glomerul-forandr
DN021 - Recidiv/vedvar. hæmaturi m fokal/segmentær glomerul-forandr
DN051 - Glom.nefrit UNS m fokale el segmentære glomerulære forandr.
DR809 - Proteinuri UNS
DN391 – Vedvarende proteinuri UNS
DN040-DN049 Nefrose

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Ved bestilling af analyse af flere i samme familie

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Nyresvigt panel v2 (394 gener):

ACE, ACTB, ACTG1, ACTG2, ACTN4, ADAMTS13, ADAMTS9, AGT, AGTR1, AGXT, AHI1, ALDOB, ALG1, ALG5, ALG8, ALG9, ALMS1, ALPL, AMER1, AMN, ANKFY1, ANKS6, ANLN, ANOS1, AP2S1, APOA1, APOA2, APOC2, APOC3, APOE, APOL1, APRT, AQP2, ARHGAP24, ARHGDIA, ARID1B, ARL13B, ARL6, ARMC9, ATP2A2, ATP6V0A4, ATP6V1B1, ATP6V1C2, ATP7B, AVIL, AVPR2, B2M, B3GLCT, B9D1, B9D2, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BCOR, BCS1L, BICC1, BMP4, BMP7, BNC2, BSND, C3, CA2, CACNA1H, CASR, CC2D2A, CCNQ, CD151, CD2AP, CD46, CDC5L, CDKN1C, CENPF, CEP104, CEP120, CEP164, CEP290, CEP41, CEP55, CEP83, CFB, CFH, CFHR1, CFHR2, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, CHD1L, CHD7, CHRM3, CHRNA3, CILK1, CISD2, CLCN5, CLCNKA, CLCNKB, CLDN10, CLDN16, CLDN19, CLVS1, COL4A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COQ2, COQ4, COQ6, COQ8A, COQ8B, COQ9, COX10, CPLANE1, CPT2, CRB2, CRKL, CSPP1, CTNS, CTU2, CUBN, CUL3, CYP11B1, CYP11B2, CYP17A1, CYP24A1, DCDC2, DDX59, DGKE, DHCR7, DLC1, DLG5, DNAJB11, DSTYK, DYNC2H1, DYNC2I1, DYNC2I2, DZIP1L, DAAM2, EHHADH, EIF2AK3, EMP2, ERCC8, EYA1, FAH, FAM20A, FAN1, FANCA, FANCB, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCI, FANCL, FAT1, FAT4, FBXL4, FCGR2A, FGA, FGF10, FGF20, FGFR2, FGFR3, FN1, FOXC2, FOXP3, FRAS1, FREM1, FREM2, FXYD2, G6PC1, GANAB, GAPVD1, GATA3, GATM, GFRA1, GLA, GLI3, GLIS2, GLIS3, GON7, GPC3, GREB1L, GRHPR, GRIP1, GSN, HNF1B, HNF4A, HOGA1, HOXA13, HPRT1, HPSE2, HRAS, HSD11B2, HYLS1, HAAO, IFT122, IFT140, IFT172, IFT27, IFT43, IFT80, INF2, INPP5E, INVS, IQCB1, ITGA3, ITGA8, ITSN1, ITSN2, JAG1, JAM3, KANK1, KANK2, KANK4, KAT6B, KCNJ1, KCNJ5, KCNQ1OT1, KCTD1, KIF14, KIF7, KIRREL1, KIAA0586, KIAA0753, KLHL3, KYNU, LAGE3, LAMA5, LAMB2, LCAT, LMNA, LMX1B, LRIG2, LRP4, LYZ, LZTFL1, MAFB, MAGED2, MAGI2, MAPKBP1, MEFV, MKKS, MKS1, MMACHC, MMUT, MT-TF, MT-TL1, MTX2, MUC1, MYH9, MYO1E, MYOCD, NADSYN1, NEK1, NEK8, NEU1, NIPBL, NLRP3, NOTCH2, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NPHS1, NPHS2, NR3C1, NR3C2, NRIP1, NUP107, NUP133, NUP160, NUP205, NUP85, NUP93, NXF5, OCRL, OFD1, OSGEP, PAX2, PBX1, PDE6D, PDSS2, PEX12, PEX2, PIGN, PIGT, PKD1, PKD2, PKHD1, PLCE1, PMM2, PODXL, PTPRO, REN, RMND1, ROBO1, ROBO2, RPGRIP1L, RRM2B, SALL1, SALL4, SARS2, SCARB2, SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G, SDCCAG8, SEC61A1, SEC63, SGPL1, SIX1, SIX2, SIX5, SLC12A1, SLC22A12, SLC26A1, SLC2A2, SLC2A9, SLC34A1, SLC37A4, SLC3A1, SLC41A1, SLC4A1, SLC4A4, SLC7A7, SLC7A9, SLIT2, SMARCAL1, STRA6, SYNPO, SYNPO2, TBC1D1, TBC1D24, TBC1D8B, TBX1, TBX18, TBX6, TCTN1, TCTN2, TCTN3, TFAP2A, THBD, TMEM107, TMEM138, TMEM216, TMEM231, TMEM237, TMEM67, TNS2, TNXB, TP53RK, TP63, TPRKB, TRAF3IP1, TRAP1, TRIM32, TRIM8, TRPC6, TSC1, TSC2, TTC21B, TTC8, TTR, TXNDC15, UMOD, UPK3A, VHL, VIPAS39, VPS33B, WDPCP, WDR19, WDR35, WDR4, WDR73, WNK1, WNK4, WNT3, WNT4, WNT5A, WNT9B, WT1, XDH, XPNPEP3, XPO5, YRDC, ZIC3, ZMPSTE24, ZMYM2, ZNF423

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC øjensygdomme

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

For genomanalyse via NGC for gruppen af patienter med øjensygdomme, kan analysen udføres enten som trioanalyse eller som panelanalyse. Panelanalyse er mest oplagt ved meget specifikke fænotyper (se nedenstående). Ved mere komplekse fænotyper og hos børn foretrækkes hvis overhovedet muligt triogenom.

