Alexander Venzel Rudbeck

Whole genome sequencing of cell-free DNA from metastatic breast cancer patients: A study of accuracy and response

Brystkræft en den mest udbredte kræftform blandt kvinder i verden. Hos brystkræftpatienter er den primære tumor som regel ikke livstruende i sig selv, men det er derimod spredning af sygdommen andre organer, også kaldet metastase, som er faretruende. På trods af stor udvikling er metastatisk brystkræft stadig en uhelbredelig sygdom med en typisk overlevelsestid på 18-24 måneder. Når den primære brysttumor bliver diagnosticeret, er der sjældent tegn på metastaser, men alligevel gennemgår næsten alle patienter systematisk behandling efter fjernelse af den primære tumor, for at undgå tilbagefald. Når der senere alligevel opstår mistanke om metastatisk tilbagefald, anvendes bl.a. traditionel CT-scanning til
kræftopsporing. Dette projekt har dog allerede påvist at tidligere og mere præcise metoder til at opspore metastaser og følge dem under behandling er påkrævede.

Dette studie vil udforske potentialet for at anvende cirkulerende tumor DNA (ctDNA) til at forbedre vores mulighed for at opdage og overvåge metastatisk brystkræft. ctDNA kan findes i blodet blandt almindeligt cirkulerende celle-frit DNA, hvis altså patienten har kræftceller et sted i kroppen. Det er påvist at ctDNA kan bruges til at opdage kræft og til at måle og overvåge tumorbelastning ved at analysere blodprøver. ctDNA analyse af blodprøver er et ikke-invasivt og potentielt meget præcist alternativ til de traditionelle metoder.

Projektbeskrivelse og formål

Dette studie er en del af MESTAR-projektet som undersøger molekylære metoder til at opspore og overvåge metastatisk brystkræft, med henblik på at finde og påvise effekten af bedre molekylære alternativer til de nuværende metoder. Den første del af MESTAR undersøgte effekten af PET/CT scanninger overfor traditionelle CT scanninger, og det blev påvist at PET/CT scanning kan forbedre nuværende klinisk praksis. Denne resterende del af MESTAR har til formål at undersøge om ctDNA analyse har samme lovende potentiale: Studiet vil forsøge at besvare følgende problemstillinger:

• Hvordan præsterer ctDNA analyse sammenlignet med PET/CT- og CT scanning i forhold til at
  detektere tilbagevendt brystkræft?
• Hvordan præsterer ctDNA analyse sammenlignet med PET/CT- og CT scanning i forhold til at
  overvåge behandlingseffekten hos patienter med påvist metastatisk brystkræft

Projektet vil anvende hel-genom sekventering af både tumorvævsprøve fra den oprindelige primære tumor, samt blodprøver fra patienten. Ved at sekventere og analysere tumorvævsprøve, kan vi danne et billede af, hvilke mutationer som den oprindelige tumor indeholdte, og derefter lede efter signaler som ligner disse i blodprøverne. Dette giver os muligheden for at finde tumorsignaler hos patienten, selv hvis tumoren stadig er lille. ctDNA analyse muliggør altså opdagelsen af tidlige signaler på tilbagevendt brystkæft, samt at
overvåge effekten af en behandling gennem blodprøver.

MESTAR-projektet rekrutterede fra september 2017 og to år frem 465 patienter med mistanke om tilbagevendt metastatisk brystkæft. 87 af disse patienter fik bekræftet mistanken om tilbagefald, og indgik i et behandlingsforløb som blev fulgt af MESTAR-projektet. Samtlige patienter fik foretaget en PET/CT scanning og taget blodprøver ved mistanke-tidspunktet, og løbende igennem behandlingsforløbet. I alt ligger der derfor mere end 4000 frosne blodprøver klar til ctDNA analyse, som skal komplimentere og sammenlignes med de tusindvis af scanningsbilleder, som allerede er analyserede.

Kliniske perspektiver

Vi forventer at vores ctDNA analyse vil vise sig at være et effektiv værktøj til at opdage og overvåge tilbagevendt brystkræft, på lige fod med PET/CT scanninger. Dette vil være en klar indikation på, at den nuværende kliniske praksis kan forbedres. Vi vil både kunne påvise ctDNAs store potentiale i klinikken, men også underbygge MESTAR-projektets tidligere konklusioner om PET/CT-scannings fordele. Der er lovende perspektiver for en forbedret klinisk praksis, og MESTAR kan vise vejen for hurtigere og bedre behandling af denne sygdom.