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Ved trio-genomsekventering, foretages genomsekventering af barn og forældre samtidigt. Når patientens data sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Panelanalyse er bedst egnet til afgrænsede problemstillinger for hvilke der findes et afgrænset antal relevante gener. I tilfælde hvor det kun er muligt at analysere genom fra probanden selv (enkeltgenomer) anbefales panelanalyse.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Følgende indikationer er gældende for NGC oftalmologi. For alle grupper gælder, at der skal være mistanke om genetisk årsag:

Arveligt betingede sygdomme i øjets nethinde (retinopatier)
- Ved isoleret retinopati skal der være foretaget panel for retinopati med normalt resultat først
- Ved retinopati med syndrommistanke er der indikation for NGC oftalmologi umiddelbart (trioanalyse anbefales)
Bilateral grå stær hos børn/unge (bilateral cataract) (Trio foretrækkes, men enkeltgenom med panel kan også udføres)
Strukturelle øjensygdomme
- For albinisme skal der være foretaget panel for albinisme med normalt resultat først
- For alle øvrige kan der udføres NGC oftalmologi umiddelbart (trioanalyse anbefales)
Synsnervesygdomme (opticusneuropatier)
- Ved LHON skal der være foretaget panel for LHON med normalt resultat først
- For alle øvrige kan der udføres NGC oftalmologi (trioanalyse foretrækkes, men der kan udføres genpanel på enkeltgenomer)
Ultra sjældne øjensygdomme (trioanalyse anbefales)

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Nationalt katarakt panel v1 (116 gener):

ABHD12, ADAMTS10, ADAMTSL4, AGK, AGPS, ALDH18A1, B3GLCT, BCOR, BFSP1, BFSP2, CHMP4B, COL11A1, COL18A1, COL2A1, COL4A1, CRYAB, CRYBA1, CRYBA4, CRYBB1, CRYBB2, CRYBB3, CRYGA, CRYGB, CRYGC, CRYGD, CRYGS, CRYAA, CTDP1, CYP27A1, CYP51A1, DHCR7, DNMBP, DYRK1A, EED, EIF2B2, EPG5, EPHA2, ERCC2, ERCC3, ERCC5, ERCC6, ERCC8, FAM126A, FOXE3, FTL, FYCO1, GALK1, GALT, GCNT2, GEMIN4, GFER, GJA3, GJA8, GLS, GNPAT, GTF2H5, HMX1, HSF4, HTRA2, INPP5K, INTS1, JAM3, LCAT, LEMD2, LIM2, LONP1, LSS, MAF, MAN2B1, MIP, MIR184, MSMO1, MYH9, NDP, NF2, NHS, OCRL, OPA3, P3H2, PANK4, PAX6, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PITX3, PTCH1, PXDN, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RIC1, SC5D, SIL1, SIPA1L3, SLC16A12, SLC2A1, SLC33A1, SRD5A3, TDRD7, TFAP2A, VIM, VSX2, WFS1, WRN, XYLT2

Nationalt optikus atrofi panel v1 (44 gener):

ACO2, AFG3L2, AP3B2, ATAD3A, ATP1A3, AUH, C12orf65, C19orf12, CISD2, DNAJC30, DNM1L, FDXR, ISCA2, MCAT, MECR, MFF, MFN2, MIEF1, MT-ATP6, MT-ND1, MT-ND4, MT-ND6, MTPAP, NBAS, NDUFAF5, NDUFS1, NDUFS2, NR2F1, OPA1, OPA3, PMPCA, POLG, RTN4IP1, SLC25A46, SLC44A1, SLC52A2, SPG7, SSBP1, TIMM8A, TMEM126A, TSFM, UCHL1, WFS1, YME1L1

Albinisme panel v.1 (36 gener):

AHR, AP3B1, AP3D1, BLOC1S3, BLOC1S5, BLOC1S6, CACNA1A, CACNA1F, CASK, DCT, DTNBP1, FRMD7, GPR143, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, LRMDA, LYST, MANBA, MC1R, MITF, MLPH, MYO5A, OCA2, PAX6, RAB27A, SACS, SETX, SLC24A5, SLC38A8, SLC45A2, TULP1, TYR, TYRP1

Nationalt kongenit glaucom panel v.1 (25 gener):

ADAMTS10, ADAMTS17, B3GLCT, COL2A1, COL4A1, CPAMD8, CYP1B1, DDX58, FOXC1, FOXD3, FOXE3, LMX1B, LTBP2, MYOC, OCRL, OPTN, PAX6, PITX2, PITX3, PXDN, SBF2, SH3PXD2B, TBK1, TEK, WDR36

Nationalt retinal dystrofi panel v.1 (300 gener):

ABCA4, ABCC6, ABHD12, ACBD5, ACO2, ADAM9, ADAMTS18, ADGRV1, ADIPOR1, AFG3L2, AGBL5, AHI1, AHR, AIPL1, AIRE, ALDH3A2, ALMS1, ALPK1, AMACR, ARHGEF18, ARL13B, ARL2BP, ARL3, ARL6, ARSG, ASRGL1, ATF6, ATOH7, ATXN7, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BEST1, C1QTNF5, CABP4, CACNA1F, CACNA2D4, CAPN5, CC2D2A, CCT2, CDH23, CDH3, CDHR1, CEP164, CEP19, CEP250, CEP290, CEP78, CERKL, CFAP410, CFAP418, CFH, CHM, CIB2, CLCC1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLRN1, CLUAP1, CNGA1, CNGA3, CNGB1, CNGB3, CNNM4, COL18A1, COL4A1, COQ2, COQ5, CRB1, CRX, CSPP1, CTC1, CTNNA1, CTNNB1, CTSD, CWC27, CYP2R1, CYP4V2, DHDDS, DHX38, DMD, DRAM2, EFEMP1, ELOVL1, ELOVL4, ERCC6, ERCC8, ESPN, EXOSC2, EYS, FAM161A, FDXR, FLVCR1, FRMD7, FZD4, GDF6, GNAT1, GNAT2, GNB3, GNPTG, GPR143, GPR179, GRK1, GRM6, GRN, GUCA1A, GUCA1B, GUCY2D, HARS1, HCCS, HGSNAT, HK1, HMX1, IDH3A, IDH3B, IFT140, IFT172, IFT27, IFT74, IFT81, IMPDH1, IMPG1, IMPG2, INPP5E, IQCB1, JAG1, KCNJ13, KCNV2, KIF11, KIF3B, KIZ, KIAA1549, KLHL7, LAMA1, LCA5, LIG3, LRAT, LRIT3, LRP2, LRP5, LZTFL1, MAK, MAPKAPK3, MED12, MERTK, MFRP, MFSD8, MKKS, MKS1, MMACHC, MSTO1, MTRFR, MTTP, MVK, MYO7A, NBAS, NDP, NEUROD1, NMNAT1, NPHP1, NPHP3, NPHP4, NR2E3, NRL, NYX, OAT, OFD1, OPN1SW, OTX2, P3H2, PANK2, PAX2, PCARE, PCDH15, PCYT1A, PDE6A, PDE6B, PDE6C, PDE6G, PDE6H, PDSS1, PDZD7, PEX1, PEX2, PEX6, PEX7, PGK1, PHYH, PITPNM3, PLA2G5, PLK4, PNPLA6, POC1B, POC5, POMGNT1, POMGNT2, POMT1, PPT1, PRCD, PRDM13, PROM1, PRPF3, PRPF31, PRPF4, PRPF6, PRPF8, PRPH2, PRPS1, RAB28, RAX2, RBP3, RBP4, RCBTB1, RD3, RDH11, RDH12, RDH5, REEP6, RGR, RGS9, RGS9BP, RHO, RIMS2, RLBP1, ROM1, RP1, RP1L1, RP2, RP9, RPE65, RPGR, RPGRIP1, RPGRIP1L, RS1, RTN4IP1, SAG, SAMD11, SCAPER, SDCCAG8, SEMA4A, SLC24A1, SLC25A46, SLC37A3, SLC38A8, SLC6A6, SLC7A14, SNRNP200, SPATA7, SPP2, SPTLC1, SRD5A3, SSBP1, STN1, TEAD1, TIMM8A, TIMP3, TINF2, TLCD3B, TMEM216, TMEM218, TMEM231, TMEM237, TOPORS, TPP1, TRAF3IP1, TREX1, TRIM32, TRNT1, TRPM1, TSPAN12, TTC8, TTLL5, TTPA, TUB, TUBB4B, TUBGCP4, TUBGCP6, TULP1, UNC119, USH1C, USH1G, USH2A, USP45, VCAN, VPS13B, WDPCP, WDR19, WHRN, ZFYVE26, ZNF408, ZNF423, ZNF513

Nationalt vitreoretinal dystrofi/stickler panel v1 (30 gener):

ATOH7, BEST1, BMP4, CAPN5, COL11A1, COL11A2, COL18A1, COL2A1, COL9A1, COL9A2, COL9A3, COMP, CTC1, CTNNB1, FZD4, GZF1, KCNJ13, KIF11, LOXL3, LRP2, LRP5, MATN3, NDP, NR2E3, P3H2, RS1, SLC26A2, TSPAN12, VCAN, ZNF408

Nationalt øjenmisdannelses panel v1 (93 gener) – omfatter bl.a., mikroftalmi og aniridi:

ABCB6, ADAMTS17, ADAMTS18, ADAMTSL4, ALDH1A3, ALX1, ATOH7, B3GLCT, BCOR, BMP4, C12orf57, CAPN15, CDH2, CHD7, CHRDL1, CLDN19, COL4A1, CPAMD8, CRIM1, CYP1B1, ERCC1, EYA1, FGFR1, FOXC1, FOXC2, FOXE3, FOXL2, FRAS1, FREM1, FREM2, FZD5, GDF3, GDF6, GJA1, GLI3, GRIP1, HCCS, HESX1, HMGB3, HMX1, KDM6A, KERA, LAMB2, LRP2, LTBP2, MAB21L2, MFRP, MITF, MYRF, NDP, NHS, NAA10, OCRL, OLFM2, OTX2, PAX2, PAX6, PIGL, PITX2, PITX3, PORCN, PRSS56, PTCH1, PXDN, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RARB, RAX, RBP4, SALL2, SALL4, SHH, SIX3, SIX6, SLC38A8, SMCHD1, SMO, SMOC1, SOX2, STRA6, TBC1D20, TENM3, TFAP2A, TMEM98, TMX3, TUBGCP4, VAX1, VCAN, VPS35L, VSX1, VSX2, YAP1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

Helgenomsekventering

Whole Genome Sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Kriterier for rekvirering af genomsekventering er opfyldelse af disse 3 punkter:

Alder < 18 år
Kompleks autisme/autisme+
Normal undersøgelse for Fragilt X-syndrom

Kompleks autisme/autisme+ er defineret som autismespektrumforstyrrelse (ASF)* og én eller flere af følgende træk:

Mental retardering / forsinket psykomotorisk udvikling
Dysmorfe træk
Epilepsi

*ASF indbefatter:

F84.0 Infantil autisme
F84.1 Atypisk autisme
84.5 Asperger’s syndrom
F84.8 Anden gennemgribende udviklingsforstyrrelse

Inden rekvirering af analysen

Patienten skal være drøftet på tværdisciplinær konference med deltagelse af speciallæge i klinisk genetik og børne- og ungdomspsykiatri og evt. i pædiatri.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af genomdata, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resumé af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til Genetisk Afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes og skal indscannes i patientens journal. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer, undertyper

NGC Sjældne sygdomme hos børn og unge

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Mistanke om en sjælden genetisk årsag, og tilstanden skyldes ikke en i forvejen genetisk afklaret sygdom i familien, og mindst en af følgende tilstande/fund:

En eller flere misdannelser
Komplekst sygdomsbillede
Global udviklingsforsinkelse med udviklingsdeficits i to eller flere udviklingsdomæner, med IQ<70 for børn og unge over 6 år, eller et behov for specialistinstitution/skole
Skeletanomali, eksempelvis forkortede rørknogler, kraniosynostose, skeletdysplasi eller dværgvækst
Neuromuskulær eller neurologisk sygdom eksempelvis symptom- givende misdannelser i centralnervesystemet, leukoencefalopati, mikro-/makrocefali ledsaget af intellektuelt handikap; ataksi, epilepsi, myopati
Mistanke om medfødt metabolisk sygdom
Artrogrypose
Overvækst
Floppy infant

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/ prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling, f.eks. børneafdelingen. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten med fordel henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Ved trioanalyse skal prætestrådgivningen omfatte både barn og forældre.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Ved trioanalyse indhentes samtykke på både barn og forældre.

Region

Hele genomet

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NGC Sjældne sygdomme hos voksne

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter.

Undersøgelsen foretages bedst som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter. Genomsekventering af forældrene er dog ikke et krav for, at analysen kan gennemføres. I nogle familier giver det mening at medtage andre familiemedlemmer end forældrene til sammenligningen.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Mistanke om genetisk årsag, og tilstanden skyldes ikke en i forvejen tilstrækkelig genetisk afklaret sygdom i familien, og mindst en af følgende tilstande/fund:

En eller flere misdannelser
Komplekst sygdomsbillede/mistanke om monogen lidelse, hvor denne ikke er omfattet af andet specialistnetværk
Mental retardering/psykisk udviklingshæmning, med IQ<70 eller behov for specialinstitution eller ikke mulighed for at leve et selvstændigt liv
Skeletanomali
Neuromuskulær eller neurologisk sygdom
Mistanke om medfødt metabolisk sygdom
Mistanke om bindevævslidelse med karanomalier med mindst to af følgende:
- udposning på større arterier
- aneurismer
- svær hypermobilitet med Beighton score 6 eller mere og/eller ledluksationer
- spontane perforationer af lunger eller andre indre organer, dysproportioneret skelet
- brok (hernier)
- førsteledsslægtning med alvorlig event med enten organ eller karperforation/operationskrævende aneurisme
- generel dysmorfi der leder tanken hen på genetisk bindevævslidelse eller lign.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

For probanden:

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke/diagnostiske håndtag (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

For forældre (ved trioanalyse)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres probandens data i feltet ”Kliniske oplysninger”, fx ”mor til (probands navn og CPR)”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Region

Hele genomet

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

Arvelig hæmatologisk sygdom

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Ved denne underindikation af patientgruppen ”arvelig hæmatologisk sygdom” under National Genom Center er det aftalt, at Genomisk Medicin, Risghospitaltet, varetager dataanalysen for OUH. Der er således alene tale om en sendeprøve fra Klinisk Genetisk Afdeling til MOMA, Århus Universitetshospital, der informerer Genomisk Medicin, Rigshospitalet, når data fra sekventeringen er klar til databehandling. Svarafgivelse til rekvirent varetages af Genomisk Medicin, Rigshospitalet.

Det er således op til rekvirenten at informere Genomisk Medicin, RH, om relevante kliniske oplysninger iht. indbyrdes aftale.

Indikationer

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Uafklaret hæmolytisk anæmi

DD550 Anæmi forårsaget af glukose-6-fosfat-dehydrogenasemangel
DD551 Anæmi forårsaget af anden forstyrrelse i glutationomsætningen
DD552 Anæmi forårsaget af forstyrrelser i de glykolytiske enzymer
DD553 Anæmi forårsaget af forstyrrelser i nukleotidomsætningen
DD558 Anden anæmi forårsaget af enzymatisk forstyrrelse
DD559 Anæmi forårsaget af enzymatisk forstyrrelse UNS
DD580 Arvelig hæmolytisk anæmi forårsaget af sfærocytose
DD581 Arvelig hæmolytisk anæmi forårsaget af elliptocytose
DD581A Medfødt elliptocytose
DD582 Anden hæmoglobinopati
DD582A Abnormt hæmoglobin UNS
DD588 Anden arvelig hæmolytisk anæmi
DD588A Stomatocytose
DD589 Arvelig hæmolytisk anæmi UNS
DD610 Konstitutionel aplastisk anæmi
DD610A Blackfan-Diamond syndrom
DD610C Pancytopeni med misdannelser
DD610D Familiær hypoplastisk anæmi
DD610E Aplasi af røde blodlegemer hos barn (medfødt)(primær)
DD640 Arvelig sideroblastær anæmi
DD643 Anden sideroblastær anæmi
DD643A Sideroblastær anæmi UNS
DD644 Medfødt dyserytropoietisk anæmi
DD561Thalassæmi, hvor standardudredning ikke er sufficient til at stille diagnose.

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling. I nogle tilfælde, f.eks. hvis der er andre afficerede familiemedlemmer, kan patienten henvises til genetisk afdeling, som så varetager prætestrådgivningen.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a., ud over indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie, information om analysen, vurdering af mulige arvegange og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering.

Gener

Oplysninger skal fås fra Genomisk Medicin, Rigshospitalet

Analysemetode

Ingen data

Prøvemateriale

Blod, 4 ml EDTA

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Ingen data

Synonymer

Unge voksne med kræft samt arvelig kræft hos voksne.

Denne analyse består af to sygdomsgrupper, som i NGC regi er slået sammen:

Unge voksne med kræft (18-30 år)
Arvelig kræft

Helgenomsekventering, Whole Genome Sequencing, WGS

Beskrivelse

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter. Til denne sygdomsgruppe analyseres et større genpanel, som er udvalgt efter national konsensus i regi af Dansk Selskab for Medicinsk Genetik´s (DSMG) specialistnetværk onkoGENet.

Indikation

Kriterier for rekvirering af analysen fremgår på Nationalt Genom Centers hjemmeside jf.

Invasiv cancer (alle typer)
Hæmatologisk malign lidelse
Behandlingskrævende CNS-tumorer

Unge voksne med kræft

Patienter i denne gruppe skal debuterer med en af ovenstående tilstande i alderen 18-30 år.

Arvelig kræft hos voksne

Patienter i denne gruppe skal først være undersøgt med et relevant fokuseret standard genpanel med normalt analyseresultat og opfylde ét af nedenstående kriterier, inden rekvirering af NGC analysen:

Familiær disposition

Personer i familier med ophobning af kolorektal cancer, svarende til Amsterdam I positive familier.
Personer i familier med ophobede tilfælde af bryst- og ovariecancer uden fund af en BRCA-variant.
Personer i familier, med 3 tilfælde af mamma-cancer, hos indbyrdes 1.gradsslægtninge og hvor to af tilfældene er <50-år.
Personer i familier mindst en patient med kræft i barnealderen og barnet har en 1. gradsslægtning med kræft før 50-årsalderen.
Familier med 3 indbyrdes 1.gradsslægtninge med samme type cancer, hvor der ikke er stærk kendt miljømæssig ætiologi. For sjældne cancere: To 1.gradsslægtninge med samme sjældne type af kræft.

Alderskriterier

Person med to primære cancere < 50 år (Ikke non-melanom hudkræft).
Person med tre primære cancere < 60 år, hvor den første er diagnosticeret <50 år (ikke nonmelanom hudkræft).

Særlige kriterier

Person (eller familie), som opfylder kliniske kriterierne for et kendt cancersyndrom f.eks. Li Fraumeni, PTEN Harmatoma Tumor syndrom mv.
Person med kræft, og variant af ukendt betydning (VUS) i gen af potentiel betydning for Homologous recombination deficiency (HRD) (f.eks. BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C og RAD51D) udføres WGS på tumorvæv mhp undersøgelse af HRD.
Person med kræft og VUS som er under særlig mistanke for at være betydende, hvor undersøgelse af tumorvæv potentielt vil kunne afklare betydningen (f.eks. VUS i NTHL1, MUTYH, POLE, POLD1 samt MMR-gen, hvis der er særlig mistanke om variant i et sådant og tumor er mikrosatellit stabil (MSS).

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om patientens klinik og familiehistorie er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres i journalnotat for dato for rekvirering (se skabelon nedenfor), og der skal henvises til dato for dette ved notat ved rekvisition af analysen.

Følgende skabelon anbefales anvendt i journalnotatet i EPJ-SYD:

Resume af kliniske oplysninger (kort men fyldestgørende, gerne i punktform)
Særlig mistanke (fx mistanke om en gruppe af sygdomme eller et særligt karakteristisk symptom)
Familieanamnese (er forældrene raske? Er der lignende tilfælde i familien? Anden signifikant sygdom i familien?)

Ved bestilling af analysen i EPJ SYD anføres i feltet ”Kliniske oplysninger”

Dato for ovenstående journalnotat
Hvilken indikation af de ovenfor nævnte, der udløser ordineringen af analysen

Prætest rådgivning

Genomsekventering foretages efter information/ prætest rådgivning på den rekvirerende afdeling.

Prætest-rådgivningen omhandler bl.a. indhentning af oplysninger vedrørende patient og familiehistorie og information om risikoen for tilfældighedsfund.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Gener

Udvidet arvelig cancer panel v1 (392 gener):

A2ML1, ABCB11, ABL1, ABRAXAS1, ACD, ACTRT1, ADA, AIP, AKT1, ALK, AMH, AMHR2, ANKRD26, APC, ARID1A, ARID1B, ARID5B, ARMC5, ASXL1, ATG2B, ATM, ATR, ATRX, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRF1, BRIP1, BTK, BUB1, BUB1B, BUB3, CABLES1, CARD11, CASP9, CBL, CD27, CD70, CDC73, CDH1, CDH23, CDK4, CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CEP57, CHEK2, CIITA, CIP2A, COL7A1, CREBBP, CTC1, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CTR9, CYLD, DDB2, DDX11, DDX3X, DDX41, DGCR8, DHCR7, DHX34, DICER1, DIS3L2, DKC1, DLST, DNAJC21, DNMT3A, DOCK8, DPYD, DROSHA, EDC4, EFL1, EGFR, EGLN1, EGLN2, ELANE, ELP1, EP300, EPAS1, EPCAM, ERBB2, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC6L2, ERCC8, ESR2, ETV6, EXO1, EXO5, EXT1, EXT2, EZH2, FAH, FAN1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FBXW7, FGFR2, FGFR3, FH, FLCN, FLT3, FMR1, FOCAD, G6PC3, GAB2, GALNT12, GATA1, GATA2, GATA3, GBA, GDNF, GFI1, GJB2, GLI3, GNA11, GNAQ, GNAS, GPC3, GPR101, GPR161, GREM1, GRHL2, GSKIP, H19, HABP2, HAVCR2, HAX1, HFE, HMBS, HNF1A, HOXB13, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, INHA, INHBA, IPMK, ITK, JMJD1C, KCNQ1OT1, KDM1A, KDM3B, KDM6A, KIF1B, KIT, KLLN, KMT2A, KMT2D, KRAS, L2HGDH, LHCGR, LIG4, LYST, LZTR1, MAD2L2, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MBD4, MC1R, MDH2, MECOM, MEN1, MET, MITF, MLH1, MLH3, MLLT1, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MTAP, MUC5B, MUS81, MUTYH, MYH9, NAF1, NBN, NDRG4, NEK11, NF1, NF2, NFATC4, NFIX, NHP2, NOP10, NPAT, NPM1, NRAS, NSD1, NTHL1, NTRK1, NYNRIN, OGG1, PALB2, PARN, PAX5, PBRM1, PDCD4, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PHOX2B, PIK3CA, PIP4K2A, PMS1, PMS2, PMS2CL, POLD1, POLE, POLH, POT1, POU6F2, PPM1D, PPP1CB, PRF1, PRKAR1A, PRKN, PRSS1, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTPN11, PTPN12, RAB27A, RABL3, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAF1, RAG1, RAG2, RASA2, RB1, RBBP8, RECQL, RECQL4, RECQL5, REST, RET, REXO2, RFWD3, RHBDF2, RINT1, RIT1, RMRP, RNASEL, RNF43, RPL10, RPL10A, RPL11, RPL15, RPL18, RPL19, RPL23, RPL26, RPL27, RPL3, RPL31, RPL34, RPL35A, RPL36, RPL5, RPLP0, RPS10, RPS11, RPS15, RPS15A, RPS17, RPS19, RPS20, RPS24, RPS26, RPS27, RPS27A, RPS28, RPS29, RPS7, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEC23B, SEMA4A, SERPINA3, SETBP1, SFTPA1, SFTPA2, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SLC25A11, SLX4, SMAD4, SMAD9, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCC2, SMARCE1, SMO, SOS1, SOS2, SPINK1, SPRED1, SQSTM1, SRP72, SRY, STAT3, STK11, STN1, STX11, STXBP2, SUFU, TERC, TERF2IP, TERT, TFAP2A, TG, TGFBR1, TINF2, TLR8, TMEM127, TNFRSF11A, TNFRSF13B, TP53, TP53AIP1, TRIM28, TRIM37, TRIP13, TSC1, TSC2, TSR2, TYK2, UBE2T, UNC13D, UROD, USB1, USP39, VHL, VPS13C, WAS, WRAP53, WRN, WT1, WWP1, XIAP, XPA, XPC, XRCC2, XRCC3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

NTHL1-gen;DNA

Sygdomme

Familiær adenomatøs polypose type 3, FAP3, Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

NHTL1 / 16p13.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU57118

NKN, Nationale kortnavn

NTHL1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Samlet pakke med cancerrelaterede gener som enten rekvireres isoleret som led i denne pakke eller som led i andre pakker. Det fremgår yderligere under de enkelte gener, hvilke pakker de indgår i.

BAP1-tumor predisposition syndrome, BAP1-TPDS, (BAP1)

HDGC, hereditary diffuse gastric cancer, (CDH1)

Li-Fraumeni syndrom, (TP53)

Peutz-Jeghers syndrome, (STK11)

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, (PTEN)

Beskrivelse

Der henvises til specifik side om hver af de nævnte sygdomme.

Gen/Region

BAP1 / 3p21.1

CDH1 / 16q22.1

PTEN / 10q23.31

STK11 / 19p13.3

TP53 / 17p13.1

Panel

BAP1-gen;DNA, CDH1-gen;DNA, PTEN-gen;DNA, STK11-gen;DNA, TP53-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

FANCN

PALB2-gen;DNA

Sygdomme

Arveligt mamma cancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

PALB2 / 16p12.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29201

NKN, Nationale kortnavn

PALB2-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

PAX4-gen, DNA

Sygdomme

MODY, Maturity Onset Diabetes of the Young, Type 9

Gen/Region

PAX4 / 7q32.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29954

NKN, Nationale kortnavn

PAX4-gen, DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

PDX1-gen;DNA

Sygdomme

MODY, Maturity-Onset Diabetes of the Young, Type 4

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

PDX1 / 13q12.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29949

NKN, Nationale kortnavn

PDX1-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

PJS (STK11)

Polyposis, hamartomatous intestinal Arvelig colorektal cancer/polypose

Beskrivelse

Autosomal dominat arvelig sygdom. Der ses bl.a. hyperpigmenterede pletter på ekstremiteter, læber og slimhinder, tendens til polypdannelse i flere organer samt tendens til tidlig cancerudvikling i flere organer. Der er variabel fænotype.

Gen/Region

STK11 / 19p13.3

Analyse

STK11-gen;DNA

Panel

Arvelig colorektal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

Phosphate-Regulating Endopeptidase

PHEX-gen;DNA

Sygdomme

Hypofosfatæmisk rakitis, X-bundent

Gen/Region

PHEX / Xp22.2-p22.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU38276

NKN, Nationale kortnavn

PHEX-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

PMS2-gen;DNA

Sygdomme

Lynch Syndrom

Arvelig colorectal cancer / polypose

Gen/Region

PMS2 / 7p22.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19252

NKN, Nationale kortnavn

PMS2-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

POLD1-gen;DNA

Sygdomme

Colorectal cancer, susceptibility to, 10, CRCS10

Arvelig colorectal cancer/polypos

Gen/Region

POLD1 / 19q13.33

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU57119

NKN, Nationale kortnavn

POLD1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

POLE-gen;DNA

Sygdomme

Colorectal cancer, susceptibility to, 12, CRCS12

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

POLE / 12q24.33

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU54516

NKN, Nationale kortnavn

POLE-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Akut intermitterende porfyri, porphobilinogen deaminase-mangel (HMBS)

Erytropoietisk protoporfyri, ferrochelatase-mangel (FECH)

Hereditær koproporfyri, coproporfyrinogen III-oxidase-mangel (CPOX)

Kongenit erytropoietisk porfyri, uroporfyrinogen III-syntase-mangel (UROS)

Porphyria cutanea tarda (UROD)

Variegat porfyri, protoporfyrinogen IX-oxydase-mangel (PPOX)

X-bunden dominant protoporfyri, ALA-syntase-mangel (ALAS2)

Beskrivelse

Porfyrierne udgør en heterogen gruppe af sygdomme, der skyldes forstyrrelse i biosyntesen af hæm, der er den funktionelle gruppe i bl.a. hæmoglobin, myoglobin og cytokromer. Biosyntesen af hæm foregår i otte trin, der er reguleret af hvert sit enzym. Der kendes otte forskellige porfyrisygdomme. De akutte porfyrier medfører neurologiske/neuroviscerale symptomer og de øvrige et overvejende kronisk forløb. Arvegangen er autosomal dominant eller recessiv med lav penetrans eller X-bunden.

Gen/Region

ALAS2 / Xp11.21

CPOX / 3q12

FECH / 18q21.3

HMBS / 11q23.3

PPOX / 1q22

UROD / 1p34.1

UROS / 10q26.2

Panel

Akut porfyri: CPOX, HMBS, PPOX

EPP: ALAD, ALAS2, FECH, GATA1

Enkelt gen analyse

ALAS2-gen;DNA

CPOX-gen;DNA

FECH-gen;DNA

HMBS-gen;DNA

PPOX-gen;DNA

UROD-gen;DNA

UROS-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

PPOX-gen;DNA

Sygdomme

Variegat porfyri, VP

Protoporfyrinogen IX-oxydase-mangel

Porfyri

Gen/Region

PPOX / 1q22

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU38596

NKN, Nationale kortnavn

PPOX-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN

Akkreditering

MLPA inkl methyleringsanalyse, kromosom mikroarray

Synonymer

rsa 15q11.2q13;DNA

PWS

Beskrivelse

Hos ca. 98 % af patienter med PWS findes mikrodeletion eller unipatental disomi. MLPA metoden detekterer begge. De sidste ca. 2 % af patienter med PWS kan ikke påvises molekylærgenetisk. PWS mikrodeletion kan også ses ved kromosom mikroarray, hvis den kliniske diagnose er mindre sikker.

Gen/Region

15q11.2-q13

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

PRSS1-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær pancreatitis

Gen/Region

PRSS1 / 7q34-35

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19176

NKN, Nationale kortnavn

PRSS1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Genomsekventering eller Genomsekventering, NGC

Synonymer

Genomsekventering

Helgenomsekventering

Whole genome sequencing, WGS

Beskrivelse

Analysen kan kun rekvireres efter forudgående (telefonisk) MDT aftale med Klinisk Genetisk Afdeling.

Genomsekventering er en undersøgelse af sekvensvariationer og kopitalsvarianter i hele arvemassen.

Undersøgelsen foretages som en trio-genomsekventering, hvor forældrene til patienten genomsekventeres samtidigt. Samtidig genomsekventering af forældrene øger chancen for at påvise den sygdomsdisponerende variant. Dette skyldes, at når patientens resultater sammenholdes med forældrenes, bliver det muligt at påvise nyopståede (de novo) varianter samt at afgøre nedarvning af andre muligt betydende varianter.

Analysen kan medføre efterfølgende familieundersøgelser.

Trio-genom analysen udføres enten på KGA, OUH eller sendes i udvalgte tilfælde til analyse ved nationalt genom center (NGC) med efterfølgende variant fortolkning på KGA, OUH.

Indikationer

Indikationer for genom analysen er typisk graviditeter med multiple misdannelser eller misdannelser hvor monogenetisk årsag vurderes tilstrækkelig sandsynlig. Analysen kan dog kun rekvireres efter forudgående (telefonisk) MDT aftale med Klinisk Genetisk Afdeling, hvor der drøftes de pågældende misdannelser og forventet genetisk baggrund, gestationsalder, forventet svartid samt evt. anden forudgående udredning.

Indikationerne for genom sekventering ved NGC er følgende:

Gravid, hvor der hos fosteret i 1. trimester/tidlig 2. trimester er påvist nakkefold på ≥4 mm.
Gravid, hvor der hos fosteret er påvist svær væksthæmning før uge 32.
Dødt foster/barn (intrauterin/perinatal død eller pga. spontan eller provokeret abort), og hvor der er fundet misdannelse/anomali, eller andre fund der giver mistanke om genetisk betinget sygdom (registreret på moderens cpr.nr.).

Der vil ved hver enkelt prøve blive foretaget en individuel vurdering af om prøven kan analyseres i NGC-regi eller bør analyseres på KGA, OUH, afhængigt af bl.a. indikation, gestationsalder, og forventet svartid. Øvrige mulige indikationer for prænatalt genom, som eksempelvis påviste misdannelser i graviditeten, kan konfereres med KGA, OUH, som ovenfor anført.

Oplysninger til Klinisk Genetisk Afdeling

Det er af stor vigtighed for tolkningen af data, at information om ultralydsfund under graviditeten samt evt. sygdom hos den gravide eller barnefar er tilgængelig. Oplysningerne bedes anføres på rekvisitionen i feltet ”Kliniske oplysninger”.

Skriftlig patientsamtykke til omfattende genetisk analyse

Skal indhentes. Der henvises til Information til patienten i forbindelse med rekvirering

Region

Hele genomet

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU-ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

Ingen

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer

PTEN-gen;DNA

Sygdomme

PTEN Hamartoma Tumor Syndrome

Arvelig colorectal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

PTEN / 10q23.31

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU38851

NKN, Nationale kortnavn

PTEN-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

NGS, evt. MLPA, Sanger sekventering

Synonymer, undertyper, (gener)

Cowden syndrom 1 (PTEN)

Lhermitte-Duclos syndrome

Multiple hamartoma syndrome

Beskrivelse

Autosomal dominant arvelig sygdom. Systemisk sygdom med involvering af mange organsystemer, dysmorfe træk, makrocefali, endokrine påvirkning i flere akser, mental retardering, neurologiske symptomer, påvirkning af immunsystemet, tendens til polyp og hamatomdannelse, øget risiko for cancer i en række organer. Fænotypen er meget variabel.

Gen/Region

PTEN / 10q23.31

Analyse

PTEN-gen;DNA

Panel

Arvelig colorectal cancer/polypose

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

RAD51C-gen;DNA

Sygdomme

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 3, BROVCA3

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

RAD51C / 17q22

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29205

NKN, Nationale kortnavn

RAD51C-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

RAD51D-gen;DNA

Sygdomme

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

RAD51D / 17q12

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29206

NKN, Nationale kortnavn

RAD51D-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

RAD51D-gen;DNA

Sygdomme

Breast-ovarian cancer, familial, susceptibility to, 4; BROVCA4

Arvelig ovariecancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

RAD51D / 17q12

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29206

NKN, Nationale kortnavn

RAD51D-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

SLC16A1-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypogoglykæmi, type 7

Neonatal diabetes mellitus, PNDM/TNDM

Gen/Region

SLC16A1 / 1p13.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29944

NKN, Nationale kortnavn

SLC16A1-gen;DNA

EQA

Der deltages i EMQN samt udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

SMAD4-gen;DNA

Sygdomme

HHT, Hereditær hæmorrhagisk telangiektasi, type 3

Juvenil polypose syndrom, JPS, juvenil intestinal polypose

Arvelig colorectal cancer/polypose

Gen/Region

SMAD4 / 18q21

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU36565

NKN, Nationale kortnavn

SMAD4-gen;DNA

EQA

Der findes ingen kvalitetskontrolprogrammer på nuværende tidspunkt. Laboratoriet gennemfører udveksling af prøver med andre internationale laboratorier.

Akkreditering

Synonymer

SPINK1-gen;DNA

Sygdomme

Hereditær pancreatitis.

Gen/Region

SPINK1 / 5q32

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU29904

NKN, Nationale kortnavn

SPINK1-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

STK11-gen;DNA

Sygdomme

Peutz-Jeghers syndrom

Arvelig colorectal cancer

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

STK11 / 19p13.3

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19273

NKN, Nationale kortnavn

STK11-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

Steroid sulfatase

STS-gen;DNA

Sygdomme

Ichthyosis, X-bundet

Gen/Region

STS / Xp22.3

Analysemetode

Kromosom mikroarray. Der foretages ikke sekventering af genet.

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19014

NKN, Nationale kortnavn

STS-gen;DNA

EQA

GenQA

Akkreditering

MLPA inkl. methyleringsanalyse

Synonymer

TS

Beskrivelse

Temple syndrom, TS er karakteriseret ved præ- og postnatal vækstretardering, hypotoni, hypermobilitet, forsinket motorisk udvikling, forsinket tale og/eller intellektuelt handikap, tidlig pubertet og overvægt. Temple syndrom er en differentialdiagnose til Prader Willi Syndrom og Silver Russel Syndrom.

Temple syndrom forårsages af UPD14 mat (maternel uniparental disomi af kromsom 14), allelspecifik imprintingdefekt eller allelspecifik mikrodeletion.

Gen/Region

14q32

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

Ingen

NKN, Nationale kortnavn

Ingen

EQA

GenQA

Akkreditering

Synonymer

TP53-gen;DNA

Sygdomme

Li-Fraumeni syndrom

Arvelig mammacancer

Arvelig mamma og ovariecancer

Gen/Region

TP53 / 17p13.1

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19201

NKN, Nationale kortnavn

TP53-gen;DNA

EQA

Ingen

Akkreditering

Synonymer

NIPT, Non Invasive Prenatal Testing

Aneuploidiscreening af foster-DNA i mors blod

Beskrivelse

Screening for aneuploidier på frit føtalt DNA i mors blod.

Ved NIPT undersøges små mængder DNA fra graviditeten, som findes i den gravides blod. Analysen foretages på en blodprøve på den gravide, som kan tages fra graviditetsuge 10 og frem. Der er tale om en meget følsom screeningsmetode primært for de tre hyppigste kromosomanomalier: trisomi 13, trisomi 18 og trisomi 21, og man kan således undgå invasiv test (på moderkageprøve eller fostervandsprøve). Metoden er ikke egnet til detektion af kønskromosomabnormiteter.

Bemærk at NIPT- analysen er en screeningsmetode og ikke en diagnostisk undersøgelse. Hvis analysen viser abnormt resultat, skal der foretages invasiv diagnostik til endelig afklaring.

Forbehold: Metoden anbefales ikke ved flerfoldsgraviditet og hvis den gravide har modtaget en af følgende behandlinger inden for de sidste 3 måneder: blodtransfusion, immunterapi, stamcelleterapi, transplantation eller strålebehandling. NIPT er mindre egnet hvis den gravides BMI er større end 35 eller ved maternel kromosomabnormitet. Placenta mosaicisme, føtal chimerisme, partiel føtal kromosom-aneuploidi af kromosomerne 13, 18 og 21 og vanishing twin kan give falsk positivt/falsk negativt resultat.

Metoden er ikke diagnostisk og den er ikke egnet til mindre kromosomale ubalancer. Den er således ikke et ligeværdigt alternativ til et kromosom mikroarray analyse på en invasiv prøve.

Region

Kromosom 13, 18 og 21, køn

Analysemetode

NIPT

Prøvemateriale

Frit føtalt DNA i plasma

NPU-ID

NPU53990

NKN, Nationale kortnavn

Trisomirelateret DNA gruppe[NIPT];P

EQA

Vi deltager i eksterne kvalitetssikringsprogrammer

Akkreditering

Analysen er ikke akkrediteret

Synonymer, undertyper, (gener)

Benign familiær hæmaturi

Beskrivelse

Sædvanligvis non-progredierende, autosomal dominant arvelig mikroskopisk hæmaturi. Mutation i samme gener i homozygot eller compound heterozygot form medfører autosomal recessiv arvelig Alport syndrom (se denne).

Panel

COL4A3, COL4A4

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering

Synonymer

UCP2-gen;DNA

Sygdomme

HHF, Hyperinsulinæmisk hypoglykæmi

Gen/Region

UCP2 / 11q13.4

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19258

NKN, Nationale kortnavn

UCP2-gen;DNA

EQA

Der udveksles prøver med internationale laboratorier

Akkreditering

Synonymer

UPD

Uniparental disomi, kromosom 7

Uniparental disomi, kromosom 14

Uniparental disomi, kromosom 15

Beskrivelse

Uniparental disomi for nogle kromosomer er kendt sygdomsfremkaldende. Der undersøges for et af følgende:

UPD 7 - associeret med Silver Russel syndrom.
UPD 14 - associeret med maternel UPD 14 (Temple syndrom) henholdsvis paternal UPD 14.
UPD 15 - associeret med Prader Willi syndrom henholdsvis Angelman syndrom.

Ved undersøgelse for uniparental disomi undersøges for nedarvningsmønster af udvalgte kromosomer: 7, 14 eller 15 afhængig af indikationen.

Gen/Region

Udvalgte områder på kromosomerne 7, 14 eller 15

Analysemetode

Fragmentanalyse

Prøvemateriale

NPU-ID

NPU57579 (UPD7)

NPU57580 (UPD14)

NPU57581 (UPD15)

NKN, Nationale kortnavn

Kromosom 7 UPD;Krom

Kromosom 14 UPD;Krom

Kromosom 15 UPD;Krom

EQA

Der deltages ikke i eksterne kvalitetssikringsprogrammer. Der er interne kontroller i hver analyse, da barn og forældre sammenlignes

Akkreditering

Synonymer

UROD-gen;DNA

Sygdomme

Porphyria cutanea tarda, PCT

Porfyri

Gen/Region

UROD / 1p34

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19238

NKN, Nationale kortnavn

UROD-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer

UROS-gen;DNA

Sygdomme

Kongenit erytropoietisk porfyri

Uroporfyrinogen III-syntase-mangel

Porfyri

Gen/Region

UROS / 10q26.1-26.2

Analysemetode

Prøvemateriale

NPU ID

NPU19206

NKN, Nationale kortnavn

UROS-gen;DNA

EQA

EMQN

Akkreditering

Synonymer, undertyper, (gener)

Epiphyseal dysplasia, multiple, with early-onset diabetes mellitus

MED-IDDM syndrome

WRS, Wolcott-Rallison syndrome

Beskrivelse

Wolcott-Rallison syndrom (WRS) er en sjælden autosomal recessiv lidelse karakteriseret ved kombination af permanent neonatal- og tidlig barndoms insulinkrævende diabetes, multipel epifysedysplasi og væksthæmning samt andre variable multisystemisk kliniske manifestationer.

Gen/Region

EIF2AK3 / 2p11.2

Panel

EIF2AK3-gen;DNA

Analysemetode

Prøvemateriale

Akkreditering